비영리사업자인 학교법인이 학교부지로 사용할 목적으로 취득한 토지를 유예기간(3년)내에 직접 사용하지 못한 경우 법인의 비업무용토지에 해당되는 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1996.2.26.과 1997.1.20. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 외 7필지 토지 25,353㎡(이하 이 사건 토지 라 한다)를 학교용지로 사용하기 위하여 취득한 데 대하여 취득세 등을 비과세 하였으나, 유예기간(3년)내에 법인의 고유목적사업에 직접 사용하지 아니함에 따라 비과세 된 취득세 등을 추징하면서 이 사건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 그 취득가액(951,071,150원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조 제2항(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것)의 세율을 적용하여 산출한 취득세 114,180,000원, 농어촌특별세 10,466,500원, 합계 124,646,500원과 지방세법 제131조 제1항 제2호의 세율을 적용하여 산출한 등록세 34,254,000원, 교육세 6,279,900원, 합계 40,533,900원(가산세 포함)을 2001.6.12. 및 2001.6.18. 각각 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 청구인이 운영하고 있는 ㅇㅇ대학교 보건대학 이전계획에 의거 학교용지로 사용하기 위하여 이 사건 토지를 ㅇㅇ시 ㅇㅇ교육청으로부터 취득하여 당초 계획대로 사용하지 못하고 있던 중 청구 외 ㅇㅇ학원에서 ㅇㅇ고등학교의 열악한 교육여건 개선을 목적으로 이 사건 토지의 사용허가를 요청함에 따라 ㅇㅇ시 교육청의 승인을 받아 학교시설건축공사에 착수하였으나, 청구 외 ㅇㅇ학원에서 이 사건 토지는 시내 중심권의 원거리에 위치하고 있어 통학불편은 물론 학생지도 애로 등 학교부지로서는 부적절 하다고 판단한 다음 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동으로 학교이전을 추진함에 따라 청구인은 당초 취득목적대로 ㅇㅇ대학교 보건대학의 이전을 추진하기 위하여 학교시설건축공사를 진행하고 있음에도 이 사건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 비과세된 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 비영리사업자인 학교법인이 학교부지로 사용할 목적으로 취득한 토지를 유예기간(3년)내에 직접 사용하지 못한 경우 법인의 비업무용토지에 해당되는 지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법 제107조(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 이전의 것) 본문 및 그 제1호, 제127조 제1항 및 그 제1호, 같은 법시행령 제79조 제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 비과세 하지만, 취득(등기)일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법 제112조 제2항 제6호, 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제84조의4 제1항 본문에서 법인이 토지를 취득한 후 유예기간(3년)내에 정당한 사유 없이 목적사업(법령 또는 당해 법인의 법인등기부상 목적사업)에 직접 사용하지 아니하거나 적정기준을 초과하여 소유하고 있는 토지는 법인의 비업무용토지로 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청에서는 청구인이 이 사건 토지를 학교용지로 사용하기 위하여 취득한 데 대하여 취득세 등을 비과세 하였으나, 유예기간(3년)내에 청구인의 고유목적사업에 직접 사용하지 아니함에 따라 비과세된 취득세 등을 추징하면서 이 사건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 추징한 사실을 관련 자료에서 확인할 수 있다. 이에 대하여 청구인은 청구인이 운영하고 있는 ㅇㅇ대학교 보건대학 이전계획에 의거 학교용지로 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득한 후 학교내부 사정으로 학교용지로 사용하지 못하고 있던 중 청구 외 ㅇㅇ학원의 요청에 따라 ㅇㅇ학원이 운영하는 ㅇㅇ고등학교의 학교이설부지로 사용허가하여 학교시설공사에 착수하였으나, 이 사건 토지가 시내 중심권과 원거리에 위치하고 있다는 사유 등으로 청구 외 ㅇㅇ학원이 이건 토지가 아닌 다른 지역으로 학교이전계획을 변경함에 따라 청구인이 당초 계획대로 ㅇㅇ대학교 보건대학의 이전을 추진하기 위하여 학교시설건축공사를 진행하고 있음에도 이 사건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 비과세된 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대 청구인은 이 사건 토지를 학교용지로 사용하기 위하여 1995.3.6. 매매계약을 체결한 후 잔금을 지급하기도 전인 1995.12.10. 청구 외 학교법인 ㅇㅇ학원에 토지 사용을 허가하였다가(ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 산ㅇㅇ번지 임야 4,206㎡는 1996.11.30.매매계약을 체결하고 1997.1.20.취득) 청구 외 학교법인 ㅇㅇ학원이 1996.5.14. 학교건축물 승인을 받아 학교시설 착공신고서(착공예정일 1996.8.2., 준공검사예정일 1997.12.31.)를 제출하고 학교시설공사를 시작한 사실은 있지만 청구의 ㅇㅇ학원도 이 사건 토지가 시내 중심권과 원거리에 위치하고 있어 학생지도 및 통학불편 등을 이유로 다른 곳으로 이전하기로 학교이전계획을 변경함에 따라, 이 사건 토지는 학교시설공사가 3년 3개월 동안 중단된 상태로 방치되고 있는 사실이 2001.3.23. 처분청 세무공무원의 현지 출장복명서에서 확인되고 있고, 청구인이 운영하고 있는 ㅇㅇ대학교 보건대학에서는 이 사건 토지를 학교용으로 사용하기 위한 아무런 노력도 하지 아니하고 방치하고 있었음이 관련자료에 의해서 인정되므로 비록 청구 외 ㅇㅇ학원이 이 사건 토지를 학교용지로 사용하기 위하여 학교시설공사에 착수한 사실이 있었다는 이유로 청구인의 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다거나 청구인의 고유업무에 직접 사용한 것으로 볼 수는 없다 하겠으므로 처분청에서 이 사건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세 추징하고 비과세된 등록세 등을 부과처분 한 것은 정당한 과세처분이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 10. 29. 행 정 자 치 부 장 관