취득세 납세의무가 성립하였는 지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 1998.1.14. 청구인에게 부과고지한 취득세 171,755,370원, 농어촌특별세 4,240원, 합계 171,759,610원(가산세 포함)에 대한 심사청구는 각하하고, 2001.2.14. 부과고지한 취득세 23,729,300원, 농어촌특별세 2,174,990원, 합계 25,904,290원(가산세 포함)은 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1991.5.31. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 소재 상가 건축물 3,277.65평(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)중 1,438.56평(이하 “이 사건 쟁점건축물”이라 한다)에 대하여 매매예약을 하고 계약금을 지급한 상태에서, 1997.12월경 세무조사를 실시한 결과 청구인이 취득하기로 매매예약한 이 사건 쟁점건축물중 106개 점포를 청구인이 제3자에게 분양 또는 임대하였고, 일부는 청구인의 본점으로 사용하고 있으므로, 제3자에게 분양 또는 임대한 점포와 본점 사무실로 사용하고 있는 부분은 청구인이 이를 사실상 취득한 것으로 보아 취득세 171,755,370원, 농어촌특별세 4,240원, 합계 171,759,610원(가산세 포함)을 1998.1.14. 부과고지하였고, 그 후 2000.12월에 추가로 세무조사를 실시한 결과 이 사건 쟁점건축물중 23개 점포를 추가로 제3자에게 분양하였으므로 추가로 분양한 점포의 취득가액(988,783,035원)에 지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 23,729,300원, 농어촌특별세 2,174,990원, 합계 25,904,290원(가산세 포함)을 2001.2.14. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 취득세 등 부과 처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 이 사건 쟁점건축물과 그 부속토지를 취득하기로 매매예약을 하고 계약금을 지급하였으나 도시재개발사업이 완료되지 않아 중도금과 잔금 지급을 하지 않은 상태에서, 청구외 ㅇㅇ지구 주택개량재개발조합(이하 “재개발조합”이라 한다)이 이 사건 건축물에 대한 사용승인을 받아 소유권 보존등기를 함에 따라, 재개발조합과 공사 시공사인 청구외 (주)ㅇㅇ토건 및 청구인간에 공사비 및 매매대금에 대한 분쟁을 해결하기 위하여 ㅇㅇ지구 주택개량재개발조합 (가)합의서를 작성하였고, 이러한 (가)합의서에 의하여 청구인은 재개발조합과 부동산매매계약 변경계약을 체결하여 청구인이 이 사건 건축물중 최종적으로 취득할 건축물과 매매대금을 확정하였는 바, 처분청이 2001.2.14.에 사실상 취득한 것으로 보아 부과한 과세대상 물건은 최종 부동산매매 변경계약서에서 매매대상 물건에서 제외되었을 뿐만 아니라, 당초 부동산 매매예약서에는 매매대금과 소유권 이전을 받을 부동산이 확정되어 있지 아니한 상태에서 경개계약을 체결하여 매매대금과 매수부동산을 변경하였으나 현재까지도 변경된 매매대금을 모두 지급하지 않은 상태인데도, 처분청이 당초 매매예약서상의 매매대금을 기준으로 분양 또는 임대한 점포를 사실상 취득한 것으로 보아 취득세를 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 취득세 납세의무가 성립하였는 지 여부에 대한 다툼이라 하겠다. 먼저 관련법령을 보면, 지방세법 제105조 제2항에서 부동산 등의 취득에 있어서는 민법 등 관계법령의 규정에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 본다고 규정하고 있고, 같은 법시행령 제73조 제1항 제1호에서 법 제111조 제5항 각호의 1에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일을 취득일로 보도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 재개발조합은 사업시행인가를 받아 1989.1.21.부터 건축공사를 시작하여 1998.2.2. 아파트 및 상가에 대하여 건축물 사용승인을 받고, 1999.12.20.에 소유권 보존등기를 하였고, 청구인은 재개발사업이 진행중이던 1991.5.31. 재개발지구내 주상복합건물의 상가부분인 이 사건 건축물중 1,438.56평을 8,512,960,000원에 매수하기로 매매약정을 체결하고, 계약금 2,327,272,727원을 지급하였으나 중도금과 잔금은 지급하지 아니한 상태에서, 1997.12월과 2000.12월 처분청은 세무조사시 청구인이 취득하기로 예정한 이 사건 쟁점건축물(157개 점포)중 106개 점포를 제3자에게 분양하거나 임대하고 있었고, 일부(71.06㎡)는 본점으로 사용중이었으며, 2001.9.4. 청구인과 재개발조합 및 청구외 (주)ㅇㅇ토건은 공사비의 정산과 소유권에 관한 분쟁 등을 해결하기 위하여 주택개량재개발사업(가)합의서를 작성하였으며, 그 합의서 내용을 보면 재개발조합은 공사시공자에게 공사비에 대한 대물변제로 당초 청구인이 취득하기로 예약한 점포중 49개 점포를 포함한 총 67개 점포를 공사시공자에게 소유권 이전등기하고, 재개발조합과 청구인은 부동산매매계약 변경 계약을 체결하기로 하였으며, 이러한 합의에 따라 2001.9.25. 청구인과 재개발조합은 부동산변경매매계약을 체결하면서 총 매매대금을 2,627,272,727원, 매매대상 점포면적을 4,087.079㎡(111개 점포)로 확정하고, 청구인이 당초 지급한 계약금(2,327,272,727원)을 공제한 잔금 300,000,000원을 공사시공자에게 지급하기로 한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 첫째, 처분청이 1998.1.14. 청구인에게 부과한 취득세 등 부과처분의 경우 구 지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제73조 및 제74조에서 도세에 관하여 이의신청을 하고자 하는 경우에는 그 처분이 있는 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)로부터 60일 이내에 하여야 하고, 심사청구를 하고자 하는 경우에는 이의신청 결정통지를 받은 날로부터 60일 이내에 하여야 하는 데, 처분청은 1998.1.14. 등기우편으로 청구인의 주소지로 납부고지서를 발송하였고, 청구인도 다음날 이를 수령한 사실을 인정하고 있으므로, 납부고지서를 받은 날로부터 3년이 지난 2001.5.16.에서야 이의신청을 하였으므로 기간경과로 인하여 본안심의대상에 해당되지 않는다 하겠으므로 이 부과처분에 대한 심사청구는 각하하며, 둘째, 2001.2.14. 부과고지한 처분에 대하여 살펴보면, 청구인은 매매예약 상태에서 매수예정 부동산을 제3자에게 분양하였으나, 그 후 본 계약을 체결하면서 매매대금과 매매부동산 등을 변경하고 계약상 잔금을 지급하지는 않은 상태로서, 일부 매매대금을 지급하고, 지급한 매매대금에 상당하는 매매예정 부동산을 제3자에게 분양한 것을 사실상 취득으로 볼 수 있는 지 여부에 관하여 다툼이 있을 수 있지만, 이를 취득세 납세의무가 성립된 것으로 본다 하더라도 청구인이 이 사건 쟁점건축물을 취득과 관련하여 최종적으로 지급하기로 확정한 매매대금은 2,627,272,727원이고, 처분청은 1998.1.14. 청구인에게 취득세 등을 부과하면서 이 사건 쟁점부동산의 취득과 관련하여 최종 확정된 매매대금을 초과하는 금액인 6,629,293,141원을 과세표준으로 하여 취득세 등을 부과하였기 때문에 이미 정당한 과세표준을 초과하여 과세한 것이 되어 더 이상 부과할 세액이 없다 하겠으므로, 처분청이 추가로 취득세 등을 부과고지한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 11. 26. 행 정 자 치 부 장 관