과밀억제권역안에 있는 본점사업용 부동산으로 보아 취득세를 중과세 하고 대도시내 법인 설립 후 5년 이내에 취득·등기한 부동산으로 보아 등록세를 중과세한 처분이 적법한 지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2001.8.4. 청구인에게 부과고지한 취득세 68,222,960원, 농어촌특별세 6,253,760원, 등록세 65,446,110원, 지방교육세 11,998,440원, 합계 151,921,270원(가산세 포함)을 취득세 37,543,670원, 농어촌특별세 3,441,500원, 등록세 16,092,010원, 지방교육세 2,950,200원, 합계 60,027,380원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.3.15. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 3,967㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후 이 사건 토지상에 공장용 건축물 1997.64㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 신축·취득하여 일반세율에 대한 취득세 및 등록세 등을 각각 신고납부하였으나, 2001.2.18. 처분청의 세무조사 결과 이 사건 건축물의 2개층 중 1층은 공장과 자재 적재공간으로, 2층은 제품전시실과 본점 사무소용으로 사용하고 있음이 확인됨에 따라 이 사건 토지와 건축물 중 1층 공장 등을 제외한 본점사용 면적 부분을 과밀억제권역안에서 취득한 본점사업용부동산 및 대도시내에서 법인을 설립한 후 5년 이내 취득·등기한 본점사무소용 부동산으로 보아 이 사건 토지와 건축물의 취득가액에서 본점사무소로 사용하고 있는 면적을 안분한 가액(3,471,607,097원)에 지방세법 제112조제3항 및 제138조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 취득세 68,222,960원, 농어촌특별세 6,253,760원, 등록세 65,446,110원, 지방교육세 11,998,440원, 합계 151,921,270원(가산세 포함)을 2001.8.4. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 취득세 등 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 이 사건 토지는 청구외 학교법인 ㅇㅇ대학이 금융기관(ㅇㅇ공사)의 부채상환을 위하여 ㅇㅇ공사의 동의를 얻어 매각하는 토지를 취득한 것이므로 구 ㅇㅇ도세감면조례(2000.3.20. 조례 제2985호로 개정되기 이전의 것. 이하 같다) 제29조의2 제1항 및 제3항의 규정에 따라 취득세와 등록세의 중과세 적용대상이 아니라 하겠으며, 이 사건 토지와 건축물은 공업배치및공장설립에관한법률 제28조의 규정에 의한 도시형 업종을 영위하는 공장이고 본점과 관련한 어떠한 등기도 이루어지지 않았는데도 이건 토지와 건축물의 일부에 대하여 취득세와 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 과밀억제권역안에 있는 본점사업용 부동산으로 보아 취득세를 중과세 하고 대도시내 법인 설립 후 5년 이내에 취득·등기한 부동산으로 보아 등록세를 중과세한 처분이 적법한 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관련법령을 보면, 구 ㅇㅇ도세감면조례 제29조의2제1항에서 부동산매매계약일 현재 5년 이상 사업을 영위한 법인이 은행법·보험업법·신탁업법 및 그 밖의 법률에 의한 금융기관의 부채상환을 위하여 금융기관의 담보물권이 설정된 부동산을 당해 금융기관의 요청 또는 동의를 얻어 매도하는 경우에 그 부동산을 취득하는 자에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 그 제3항에서 기업이 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 수도권과밀억제권역안에서 제1항의 규정에 의한 부동산을 취득하는 경우에는 지방세법 제112조제3항 및 제138조제1항의 규정에 의한 중과세율을 적용하지 아니하도록 규정하고 있으며, 지방세법 제112조제3항에서 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 하도록 규정하면서 지방세법시행령 제84조의2제3항에서 법 제112조제3항에서 “대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산”이라 함은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 말한다고 규정하고 있고, 구지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것)제138조제1항 본문 및 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 100분의 300으로 중과세 하도록 규정하고 있고 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것) 제102조제2항에서 “법 제138조 제1항 제3호에서의 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 청구외 학교법인 ㅇㅇ대학이 ㅇㅇ공사에 대한 금융부채상환을 위하여 ㅇㅇ공사의 매각 동의를 얻은 이 사건 토지를 1999.12.13. 매매계약을 체결하고 2000.3.15. 잔금을 지급하여 취득한 후, 2000.12.2. 이 사건 토지상에 이건 건축물을 신축하여 1층은 공장으로, 2층 일부를 본점사무실로 사용하고 있는 사실이 제출된 자료에서 확인되고 있는 바, 처분청은 청구인이 취득한 이 사건 토지가 ㅇㅇ공사의 금융부채상환을 위하여 매각한 토지이지만 ㅇㅇ공사는 구 ㅇㅇ도세감면조례 제29조의2 제1항에서 규정하고 있는 금융기관에 해당되지 아니하며, 이 사건 건축물의 일부를 본점 사무소로 보아 취득세와 등록세 등을 중과세한 사실을 알 수 있으므로 이에 대한 청구인의 주장을 차례대로 살펴보면, 먼저, 청구인은 ㅇㅇ공사가 구 ㅇㅇ도세감면조례 제29조의2제1항에서 규정한 금융기관에 해당하므로 동 감면조례 제3항 규정에 의거 이사건 토지가 중과세 대상에서 제외되어야 한다고 주장하고 있는 것을 보면, 이 사건 토지가 구 ㅇㅇ도세감면조례 제29조의2제1항에서 규정하고 있는 금융부채상환용 토지에 해당하는 지 여부에는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없고 다만, ㅇㅇ공사가 동 감면조례에서 규정하고 있는 금융기관에 해당하는 지 여부에 다툼이 있으므로 이에 대하여 살펴보면, ㅇㅇ공사는 금융기관부실자산등의효율적처리및ㅇㅇ공사의설립에관한법률 제6조의 규정에 의하여 금융기관이 보유하는 부실자산의 정리촉진과 부실징후기업의 경영정상화를 효율적으로 지원하기 위하여 설립된 법인으로서, 법인세법시행령 제61조제2항제19호에서 금융기관으로 규정하고 있는 것을 보면 ㅇㅇ공사는 특수한 금융기관으로서 감면조례상 그 밖의 법률에 의한 금융기관에 해당된다고 보는 것이 타당하다 할 것(같은 취지의 행정자치부 심사결정 2000.6.27. 제2000-504호 및 2000.7.25. 제2000-576호)이므로 이 사건 토지는 구 ㅇㅇ도세감면조례 제29조의2 제1항 및 제3항의 규정에 따라 중과세 적용대상에서 제외되어야 하는 데도 처분청에서 이건 토지에 대하여 취득세와 등록세 등을 중과세한 처분은 잘못이라 하겠다. 다음으로 청구인은 이 사건 건축물이 도시형업종을 영위하는 공장이며 본점으로 등기한 사실이 없으므로 중과세 대상이 아니라는 주장에 대하여 보면, 처분청의 세무공무원이 2001.3.9. 실시한 이 사건 건축물의 세무조사에서 촬영한 사진 및 청구인의 직원(총무부장 ㅇㅇㅇ)이 직접 작성한 이건 건축물의 이용현황 확인서 등에서 이 사건 건축물의 1층은 공장으로 사용하고, 2층은 대표이사실·총무과·영업부·경리부·자재부·생산부 등의본점용 사무실과 제품전시실 등으로 사용하고 있는 사실이 명백히 확인되고 있으므로 처분청이 이 사건 건축물의 2층 중 본점용 사무실 면적(950.77㎡)에 대하여 과밀억제권역안에 설치한 본점 사업용 부동산 및 대도시내에서의 법인 설립 이후의 5년 이내에 취득한 일체의 부동산 등기에 해당하는 것으로 보아 취득세와 등록세 등을 중과세한 처분은 정당하다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 12. 17. 행 정 자 치 부 장 관