아파트형 공장을 취득한 후 법인으로 전환을 하면서 그 소유권을 법인으로 이전하지 아니한 경우 면제한 세액을 추징한 처분이 정당한지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.6.17. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○○타워 ○○호 아파트형 공장(대지지분 5584분의 38.94㎡, 건물 238.71㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 분양 취득하고, 구 ○○시세감면조례(1997.12.23. 조례 제3445호로 개정된 것) 제19조 제2항의 규정에 의하여 취득세 및 등록세를 면제받은 후, 이 사건 부동산을 청구외 (주)○○○ 임대하였으므로면제한 세액의 추징대상으로 보아 취득세 6,152,030원, 농어촌특별세 563,940원, 등록세 9,228,340원, 교육세 1,705,480원, 합계 17,649,790원(가산세 포함)을 2001.8.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1993.10.25.부터 “○○계전”이라는 상호로 개인사업을 영위하면서 1999.6.17. ○○○종합건설(주)로부터 이 사건 부동산을 취득하고, 기존공장을 이전하여 사용하던 중 ○○○공사 ○○권관리단이 발주하는 공사를 수주하기 위해 급히 법인으로 전환할 필요가 있어 1999.7.5. (주)○○○를 설립하면서 법인전환에 따른 업무 일체를 법무사와 회계사에게 일임하였기 때문에 이 사건 부동산도 당연히 신설법인 (주)○○○로 소유권이 이전된 것으로 알고 있었으나, 그 다음해 재산세납부고지서를 받고서 소유권이전등기가 경료되지 않은 사실을 알게 된 것으로, 이 사건 부동산이 (주)○○○의 재무제표에 자산으로 등재되어 있는 것만 보더라도 청구인이 계속 소유하기 위하여 고의로 소유권을 이전하지 않은 것이 아니고, 단지 사무착오로 누락된 것임을 알 수 있는데도 청구인 명의로 소유권보존등기가 되어 있다 하여 면제한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 아파트형 공장을 취득한 후 법인으로 전환을 하면서 그 소유권을 법인으로 이전하지 아니한 경우 면제한 세액을 추징한 처분이 정당한지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 ○○시세감면조례 제19조 제2항에서 아파트형 공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 공장설립자로부터 최초로 분양 받아 취득하는 아파트형 공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 부동산을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나,취득일부터 5년 이내에 타인에게 양도 또는 임대하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1993.10.25.부터 “○○계전”이라는 상호로 산업용제어장비 등을 개발·생산하는 개인사업체를 운영하면서 1999.4.26. 이 사건 부동산에 대한 분양계약을 체결하고, 5.1. 공장을 이전한 후 6.17. 잔금을 납부하고 취득세와 등록세를 면제받아 6.19. 소유권이전등기를 경료한 후 6.30. 법인전환을 사유로 개인사업체 “○○계전”을 폐업하고, 같은 날 청구인의 권리·의무와 사업 일체를 포괄양수하는 사업양도양수계약서를 (주)○○○와 작성하였으며, 청구인을 대표이사로 하여폐업한 “○○계전”과 목적사업이 동일한(주)○○○를 설립하고,7.5. 법인설립등기를 경료하였고, 폐업한 “○○계전”의 1999.6.30. 현재 양도양수대차대조표와 신설법인 (주)○○○의 1999.7.1. 현재 개시대차대조표 및 1999.12.31. 현재 대차대조표에 이 사건 부동산이 각각 유형자산으로 등재되어 있으나, 부동산등기부에는 그 소유권이 청구인 개인명의로 등재되어 있으므로, 처분청은 이 사건 부동산의 소유자는 청구인이고, 청구외 (주)○○○는 청구인으로부터 임차하여 사용하는 것이므로 면제한 취득세 등을 추징하였음을 제출된 관련자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 법인전환 과정에서 사무착오로 소유권이전 등기가 누락된 것으로 임대한 사실이 없다고 주장하고 있지만, 구 ○○시감면조례 제19조 제2항에서 아파트형 공장용 부동산은 취득일부터 5년내에 타인에게 양도 또는 임대하는 경우에는 면제된 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있고, 청구인은 1999.6.17. 이 사건 부동산을 취득한 후 1999.6.30. (주)○○○에 사업일체를 포괄적으로 양도한 사실이 2000.6.8. ○○시 ○○세무서장이 발행(발급번호 74009호)한 사실증명인 사업양도양수계약서에서 입증되고 있으므로, 비록 처분청이 취득일부터 5년내에 임대한 것으로 보아 추징한 것은 잘못이라고 하더라도 청구인은 이 사건 부동산을 취득일부터 5년내인 1999.6.30. (주)○○○에 양도한 것으로 보아야 하므로 처분청이 이 사건 부동산에 대한 취득세 등을 부과 고지한 처분은 적법한 부과처분이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 2. 25. 행 정 자 치 부 장 관