학교법인이 건축물의 일부를 임대한 경우 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.12.31.과 1998.9.11. 및 1999.9.7.에 각각 신축한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지상의 복지관용 건축물외에 2동의 건축물에 대하여 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 그 후 세무조사결과 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구ㅇㅇ동 ㅇㅇ번상의 제1복지관 건축물 7,504.69㎡중 2,816.7㎡(이하 “제1쟁점 건축물”이라 한다)과 같은 동 481번지 상의 제2복지관 건축물 2,390㎡중 1,195㎡(이하 “제2쟁점 건축물”이라 한다), 그리고 같은 동 240번상의 건축물 12,533.92㎡중 717.15㎡(이하 “제3쟁점건축물”이라 한다)을 교육용에 직접 사용하지 아니하고 임대하고 있으므로 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아, 제1 내지 제3쟁점 건축물의 취득가액(3,859,249,683원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 92,621,960원, 농어촌특별세 8,490,320원, 등록세 37,048,770원, 지방교육세 6,792,260원, 합계 144,953,310원(가산세 포함)을 2001.9.11. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 제1복지관과 제2복지관을 신축한 후 청구인이 별도로 설립한 (사)ㅇㅇ대학교 ㅇㅇ조합(이하 “ㅇㅇ조합”이라 한다)으로 하여금 관리운영토록 하고, 그 잉여금은 대학교에 기부하여 학교 후생복지향상에 사용하도록 약정을 체결하였으며, 이러한 약정에 따라 ㅇㅇ조합은 위탁받은 후생복지시설을 운영하면서 일부는 직영하고, 일부는 임대 또는 위탁하고 있는 것으로서 이러한 모든 사업이 청구인의 구성원들의 후생복지향상을 위한 것이며, 제3쟁점 건축물의 경우에도 이는 이공대학의 구내식당으로서 임대차계약상 주방기기 등의 시설비용을 청구인이 부담하고 있으며, 임대수입도 학생들의 후생복지증진을 위하여 재투자하고 있는 상태로서, 처분청이 이 사건 제1 내지 제3쟁점건축물에 대하여 이를 수익사업에 사용하고 있다하여 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 학교법인이 건축물의 일부를 임대한 경우 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1항 본문 및 제1호, 제127조 제1항 제1호, 지방세법시행령 제79조 제1항 제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득 등기하는 부동산(법 제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상 제외)에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하지만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득 물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1997.12.31. 신축한 이공대학 건축물의 지하 1층 구내식당과 매점인 이 사건 제3쟁점 건축물에 대하여 2000.3.30. 청구외 (주)ㅇㅇ국토개발과 일시불로 총 임대료 114,100,000원을 지급하기로 하는 내용의 임대계약을 체결하여, 청구외 (주)ㅇㅇ국토개발이 이를 운영하고 있으며, 제1,2쟁점건축물의 경우에도청구인은 ㅇㅇ조합과 1998.11.25. 약정을 체결하여 청구인의 구내 매점 등 후생복지시설을 ㅇㅇ조합이 사용하고 그에 따른 사용료를 지급하도록 하였고, 이러한 약정에 따라 ㅇㅇ조합은 제1복지관과 제2복지관 건축물의 일부에 대하여 매월 고정된 금액의 임대료를 받거나 매출액에 따른 일정비율의 수수료를 받기로 하는 등의 형태로 제3자에게 제과점, 안경점, 종합매장, 식당 등으로 사용토록 하고 있으며, ㅇㅇ조합은 이러한 임대수입과 관련하여 법인세를 신고하고 있는 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 제1,2복지관 및 이공대학 건축물내의 후생시설인 이 사건 제1 내지 제3쟁점 건축물에 대하여 이를 임대 또는 직영하면서 그 수입을 후생복지사업에 재투자하고 있으므로 수익사업에 사용하는 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장하고 있으나, 청구인의 경우 제3쟁점 건축물에 대하여는 청구인이 이를 직접 임대하였고, 제1,2쟁점 건축물에 대하여는 별도의 법인인 ㅇㅇ조합에 사용토록 하고 사용료를 받기로 하였던 사실과 ㅇㅇ조합이 청구인으로부터 사용허가를 받은 학교구내의 편의시설 등을 임대료 및 수수료 등을 받고 제3자에게 사용토록 하였으며, 그에 따른 수익금중 일부를 기부금 명목으로 청구인에게 지급하고 있는 사실을 볼 때, 이 사건 쟁점건축물은 모두 수익사업에 해당하는 부동산 임대업에 사용하는 부동산에 해당된다고 보아야 할 것이며, 청구인이 이러한 수익금을 학교의 후생복지사업에 재투자한다고 하여 이를 달리 볼 것은 아니라 하겠으므로, 처분청이 이 사건 쟁점 건축물에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 아무런 잘못이 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 12. 17. 행 정 자 치 부 장 관