대도시내로 전입한 법인과 기존에 대도시내에 설립되어 5년 이상 경과한 법인이 합병한 후 자본금 증자등기를 한 경우 그에 대한 등록세를 중과세한 것이 적법한 지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2001년 3월 29일 청구인으로부터 수납하여 징수 결정한 등록세 600,000,000원과 지방교육세 120,000,000원, 합계 720,000,000원을 등록세 287,600,000원과 지방교육세 57,520,000원, 합계 345,120,000원으로 경정한다

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인의 2001. 3. 29. 자본금의 증자에 따른 등기가 대도시내로 전입한지 5년이 경과되지 아니한 법인의 자본금 증자등기에 해당되는 것으로 보아 그 증자액(500억원)을 과세표준으로 보아 지방세법 제138조 제1항의 중과세율(1.2%)을 적용하여 산출한 등록세 600,000,000원, 지방교육세 120,000,000원, 합계 720,000,000원을 신고납부 하도록 하였으며,청구인이 같은 날 위 등록세 등을 신고납부하자 이를 수납 징수 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 첫째, 조세는 법률에 근거하지 아니하고는 부과할 수가 없는 것이므로, 대도시내에서 설립하거나 대도시내로 전입한 법인이 그 설립이나 전입 이후 5년 내에 자본금을 증자하는 경우 그에 따른 등록세를 중과세하는 규정은 있으나 합병 이후 그 합병법인이 자본금을 증자하는 경우에 등록세를 중과세하는 규정은 없으므로, 금호생명이 지방에서 서울로 전입한 법인이라 하더라도 전입 후 기존부터 서울에 존재하던 동아생명과 합병한 다음에 이 사건 자본금을 증자하였으므로, “전입후 5년내 자본금 증자”가 아닌 “합병후 5년내 자본금 증자”가 되기 때문에 이에 대하여는 등록세를 중과세할 수는 없으며, 둘째, 설령 중과세 대상이 된다고 하더라도 복수의 회사를 단일회사로 하는 법인의 합병이란 자연인의 사망과는 달리 합병대상 법인들의 경제적 법인격이 소멸되지 않은 채 그 기업의 활동이 계속 될 뿐만 아니라, 당해 법인에게 재산을 맡긴 수많은 고객(보헙 가입자 등)모두 합병법인의 고객으로 전환되고, 당해 법인의 주주가 그대로 합병법인의 주주로 되는 인격의 합일을 가져오는 상법상의 행위로서, 그 행위의 효과는 권리의무의 포괄승계와 사원의 수용이며, 이러한 합병에 따른 권리의무 포괄승계와 관련된 대법원 판례(77누265, 1980.3.25.)를 보면, “합병의 경우에 피합병회사의 권리의무는 사법상의 관계나 공법상의 관계를 불문하고 그 성질상 이전을 허용하지 않는 것을 제외하고는 모두 합병으로 인하여 존속한 회사에게 승계되는 것으로 보아야 하고, 경제의안정과성장에관한긴급명령 제62조 제1항(증자에 관한 조세특례규정)에 의한 권리, 즉피합병회사의 증자분에 대하여 소득금액의 공제를 받을 수 있는 권리는 그 성질상 이전을 허용할 수 없는 것이 아니라고 할 것이다”라고 판시하여 ‘세법상 혜택을 받을 수 있는 권리’도 승계되는 것으로 인정하고 있으므로, 1973년부터 이미 서울에 본점을 두고 있었음으로 인하여 대도시내에서의 증자등기시 등록세가 중과세되지 아니하는 동아생명의 기득권(혜택) 역시 존속법인인 금호생명에 승계된 것으로 보아야 함은 물론, 최근의 행정자치부 심사결정사례(제2001-283호, 2001.5.28) 및 지방세법령의 개정추이를 보더라도 합병전의 동아생명이 가지고 있던 지분만큼은 중과대상에서 제외되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 대도시내로 전입한 법인과 기존에 대도시내에 설립되어 5년 이상 경과한 법인이 합병한 후 자본금 증자등기를 한 경우 그에 대한 등록세를 중과세한 것이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 살펴보면, 지방세법 제137조 제1항 제1호에서 상사회사 또는 영리법인의 자본증가 또는 출자등기의 경우 등록세는 불입금액의 1,000분의 4의 세율을 적용하도록 규정되어 있으며, 같은 법 제138조 제1항 제2호에서는 대도시내로 법인의 본점 또는 주사무소의 전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증자하는 경우에는 위의 세율의 3배로 중과세 하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1988. 4. 1. ○○시 ○구에서 설립된 법인으로서 ○○시에서 1973.5.25. 설립된 ○○(주)과 2000. 2. 24. 합병계약을 체결하고 2000. 3. 25. 청구인의 본점을 ○○시내로 이전(전입)하고, 2000. 5. 1. 합병한 법인으로 2001. 3. 29. 증자 등기를 하기 위해 등록세 등을 신고납부함에 있어, 처분청은 청구인이 대도시내로 본점을 이전(전입)한 후 5년 이내에 자본금을 증자하는 등기에 해당된다고 보아 중과세율을 적용한 등록세 등을 수납 징수 결정한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 지방세법 제138조에서 대도시외 법인이 대도시내로 전입한 후 대도시내의 기존법인을 흡수합병한 경우는 등록세 중과세 대상으로 규정하고 있지 아니하므로 중과세 대상에서 제외되어야 하고, 설령 중과세 한다고 하더라도 대도시내 기존법인인 동아생명에 해당하는 부분은 중과세 대상에서 제외되어야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 대도시외의 법인이 대도시내로 전입한 후 5년이 경과되기 전에 증자등기를 한 경우 당해 증자등기는 등록세 중과세 대상이 된다 할 것이나, 대도시외의 법인이 대도시로 전입하는 경우에 등록세를 중과세하는 취지가 대도시내로의 인구 및 경제력 집중을 방지하고 지역경제를 활성화하는 데에 있다 할 것인 바, 청구인의 경우와 같이 단순히 대도시외의 법인이 대도시내로 전입한 경우가 아니라 대도시내에서 신설된 후 5년이 경과한 기존법인을 흡수합병한 경우 기존법인의 지분에 대한 부분까지 중과세하는 것은 비합리적이라 할 것이고, 또한 최근 어려운 경제여건으로 기업이 구조조정목적으로 기존법인을 흡수합병 하거나 분할하는 것이 필요한 현실을 감안할 때, 청구인에 대하여 등록세를 중과세 함에 있어서는 대도시외에서 대도시내로 전입한 지분에 한하여 중과세하고, 대도시내의 기존법인을 합병한 지분에 대해서는 중과세대상에서 제외함이 타당하다 하겠으며, 그 지분의 비율을 산정함에 있어서는 당해 법인의 자산비율을 적용함이 타당(2002.1.1. 시행 지방세법시행령에서는 자산비율로 안분하여 중과세 하도록 개정되었음)하다 할 것이므로, 청구인의 합병당시 자산은 ○○(주)이 1,979,736,953,727원이며 ○○(주)이 555,085,124,229원으로서 그 비율은○○(주)이 78.1%,○○(주)이 29.9%이므로 29.9% 부분은 중과세율을 적용하고, 78.1% 부분은 일반세율을 적용하여야 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유 있다고 인정되므로 지방세법제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 1. 28. 행 정 자 치 부 장 관