근린생활시설의 일부를 공사비에 대한 대물변제받기로 계약을 체결하였으나 대물변제받기로 한 부동산중 토지에 대하여 소유권 이전등기가 이루어지지 아니한 경우 취득세 납세의무가 있는 지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2001.9.15. 증액경정하여 부과고지한 취득세 55,755,120원, 농어촌특별세 5,110,850원, 등록세 1,391,580원, 교육세 255,120원, 합계 62,512,670원(가산세 포함)을 취득세 37,023,570원, 농어촌특별세 3,393,820원, 등록세 1,391,580원, 교육세 255,120원, 합계 42,064,090원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.8.26. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○프라자 상가 ○○호외 12개 점포(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 취득신고를 하였으나 납부기한내에 취득세 등을 신고납부하지 아니하였으므로, 이 사건 부동산의 신고한 취득가액(1,935,545,000원)에 지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 46,453,080원, 농어촌특별세 4,258,170원, 합계 50,711,250원(가산세 포함)을 1999.12.1. 부과고지하였고, 그후 세무조사 결과 취득세 과세표준이 법인장부상 가액보다 과소 신고된 사실을 확인하고 그 과소 신고한 과세표준(20,655,000원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 495,720원, 농어촌특별세 45,440원, 등록세 1,391,580원, 교육세 255,120원, 합계 2,187,860원(가산세 포함)과, 공사비에 대한 대물변제로 취득한 이 사건 부동산중 203호외 2개점포를 유예기간내에 매각하지 아니하였으므로 그 토지부분을 법인의 비업무용 토지로 보아 그 취득가액(91,732,452원)에 지방세법 제112조 제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 부과한 세액을 차감한 취득세 8,806,320원, 농어촌특별세 807,240원, 합계 9,613,560원(가산세 포함)을 2001.9.15. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인이 청구외 (주)○○컨설팅과의 도급공사계약에 의하여 1997.9.1. 신축한 ○○도 ○○시 ○○구 소재 ○○탑프라자의 부속토지(이하 “이 사건 토지”라 한다)의 경우 (주)○○컨설팅의 대표이사인 ○○○이 1995.7.3. ○○○와 매매계약을 체결하고 그 매매대금 971,000,000원은 지급하였으나, 택지개발사업 완료후 정산금이 발생하였고, 현재까지 ○○○은 그 정산금을 지급하지 아니하여 부동산등기부상 ○○○가 소유자로 등기되어 있는 상태로서, 청구외 ○○○과 (주)○○컨설팅은 이 사건 토지에 대하여 정산금을 지급하지 않음으로써 이 사건 토지를 취득하지 못하였으므로, 청구인이 공사비에 대한 대물변제계약을 체결한 부동산중 토지에 대하여도 소유권 이전등기를 받지 못해 대물변제가 이루어지지 않았는데도, 처분청이 이 사건 부동산중 토지에 대하여 이를 취득한 것으로 보아 1997.12.1.에 취득세 등을 부과하고, 2001.9.13. 추가로 취득세를 경정결정하여 부과고지한 것은 부당하며, 또한 토지를 취득한 것을 전제로 일부 토지에 대하여 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분도 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 근린생활시설의 일부를 공사비에 대한 대물변제받기로 계약을 체결하였으나 대물변제받기로 한 부동산중 토지에 대하여 소유권 이전등기가 이루어지지 아니한 경우 취득세 납세의무가 있는 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제105조 제2항에서 부동산·차량·기계장비 등의 취득에 있어서 민법 등 관계법령의 규정에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고, 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다고 규정하고 있고, 같은 법시행령 제73조 제1항 제1호에서 법 제111조 제5항 각호의 1에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제112조 제2항 및 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제2항 제7호 본문 및 다목에서 건설산업기본법 제2조의 규정에 의한 건설업을 영위하는 법인이 도급계약에 의하여 공사를 시공하고 도급인으로부터 공사비의 대가로 양수한 토지 또는 건설기술관리법 제2조의 규정에 의한 건설기술용역업을 영위하는 법인이 용역을 수행하고 용역비의 대가로 양수한 토지로서 취득일부터 3년 내에 매각(매매계약이 체결된 토지를 말하며, 정당한 사유없이 매매계약이 해제된 토지를 제외한다)한 토지는 법인의 비업무용 토지에서 제외하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구외 (주)○○컨설팅의 대표이사인 ○○○은 1995.7.3. ○○○와 매매대금을 971,000,000원으로 하여 상업용지분양계약을 체결하고, 1996.3.11.에 분양대금을 완납하고 이 사건 토지를 취득하였으며, 청구인은 청구외 ○○○이 대표이사로 있는 청구외 (주)○○컨설팅과 공사도급계약을 체결하고, 1997.9.1. 이 사건 토지상에 ○○탑프라자를 신축하여 사용승인을 받은 후, 1997.8월경 공사비 미수금(1,937,532,000원)에 대한 대물변제계약을 체결하여, 같은 해 8.27. 법인장부에 이 사건 부동산을 상품계정에 계상한 후 이 사건 부동산중 10개 점포는 취득일로부터 3년 이내에 매각하고, 나머지 3개 점포는 현재까지 보유하고 있는 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 청구인이 공사도급계약에 따라 신축한 ○○탑프라자의 부속토지인 이 사건 토지의 경우 청구외 ○○○이○○○와 분양계약을 체결하였으나, 토지 정산금을 지급하지 않아 현재까지 토지에 대한 소유권 이전을 받지 못하고 있기 때문에 청구인이 이를 대물변제로 취득한 것으로 볼 수 없으므로 대물변제받기로 계약한 이 사건 부동산중 토지에 대하여 취득세를 부과고지한 처분이 부당하다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 먼저, 1999.12.1.에 부과고지한 취득세 등 부과처분이 본안 심의대상에 해당하는 지 여부를 살펴보면, 과세표준과 세액을 증액하는 경정처분이 있는 경우 그 경정처분은 당초처분을 그대로 둔 채 당초처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가 확정하려는 처분이 아니고, 재조사에 의하여 판명된 결과에 따라서 당초처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서의 과세표준과 세액을 결정하는 것이므로, 증액경정처분이 되면 먼저 된 당초처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고, 오직 경정처분만이 쟁송의 대상이 된다 할 것으로서(같은 취지의 대법원 판결 1999.9.3. 97누2245), 청구인의 경우에도 이 사건 부동산에 대하여 취득신고를 하고서 취득세를 납부하지 않음에 따라 처분청이 신고한 취득가액을 과세표준으로 하여 취득세를 부과고지하였다가, 그후 다시 세무조사결과 신고한 취득세 과세표준이 법인장부가액보다 낮은 사실을 확인하고 그 차액에 해당하는 취득세를 추가로 부과고지한 것으로서, 이러한 증액경정처분의 경우 당초 결정된 과세표준과 세액에 대하여도 함께 취소를 청구할 수 있는 것으로 보아야 할 것이며, 둘째, 지방세법 제105조 제2항에서 부동산의 취득에 있어서는 민법 등 관계 법령의 규정에 의한 등기 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 취득한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 여기에서 사실상의 취득이라 함은 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말하는 것인 바, 대물변제는 본래의 채무에 갈음하여 다른 급부를 현실적으로 하는 때에 성립하는 요물계약으로서, 다른 급부가 부동산의 소유권의 이전인 때에는 그 소유권 이전등기를 완료하여야만 대물변제가 성립되어 기존채무가 소멸하는 것이므로, 채권자로서는 그 소유권 이전등기를 경료하기 이전에는 소유권 취득의 실질적 요건을 갖추었다고 할 수 없고, 따라서 소유권 이전등기를 경료한 때에 당해 부동산을 취득하는 것으로 보아야 할 것으로서(같은 취지의 대법원 판결 1999.11.12. 98두17067), 청구인의 경우에도 공사비에 대한 대물변제로 이 사건 부동산을 이전받기로 계약을 체결하고, 이 사건 부동산중 건축물에 대하여는 소유권 이전등기를 하였으나 그 토지부분에 대하여는 소유권 이전등기를 하지 못한 상태이므로 이를 취득하였다고 볼 수는 없다 할 것인데도, 처분청이 이 사건 부동산중 토지에 대하여 이를 취득한 것으로 보아 취득세를 부과고지하고, 토지를 취득한 것을 전제로 일부 건축물 부속토지에 대하여 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 2. 25. 행 정 자 치 부 장 관