토지를 취득한 후 유예기간내에 지목을 변경하여 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2001.9.12. 청구인에게 부과고지한 취득세 577,824,00원, 농어촌특별세 52,967,200원, 합계 630,791,200원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 흡수합병한 구 (주)○○○○이 1996.6.10. 및 1997.2.25. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지외 9필지 목장용지 등 28,834㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후 이 사건 토지를 정당한 사유없이 유예기간 1년 이내에 지목을 변경하여 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로, 이 사건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 그 취득가액(3,074,000,000원)에 구 지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 577,824,000원, 농어촌특별세 52,967,200원, 합계 630,791,200원(가산세 포함)을 2001.9.12. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 구 (주)○○○○은 물류창고를 건축할 목적으로 이 사건 토지를 취득한 후 유예기간 내에 농지전용허가, 산림형질변경허가 등을 받아 지질공사를 하고, 그 후 순차적으로 건축허가를 받아 착공신고를 하고, 토목공사를 진행하던 도중 자금사정 악화와 구조조정으로 주거래은행인 (주)○○은행과 재무구조개선을 위한 협정을 체결하면서 구조조정의 일환으로 매각을 추진하던 상태에서, 청구인[당초 상호가 (주)○○산업기계이었으나 1999.1.7.에 (주)○○○○을 흡수합병하면서 현재의 상호로 변경함]이 구 (주)○○○○을 흡수합병함에 따라 이 사건 토지를 승계취득하여 구조조정차원에서 매각을 추진하고 있으나 원매자가 없어 매각을 하지 못하고 있는 상태로서, 피합병법인인 구 (주)○○○○이 이 사건 토지를 취득하여 토지형질변경 공사를 하다가 재무구조개선약정에 따라 공사를 중단하고 매각을 추진한 데에는 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이고, 청구인이 합병으로 이 사건 토지를 취득한 후에는 유예기간 3년이 경과하기 전에 법인의 비업무용 토지에 대한 중과세 규정이 폐지되었으므로, 처분청이 이 사건 토지에 대하여 취득세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 토지를 취득한 후 유예기간내에 지목을 변경하여 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법 제112조 제2항, 구 지방세법시행령(1998.7.16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제3항 본문 및 제4호 가목에서 농업·축산업 또는 산림업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 농지 등을 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유없이 지목을 변경하여 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 당해 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인이 흡수합병한 구 (주)○○○○은 물류창고를 건축할 목적으로 1996.6.10. 및 1997.2.28. 지목이 전, 목장용지 및 임야인 이 사건 토지를 취득한 후, 1996.8.28.에 초지전용허가를, 같은 해 11.5.에 농지전용허가를, 같은 해 11.16.에 산림형질변경허가를 받고, 1997.5.30.에 건축허가를 받아 같은 해 6.3.에 착공신고를 한 후 1997년 말까지 산림형질변경공사 및 부지조성공사를 하다가, 1998.2.16. ○○계열회사 전체에 대하여 주거래은행과 “재무구조개선을 위한 협정”을 체결하면서, 이 사건 토지를 자구계획의 일환으로 매각하여 차입금을 상환하도록 함에 따라 공사를 중단하고 매각을 추진하다가, 청구인이 1999.1.7.에 합병을 원인으로 승계취득하였으며, 청구인은 합병후 이 사건 토지를 계속하여 매각을 추진하고 있는 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 살펴보면, 청구인은 1999.1.7. 합병으로 이 사건 토지를 취득한 것과 피합병법인인 구 (주)○○○○이 이 사건 토지를 취득한 후 정당한 사유없이 유예기간 1년 이내에 지목을 변경하여 고유업무에 사용하지 않음으로써 법인의 비업무용 토지에 해당되는 지 여부는 각각 별개의 것이라 할 것으로서, 먼저 피합병법인인 구 (주)○○○○의 경우 이 사건 토지를 취득한 후 건축공사를 위한 행정절차를 순차적으로 거쳐 유예기간내에 착공신고를 하고 산림형질변경공사에 착공하여 공사를 진행하다가, 1998.2.26.에 주거래은행과 재무구조개선약정을 체결하면서 그 약정에 의하여 이 사건 토지를 매각하여 금융부채를 상환토록 함에 따라 공사를 중단하고 매각을 추진하였던 것으로서, 구 (주)○○○○이 유예기간내에 정상적인 준비과정을 거쳐 임야가 포함된 이 사건 토지에 대해 토지형질변경 공사에 착공한 시점에서 사실상 건축공사에 착공한 것으로 보는 것이 합리적이라 할 것으로서, 이후 주거래은행과의 재무구조개선약정에 따라 건축공사를 중단한 시점부터 합병으로 이 사건 토지를 청구인에게 양도할 때까지 공사중단기간이 1년을 초과하지도 않았을 뿐만 아니라, 구 (주)○○○○이 정상적으로 사업을 추진하다가 주거래은행과의 재무구조개선약정에 기인하여 공사를 중단하고 매각을 추진하는 경우에는 정당한 사유가 있다고도 보아야 할 것이므로 합병이전에 이 사건 토지가 법인의 비업무용 토지에 해당된다고 볼 수는 없으므로 합병법인인 청구인에게 승계 납세의무를 지울 수 없다 하겠으며, 청구인의 경우 합병으로 이 사건 토지를 취득한 이후 유예기간 3년이 경과하기 전에 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세 중과세 규정이 폐지되었으므로, 처분청이 이 사건 토지에 대하여 청구인에게 취득세를 중과세한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 1. 28. 행 정 자 치 부 장 관