창업벤처중소기업이 사업용 재산을 취득한 후 취득일로부터 2년내에 임대한 경우에 임대한 부동산에 대한 취득세 등을 부과고지한 처분이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 2000.2.29. 설립된 청구인이 2000.3.30. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 소재 ㅇㅇ빌딩내 건축물 934.8㎡(5층: 507～513호, 6층: 607～613호, 7층: 1107～1117호)와 동 부속토지 122.5㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득함에 따라 조세특례제한법 제119조 제3항 및 같은 법 제120조 제3항의 규정에 의한 창업벤처중소기업이 취득하는 사업용 재산으로 보아 취득세 및 등록세 등을 과세면제하였으나, 청구인은 이 사건 부동산중 5층 및 6층 전체를 취득일로부터 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 임대하고 있으므로 임대한 건축물 579.24㎡와 동 건축물의 부속토지 75.8㎡(이하 “이 사건 쟁점부동산”이라 한다)의 취득가액(1,835,086,260원)에 지방세법 제121조제1항 및 같은 법 제138조 제1항의 세율(대도시내 법인설립이후 5년내에 취득·등기한 부동산으로 보아 중과)을 적용하여 산출한 취득세 44,042,060원, 등록세 198,189,310원, 지방교육세 36,334,700원, 합계 278,566,070원(가산세 포함)을 2001.7.12. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 소프트웨어 개발 및 공급업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 2000.3.30. 이 사건 부동산을 취득하였으나 조세특례제한법 제119조 제3항 및 같은 법 제120조 제3항 단서에서 취득·등기일로부터 2년내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 사업용 재산에 대하여 취득세 및 등록세 등을 추징하도록 규정하고 있음에도, 처분청에서는 단지 임대하였다는 사유만으로 취득·등기일로부터 2년이 경과하지 아니한 이 사건 쟁점부동산에 대한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리 부의 판단 이 사건 심사청구는 창업벤처중소기업이 사업용 재산을 취득한 후 취득일로부터 2년내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 임대한 경우에 임대한 부동산에 대한 취득세 등을 부과고지한 처분이 적법한지에 관한 다툼이라 하겠으므로, 먼저 관계법령의 규정을 살펴 보면, 조세특례제한법 제119조제3항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기일로부터 2년이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다”라고 규정하고, 그 제1호에서 “창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다)부터 2년이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기”라고 규정하고, 같은법 제120조 제3항에서 “창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일로부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다”라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2000.2.29. 설립된 법인으로서 2001.1.16. 컴퓨터주변기기를 제조·판매하는 (주)ㅇㅇ와 합병한 다음 2001.3.10. ㅇㅇ지방중소기업청장으로부터 벤처기업확인서를 교부받았으나 합병전 (주)ㅇㅇ는 1998.12.8. 설립된 법인으로서 2000.3.30. 이사건 부동산을 취득한 후 2000.11.1. 이 사건 쟁점부동산을 임대(기간: 2000.11.1.～2001.10.31)한 상태에서 2001.1.16. 청구인에게 합병되었고 합병이후에도 청구인이 계속하여 임대하고 있으므로서 처분청에서는 임대한 이 사건 쟁점 부동산에 대하여 일반세율을 적용하여 산출한 취득세와 대도시내 법인설립이후 5년내에 취득·등기한 부동산으로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 2001.7.12. 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조제3항 단서에서 취득·등기일로부터 2년내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 사업용 재산에 대하여 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있음에도, 취득·등기일로부터 2년이 경과하지 아니한 이 사건 쟁점 부동산에 대한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 조세특례제한법 제119조제3항 및 같은법 제120조제3항 단서에서 취득·등기일로부터 2년내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 사업용 재산에 대하여는 취득세 및 등록세 등을 추징한다라고 규정하고 있으므로 동규정에서의 “2년내에 당해 사업에 직접 사용”이라 함은 사업용 재산을 취득등기하였으면 2년내에 당해 사업에 직접 사용하기 위한 준비절차를 이행하여 사업용에 직접 공여되고 있는 것을 뜻하고 취득등기일로부터 2년내에 직접 사용하지 아니하고 매각한다든지 또는 임대한 경우에는 임대시점부터 직접 사용하지 않는 것으로 보아 기과세면제된 취득세 등을 추징한다는 것이므로 청구인의 경우는 2000.3.30. 피합병 법인인 (주)ㅇㅇ가 취득한 이 사건 부동산을 2000.11.1.부터 이 사건 쟁점 부동산을 임대하고 있는 상태에서 2001.1.16. 청구인에게 합병되었고, 그 후 청구인이 계속 임대한 사실이 임대차계약서 등에서 입증되고 있는 이상, 처분청에서 임대한 이 사건 쟁점 부동산에 대한 취득세 등을 부과고지한 것은 적법한 부과처분이라고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 12. 17. 행 정 자 치 부 장 관