아파트형 공장을 취득한 후 5년이내에 그 일부를 타인에게 무상으로 사용토록 한 경우 감면한 세액을 추징한 처분이 정당한지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2001.9.5. 청구인에게 부과 고지한 취득세 3,830,290원, 등록세 5,745,440원, 교육세 1,053,320원, 합계 10,629,050원(가산세 포함)을 취소한다

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.2.28. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○타운 ○차 ○○호 아파트형 공장(대지 89.54㎡, 건물 383.73㎡, 이하 “이 사건 공장”이라 한다)을 취득함에 따라 취득세와 등록세를 면제하였으나, 이 사건 공장의 건물 중 191.86㎡(이하 “이 사건 쟁점 건축물”이라 한다)를 직접 사용하지 아니하고, 무상임대 하였으므로 그 부분은 면제된 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아 이 사건 쟁점 건축물과 그 부속토지의 안분한 취득가액(159,595,840원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,830,290원, 등록세 5,745,440원, 교육세 1,053,320원, 합계 10,629,050원(가산세 포함)을 2001.9.5. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 무정전전원장치(UPS) 등 전산부대설비를 제작·설치·운영하는 법인으로서, 전산장비의 원격지감지시스템을 국산화하기 위하여 2001.1.

10. 그 분야에 기술력을 보유하고 있는 청구 외 ○○(주)와 연구개발용역계약을 체결하고, 2001.3월부터 청구 외 ○○(주) 기술직원과 청구인의 임직원이 이 사건 쟁점 건축물에서 공동으로 전산장비 원격지감지시스템 개발 장소로 사용한 것인데도 처분청은 이 사건 쟁점 건축물(191.86㎡) 을 청구 외 ○○(주)에 무상임대한 것이라면서 면제한 세액을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 아파트형 공장을 취득한 후 5년이내에 그 일부를 타인에게 무상으로 사용토록 한 경우 감면한 세액을 추징한 처분이 정당한지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 ○○시세감면조례(2000.3.31. 조례 제3731호로 개정되기 전의 것) 제19조 제2항에서 아파트형 공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 공장설립자로부터 최초로 분양 받아 취득하는 아파트형 공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 부동산을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나, 취득일부터 5년 이내에 타인에게 양도 또는 임대하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1996.2.27. 법인을 설립한 후 1998.9.29. 목적사업을 항온항습기·무정전전원장치의 제조 및 도소매업과 전산부대장비 일체의 무역 및 서비스업 등으로 변경하였고, 2000.2.28. 이 사건 공장을 분양받아 취득한 후 취득세 등을 면제받았으며, 처분청 담당공무원이 2001.6.12. 현지 확인결과 이 사건 공장의 중앙을 조립식 패널로 막아 2개의 공간으로 구분하고 각각 별도의 출입문을 설치한 사실을 제출된 관련자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 쟁점 건축물을 전산장비 원격지감지시스템 국산화을 위하여 연구개발용역계약을 체결한 업체의 기술직원과 청구인의 임직원이 공동 개발장소로 사용한 것이라고 주장하는데 대하여 살펴보면, 처분청은 청구인이 이 사건 공장을 칸막이로 막고 이 사건 쟁점 건축물에 청구외 ○○(주)의 직원이 있었으며, 그 직원의 진술 등을 근거로 이 사건 쟁점 건축물을 취득일부터 5년 내에 청구 외 ○○(주)에 임대한 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징하였으나, 처분청은 청구인이 이 사건 쟁점 건축물을 청구 외 ○○(주)에 임대한데 대한 임대차계약서나 임대료 수입 등에 대한 아무런 증빙자료로 제시하지 못하고 있고, 또한 청구인은 이 사건 공장을 2000.2.28. 취득한 후 2001.1.10. 청구 외 ○○(주)와 전산장비 원격지 감지 시스템의 소프트웨어를 개발하는 연구개발용역계약(용역기간 2001.1.10-2001.12.31)을 체결하고, 효율적인 개발사업 추진과 개발내용의 비밀유지 등을 위해 청구 외 ○○(주)의 기술직원을 파견받아 이 사건 쟁점 건축물에서 청구인의 임직원과 공동개발사업을 추진하다가 그 용역계약기간이 종료하기 이전에 청구 외 ○○(주)가 철수(2001.7.28)하고 이 사건 공장을 청구인이 단독으로 사용하고 있는 사실을 볼 때, 청구인은 이 사건 공장을 취득하여 직접 사용하다가 이 사건 쟁점 건축물을 전산장비 원격지감지시스템을 국산화하기 위하여 연구개발용역계약을 체결한 청구 외 ○○(주) 기술직원과 일시적으로 공동으로 사용하였다 하여 청구인이 이 사건 공장을 취득한 후 5년 내에 임대용으로 사용한 것으로 보기는 어렵다 하겠으므로 처분청이 이 사건 쟁점 건축물을 청구 외 ○○(주)에 임대한 것으로 보아 감면한 세액을 추징한 처분은 잘못이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 1. 28. 행 정 자 치 부 장 관