지방자치단체의 과세면제에 관한 조례에 의하여 종합토지세 과세표준액의 100분의 50을 경감하고 부과고지한 종합토지세액을 과세표준으로 하여 산출한 농어촌특별세를 부과고지한 것이 적법한지의 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999년도 및 2000년도 종합토지세 과세기준일(매년 6.1)현재 소유하고 있는○○시○구○○동 소재 토지(1999년도: 8,083.219㎡, 2000년도: 8,171.002㎡, 이하 “이 사건 토지”라 한다)에 대한 종합토지세를 구○○시○구구세감면조례 제3조 제2항의 규정에 의하여 100분의 50을 경감한 종합토지세(1999년도: 1,738,166,270원, 2000년도: 1,898,613,000원)를 부과고지하였으나 동 종합토지세와 함께 부과하여야 할 농어촌특별세가 과세누락된 것을 확인하여 1999년도 및 2000년도에 부과고지한 종합토지세액에 농어촌특별세법 제5조제1항제8호의 세율을 적용하여 산출한 농어촌특별세(1999년도: 259,724,940원, 2000년도: 283,941,950원)를 2001.9.6. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 농어촌특별세법 제4조 및 같은 법 시행령 제4조제6항제6호에서 행정자치부장관이 재정경제부장관과 협의하여 고시하는 경우에는 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고 2000.12.30. 고시한 행정자치부고시 제2000- 37호에서 “○○건설 등 사업지원을 위한 감면”이라고 규정하고 있으므로 ○○건설 등 사업지원을 위하여 납세의무가 성립되는 모든 농어촌특별세는 당연히 비과세되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리 부의 판단 이 사건 심사청구는 지방자치단체의 과세면제에 관한 조례에 의하여 종합토지세 과세표준액의 100분의 50을 경감하고 부과고지한 종합토지세액을 과세표준으로 하여 산출한 농어촌특별세를 부과고지한 것이 적법한지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로, 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구○○시 ○구구세감면조례 제13조 제2항에서 ○○○이 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 토지중 과세면제대상이 되지 아니하는 토지에 대한 종합토지세는 과세표준액의 100분의 50을 경감한다라고 규정하고 농어촌특별세법 제5조 제8호에서 지방세법에 의하여 납부하여야 할 종합토지세 세액이 1천만원을 초과하는 경우에는 50만원+1천만원을 초과하는 금액의 100분의 15의 세율을 적용한다라고 규정하고 있으며 농어촌특별세법 제4조 제12호에서 공익사업등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 경우 농어촌특별세를 비과세하도록 규정한 다음, 같은 법 시행령 제4조 제6항 제6호에서 지방세법 제7조의 규정에 의한 과세면제 및 불균일과세에 관한 조례에 의한 감면중 행정자치부장관이 재정경제부장관과 협의하여 고시하고 행정자치부고시 제2000-37호에서 “농어촌특별세가 비과세되는 과세면제 및 불균일과세에 관한 조례에 의한 감면”을 고시하면서, 그 제15호에서 “○○건설등 사업지원을 위한 감면”을 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴 보면, 청구인은 ○○시 ○구 ○○동 소재 토지에 대한 1999년도 및 2000년도 종합토지세를 구 ○○시○구구세감면조례제3조제2항의 규정에 의하여 100분의 50을 경감한 납세고지서에 의하여 납부하였으나 처분청에서는 종합토지세 부과고지시 농어촌특별세가 과세누락된 것을 확인하여 1999년도 및 2000년도에 부과고지한 종합토지세액에 농어촌특별세법 제5조제1항제8호의 세율을 적용하여 산출한 이 사건 농어촌특별세를 2001.9.6. 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 농어촌특별세법 제4조 및 같은 법 시행령 제4조 제6항 제6호에서 행정자치부장관이 재정경제부장관과 협의하여 고시하는 경우에는 농어촌특별세를 비과세하도록 규정되어 있고, 행정자치부 고시(제2000-37호)에서 ○○건설 등 사업지원을 위한 감면이라고 규정되어 있으므로 이 사건 농어촌특별세는 비과세되어야 한다고 주장하지만, 농어촌특별세법시행령 제4조 제6항 제6호에서 지방세법 제7조의 규정에 의한 과세면제 및 불균일과세에 관한 조례에 의한 감면중 행정자치부장관이 재정경제부장관과 협의하여 고시한 규정은 취득세와 등록세가 과세면제되는 경우에 그 면제세액에 대하여 부과하는 농어촌특별세를 비과세한다는 규정이고 종합토지세는 과세면제되면 농어촌특별세도 함께 과세면제되고 종합토지세가 과세되면 농어촌특별세도 과세되어야 하므로 처분청에서 종합토지세 부과고지시 과세누락된 농어촌특별세를 부과고지한 것은 적법한 부과처분이라고 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 1. 28. 행 정 자 치 부 장 관