1997년도 및 2000년도에 이 사건 토지가 종합합산과세대상에 해당되는지 여부와 ○○산업단지에서 제외된 토지에 대하여 감면 받은 종합토지세가 추징대상에 해당되는지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2001.3.22. 같은 해 6.21. 청구인에게 각각 부과 고지한 종합토지세 398,035,820원, 교육세 79,607,150원, 농어촌특별세 59,705,370원, 합계 537,348,340원을 1997년도분 종합토지세 등은 별도합산과세대상으로 그 과세표준액의 50%를 감면하여 산출된 세액으로 경정하고, 2000년도분 종합토지세는 ○○산업단지에서 제외된 토지에 대하여 별도합산과세대상으로 산출한 세액으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구 외 ○○○가 1997년부터 2000년까지 종합토지세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 ○○국가산업단지내 발전소용토지(1997년: 17필지 432.899.4㎡, 1998년: 11필지 117,443㎡, 1999년: 13필지 118,980㎡, 2000년: 13필지 128,436㎡, 이하 이 사건 토지 라 한다)에 대하여 분리과세 대상으로 보아 지방세법 제276조 제1항(공장을 신·증축하고자 하는 자) 및 제2항(산업단지 개발사업 시행자) 규정에 의하여 종합토지세를 50% 감면하였으나, 1997년도분 종합토지세의 경우 이 사건 토지를 발전소용에 직접 사용하지 아니하였으므로 종합합산과세대상으로 보았고, 1998년 및 1999년도분 종합토지세는 산업단지를 조성하지 아니하고 ○○국가산업단지에서 제외된 면적을 지방세법 제276조 제2항 규정에 의한 50% 감면분의 추징대상에 해당되는 것으로 보아 1997년부터 1999년도분의 종합토지세 302,216,950원, 교육세 60,443,380원, 농어촌특별세 45,332,540원, 합계 407,992,870원을 2001.6.21. 부과 고지하였으며, 2000년도분 종합토지세에 대해서는 ○○국가산업단지로 지정 받은 발전소 부지는 분리과세 및 50% 감면하고, ○○국가산업단지에서 제외된 토지에 대해서는 50% 감면대상에서 종합합산과세대상으로 보아 종합토지세 95,818,870원, 교육세 19,163,770원, 농어촌특별세 14,372,830원, 합계 129,355,470원을 2001.3.22. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 청구 외 ○○○로부터 2001.4.2. 분할 신설 설립된 법인으로서 청구 외 ○○○가 ○○산업단지로 지정된 이 사건 토지를 발전소 건설을 위하여 취득한 후 발전소 시설 및 설비공사를 준공하여 발전시설에 사용하고 있고, ○○국가산업단지에서 제외된 토지도 발전소의 1구내 부속토지로서 발전소 시설에 필요한 냉각수 배수로가 설치되어 발전시설용으로 계속 사용하고 있으므로 처분청의 종합토지세 등에 대한 부과처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 1997년도 및 2000년도에 이 사건 토지가 종합합산과세대상에 해당되는 지 여부와 ○○산업단지에서 제외된 토지에 대하여 감면 받은 종합토지세가 추징대상에 해당되는 지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제234조의15 제2항 및 제3항에서 종합합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지 중 별도합산 또는 분리과세의 대상이 되는 건축물의 부속토지로서 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액을 합한 금액으로 하고, 별도합산과세표준은 전국의 모든 건축물의 부속토지 중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지의 가액을 합산한 금액으로 하지만, 지방세법 또는 관계법령의 규정에 의하여 종합토지세가 비과세 또는 면제되는 토지의 가액과 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지가액은 합산하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법시행령(1995.12.30. 대통령령 제14878호로 개정된 것) 제194조의14 제1항 및 제2항, 제194조의16 제1항에서 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지라 함은 건축물(법 제104조 제4호의 규정에 의한 건축물과 행정자치부령(구 내무부령)으로 정하는 지상정착물을 말하며, 건축 중인 경우와 과세기준일 현재 건물멸실등기를 한 날로부터 6월이 경과하지 아니한 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 건축기간이 경과하였거나 정당한 사유 없이 6월 이상 공사가 중단된 경우를 제외한다) 중 지방세법시행령 제194조의14 제1항 제1호 내지 제4호의 건축물을 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건물 외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하지 아니한 토지를 말한다고 규정하면서 전용공업지역의 용도지역별 적용배율은 4배를 적용하도록 하고 있으며, 지방세법 제234조15 제2항 제6호 및 같은 법시행령 제194조의15 제4항 본문 및 제5호를 종합하여 보면, 전기사업법에 의한 일반전기사업자가 전원개발에관한특별법에 의하여 구 상공자원부장관의 승인을 얻어 취득한 토지 중 발전시설 또는 송전·변전시설에 직접 사용하고 있는 토지(전원개발에관한특별법의 시행전에 취득한 토지로서 담장, 철조망 등으로 구획된 경계구역안의 발전시설 또는 송전·변전시설에 직접 사용하고 있는 토지를 포함한다)에 대하여는 분리과세한다고 규정하고 있다. 그리고, 구 지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정된 것 및 개정되기 이전의 것) 제276조 제1항에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 공업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역안에서 공장을 신축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 그 부동산에 대한 종합토지세는 납세의무가 성립되는 날부터 5년간 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 그 제2항(1997.8.30. 법률 제5406호로 신설된 것) 본문과 제3호 및 제4호에서 산업단지 조성공사가 시행되고 있는 토지와 산업단지 조성공사가 완료된 토지(납세의무가 성립한 날로부터 5년간)에 대한 종합토지세는 100분의 50을 경감하지만, 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지를 조성하지 아니하거나 공사가 완료된 후에 정당한 사유 없이 3년 이내에 공장용 건축물을 신축하거나 증축하지 아니한 경우에는 감면된 종합토지세를 추징한다고 규정하고 있으며, 그 제3항 및 지방세법시행규칙 제115조 제1항과 제116조에서 전기업은 공장의 종류에서 제외하지만 지방세법 제276조의 규정에 의하여 취득세 등을 감면하는 경우에는 공장의 종류에서 제외하지 아니한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청에서는 청구 외 ○○○가 1978.7.22. 제33차 경제장관회의에서 발전소사업부지로 지정된 이 사건 토지를 ○○○와 ○○도로부터 취득한 다음 1995.5.19. ○○○으로부터 ○○국가산업단지 개발사업 시행자로 지정을 받고 같은 해 9.13. 실시계획 승인을 받아 발전소 시설 및 설비공사에 착수하여 1998년 및 1999.9.30. 제1호기 및 제2호기를 각각 준공하고 1999.12.23. 당초 ○○국가산업단지로 지정 받은 면적 4,190천㎡를 4.030천㎡(회처리장 158천㎡ 및 철도시설부지 2천㎡ 제외)로 축소 지정 받은 데 대하여 1997년도분 종합토지세의 경우 이 사건 토지를 발전소용에 직접 사용하지 아니하였으므로 종합합산과세대상으로 보았고, 1998년 및 1999년도분 종합토지세는 산업단지를 조성하지 아니하고 ○○산업단지에서 제외된 면적을 지방세법 제276조 제2항 규정에 의한 50% 감면분의 추징대상에 해당되는 것으로 보았으며, 2000년도분 종합토지세에 대해서는 ○○산업단지로 지정 받은 발전소 부지는 분리과세 및 50% 감면하고, ○○산업단지에서 제외된 토지에 대해서는 50% 감면대상에서 종합합산과세대상으로 보아 종합토지세를 부과 고지한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있고, 이에 대하여 청구인은 청구 외 ○○○가 ○○국가산업단지로 지정된 이 사건 토지를 발전소 건설을 위하여 취득한 후 발전소 시설 및 설비공사를 준공하여 발전시설에 사용하고 있고, ○○국가산업단지에서 제외된 토지는 발전소 1구내 부속토지로서 발전소 시설에 필요한 냉각수 배수로가 설치되어 발전시설용으로 계속 사용하고 있으므로 처분청의 종합토지세 등에 대한 부과처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 지방세법시행규칙 별표 3 공장의 종류 제28호 본문 및 제아호에서 전기업은 공장의 종류에서 제외하지만, 법 제276조의 규정에 의하여 취득세 등을 감면하는 경우에는 공장의 종류에서 이를 제외하지 아니한다고 규정하고 있는 취지는 종합토지세 과세대상의 구분(종합합산, 별도합산, 분리과세)은 현황과세의 원칙에 의하여 과세하고, 취득세 등을 감면하는 경우에는 그 감면되는 과세표준액만큼을 공장으로 본다고 해석하는 것이 합리적이라 할 것이고, 이를 종합토지세 과세구분부터 공장으로 보는 것은 전기업은 지방세법시행규칙 별표 4 공장입지기준면적에서 공장입지기준면적율을 규정하고 있지 아니하므로 공장입지기준면적을 초과하는 토지를 산출할 수 없는 불합리한 결과가 초래된다 할 것이므로 이와 같은 토대 위에서 처분청의 부과 처분을 과세연도별로 차례대로 살펴보면, 첫째, 1997년도분 종합토지세의 경우 처분청에서는 이 사건 토지를 발전소용에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 종합합산과세대상으로 보았으나, 청구 외 ○○○는 이 사건 토지상에 발전소를 건설하기 위하여 1995.4.25. 건축허가를 받았으며, 1995.5.19. ○○국가산업단지 사업시행자 지정을 받고 같은 해 9.13. 실시계획 승인을 받아 발전소 시설물 등을 건축 중에 있었음이 제출된 관련 증빙자료에서 확인되고 있는 바, 이 사건 토지상의 건축물 및 시설물의 바닥면적에 공업지역 용도지역 적용배율 4배를 적용한 결과 용도지역 적용배율을 초과하는 토지가 없기 때문에 지방세법 제234조의15 제3항 및 같은 법시행령 제194조의16 제1항 규정에 의한 별도합산과세대상이라 할 것이고, 구 지방세법 제276조 제1항 및 제293조의 규정에 의하여 종합토지세 과세시가표준액의 50%를 경감하는 것이 타당하다 하겠으므로 지방세법 제234조의19 규정에 의한 세액조정액으로 경정하여야 할 것이다. 둘째, 청구인은 ○○국가산업단지에서 제외된 면적에 대한 1998년 및 1999년도분 종합토지세 50% 감면분을 추징한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 지방세법 제276조 제2항 단서에서 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지를 조성하지 아니하는 경우에는 감면된 종합토지세를 추징하도록 규정하고 있고, 청구 외 ○○○가 이 사건 토지를 정당한 사유 없이 산업단지로 조성하지 아니한 채 ○○국가산업단지에서 제외된 사실이 관계 증빙자료에서 확인되고 있으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다. 셋째, 처분청에서 2000년도분 종합토지세는 ○○국가산업단지로 지정 받은 발전소 부지는 분리과세 및 50% 감면하고, ○○국가산업단지에서 제외된 토지에 대해서는 50% 감면대상에서 종합합산과세대상으로 과세하였으나, ○○국가산업단지에서 제외된 토지는 ○○국가산업단지로 지정 받은 발전소 부지와 함께 1구내의 토지로서 발전소 냉각수 배수로가 설치되어 있고, 이 사건 토지상의 건축물 및 시설물의 바닥면적에 공업지역 용도지역 적용배율 4배를 적용하더라도 용도지역 적용배율을 초과하는 토지가 없으므로 지방세법 제234조의15 제3항 및 같은 법시행령 제194조의16 제1항 규정에 의한 별도합산과세대상이라 할 것이나, 산업단지를 조성하지 아니한 채 ○○국가산업단지에서 제외되었으므로 지방세법 제276조 제2항 규정에 의한 50% 감면대상은 아니라 할 것이므로 지방세법 제234조의19 규정에 의한 세액조정액으로 경정하여야 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 1. 28. 행 정 자 치 부 장 관