대도시내로 전입한 법인이 대도시내에서 설립되어 5년이 경과한 법인을 흡수합병한 후 취득 등기한 부동산 등기에 대하여 등록세를 중과세한 것이 적법한 과세처분인 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 1988.4.1. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에서 설립된 청구인과 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ로 ㅇㅇ가 ㅇㅇ번지 ㅇㅇ보험주식회사(이하 ㅇㅇ 이라 한다)가 2000.2.24. 합병계약을 체결한 후 2000.3.25. 청구인의 본점을 ㅇㅇ의 본점 소재지로 이전(전입)한 다음 2000.5.1. 합병한 법인으로서, 2000.12.15. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ가 ㅇㅇ번지 ㅇㅇ빌딩(대지 3,481,50㎡, 건축물 54,672.32㎡, 이하 이 사건 부동산 이라 한다)으로 본점을 이전한 후 2000.12.22. 이 사건 부동산을 취득하여 소유권 이전등기를 위해 그 취득가액(167,000,000,000원)을 과세표준으로 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 15,030,000,000원, 지방교육세 3,006,000,000원, 합계 18,036,000,000원을 신고납부하자, 처분청은 대도시외 법인이 대도시내로 이전(전입)하여 취득 등기한 부동산 등기로 보아 2001.2.20. 이를 수납하여 징수 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1988.4.1. 대도시외에서 설립된 법인으로서 1973.5.25. 대도시내에서 설립되어 5년이 경과된 ㅇㅇ와 2000.2.24. 합병계약을 체결한 후 2000.3.25. 본점을 대도시내로 이전(전입)하고, 2000.5.1. ㅇㅇ를 흡수합병한 법인으로, 2000.12.15. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ가 ㅇㅇ번지로 본점을 이전한 다음, 2000.12.22. 이 사건 부동산을 취득하여 소유권이전등기를 하기 위해 2001.2.20. 등록세 등을 신고납부하자, 처분청은 지방세법 제138조 제1항 제3호에서 대도시외에서 설립된 법인이 대도시내에서 설립되어 5년이 경과한 법인을 흡수합병한 경우 등록세 중과세 대상으로 규정하고 있지 아니하고 있음에도 신고납부된 등록세 등을 수납 징수 결정한 것은 부당하다고 주장하고, 설령 청구인의 부동산 등기에 대하여 등록세를 중과세 한다고 하더라도 지점 설치 후 5년이 경과한 지점과 5년이 경과되지 아니한 지점을 합병하는 경우와 중과대상 업종과 중과제외업종을 겸업하는 경우에는 사용면적 또는 매출액으로 각각 안분하여 과세하도록 심사결정사례(행정자치부 심사결정 2000.11.28. 제2000-865호, 2001.5.28. 제2001-283호)에 비추어 등록세 중과세 대상이 아닌 ㅇㅇ(대도시내 기존법인)에 해당하는 비율(자산비율78.1%)은 일반세율로 적용하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내로 전입한 법인이 대도시내에서 설립되어 5년이 경과한 법인을 흡수합병한 후 취득 등기한 부동산 등기에 대하여 등록세를 중과세한 것이 적법한 과세처분인 지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제138조 제1항 본문 및 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과세 하도록 규정하고 있고, 같은 법시행령 제102조 제2항에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1988.4.1. 대도시외에서 설립된 법인으로서 대도시내의 기존법인인 ㅇㅇ와 2000.2.24. 합병계약을 체결한 후 2000.3.25. 대도시내로 본점을 이전(전입)하고, 2000.5.1. 합병한 법인으로 2000.12.15. 이 사건 부동산 소재지로 본점을 이전한 다음, 2000.12.22. 이 사건 부동산을 취득하여 소유권이전등기를 하기 위해 등록세 등을 신고납부함에 있어, 처분청은 청구인이 대도시내로 본점을 이전(전입)하고 5년 이내에 취득 등기한 부동산 등기에 해당한다고 하여 중과세율을 적용한 등록세를 수납 징수 결정한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 지방세법 제138조에서 대도시외 법인이 대도시내로 전입한 후 대도시내의 기존법인을 흡수합병한 경우는 등록세 중과세 대상으로 규정하고 있지 아니하므로, 중과세 대상에서 제외되어야 하고, 설령 중과세 한다고 하더라도 대도시내 기존법인인 ㅇㅇ에 해당하는 부분은 중과세 대상에서 제외되어야 한다고 주장하고 있지만, 법인이 흡수합병 방식으로 합병하는 경우 피합병법인의 인격은 소멸되고, 합병법인의 인격이 그대로 존속되는 것이므로, 합병법인이 대도시외에서 대도시내로 전입한 후 5년이 경과되지 아니하므로서 중과세 대상이 되는 기간 중에 부동산 취득 등기를 하였다면, 중과세 대상이 된다 할 것이므로, 청구인의 경우와 같이 대도시외에서 설립되어 2000.3.25. 대도시내로 전입한 경우라면 2000.5.1. 대도시내의 기존법인인 ㅇㅇ를 흡수합병 하였다 하더라도 대도시전입 후 5년 이내인 2000.12.22.에 이 사건 부동산을 취득 등기한 사실이 제출된 관련자료에서 확인되고 있는 이상, 등록세 중과세 대상이 된다 할 것이고, 또한 지방세법 제138조 제1항 및 같은 법시행령 제102조 제2항 등에서 법인이 합병하는 경우 기존법인에 해당하는 부분을 등록세 중과세 대상에서 제외한다거나 자산비율로 안분하여 중과세 한다는 명문규정이 없으므로, 대도시내 기존법인인 ㅇㅇ에 해당하는 자산비율을 등록세 중과세 대상에서 제외하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 10. 29. 행 정 자 치 부 장 관