토지와 건축물의 취득세 등 과세표준 산정이 적법한지 여부와 창업중소기업이 창업일로부터 2년 이내에 취득한 부동산으로서 취득세 등의 감면대상에 해당하는 지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2001.6.10. 청구인에게 부과고지한 취득세 87,439,020원, 농어촌특별세 8,015,230원, 등록세 26,133,120원, 교육세 4,791,040원, 합계 126,378,410원(가산세 포함)을 취득세 86,089,370원, 농어촌특별세 7,891,520원, 등록세 25,593,260원, 교육세 4,692,070원, 합계 124,266,220원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.5.29. 원시취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 1필지 토지 50,409㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)와 1997.11.13.에 취득한 이 사건 토지상의 건축물 6,875.29㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다) 및 1997.9.11.과 2000.4.4.에 취득한 허브크레인 1기와 겐트리크레인 2기 및 하역기구(이하 “이 사건 기계장비”라 한다)에 대하여 세무조사를 실시한 결과 취득세를 과소신고납부한 사실을 확인하고, 이 사건 토지와 건축물 및 기계장비의 정당한 과세표준에서 이미 신고한 과세표준을 차감한 금액(5,757,858,074원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 138,188,590원, 농어촌특별세 12,667,280원, 등록세 51,507,900원, 교육세 9,443,080원, 합계 211,806,850원(가산세 포함)을 과세예고하였다가, 청구인이 과세전적부심사청구를 하자 청구인의 주장중 기계장비에 대하여 일부 이유가 있다고 보아 취득세 87,439,020원, 농어촌특별세 8,015,230원, 등록세 26,133,120원, 교육세 4,791,040원, 합계 126,378,410원(가산세 포함)을 2001.6.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 취득세 등 부과 처분의 경정을 구하면서 그 이유로, 첫째, 청구인은 1992.1.1.에 창업한 중소기업으로서, 1992.7.8. 항만공사 시행허가를 받고, 1997.5.29.에 이 사건 토지를 원시취득한 것으로서, 지방세법시행령 제73조 제10항 단서에서 공사준공인가일 전에 사용승낙이나 사용허가를 받은 경우에는 사용승낙일 또는 허가일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있으므로, 청구인의 경우 이 사건 토지를 1992.7.8.에 취득한 것으로 보아야 할 것이므로 창업중소기업이 창업일로부터 2년내에 취득한 부동산으로서 취득세 등의 100분의 50 감면대상에 해당될 뿐만 아니라, 이 사건 토지의 법인장부가액에는 이미 납부한 취득세 등이 포함되어 있는데도 이러한 납부세액을 포함한 금액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 추징한 처분은 부당하며, 둘째, 이 사건 건축물의 법인장부상 가액에는 기업회계기준상 개업비로 처리하여야 할 일반관리비 99,991,000원이 포함되어 있으며, 처분청이 이러한 일반관리비를 이 사건 건축물의 취득가액에 포함하여 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 토지와 건축물의 취득세 등 과세표준 산정이 적법한지 여부와 창업중소기업이 창업일로부터 2년 이내에 취득한 부동산으로서 취득세 등의 감면대상에 해당하는 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관련법령을 보면, 지방세법 제111조제5항 본문 및 제3호, 같은 법시행령 제82조의2 제1항 제2호에서 법인장부인 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서에 의하여 취득가격이 입증되는 취득의 경우에는 사실상의 취득가액을 과세표준으로 하며, 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것) 제82조의3 제1항에서 취득세 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 법인세법 제16조 제11호의 규정에 의한 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)를 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다고 규정하고 있으며, 구 조세감면규제법(1993.12.31. 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제84조 제2항 및 제85조 제2항에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산의 취득 등기에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 감면하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1991.11.11. 항만하역관련 영업 및 하역품 보관, 운송업을 목적사업으로 하여 법인설립등기를 하고, 1992.7.8. 해운항만청으로부터 비관리청 항만공사시행허가를 득하고, 1994.2.23. 실시계획 승인을 받아 항만매립공사에 착공하여 1997.5.29. 공사준공 인가를 받아 이 사건 토지를 취득하였으며, 1997.6.28. 이 사건 토지상에 건축물 건축공사에 착공하여, 같은 해 11.13.에 사용승인서를 교부받아 취득하였으며, 청구인은 이 사건 토지의 취득과 관련하여 1997.11.30. 건설가계정 17,617,501,054원과 선급금 1,274,125,510원을 부두시설이용권13,726,790,954원과 토지 5,164,835,610원으로 각각 대체하였고, 같은 해 12.31. 선급금 2,169,685,400원과 건설가계정 99,991,000원을 건물 2,269,676,400원으로 대체하였으며, 1997년도말에 건설가계정 잔액은18,236,287,067원으로서 이중에는 일반경비가 포함되어 있으나 그중 460,345,975원은 개업비로, 99,991,000원은 이 사건 건축물 취득원가로, 나머지는 토지계정으로 대체하였음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인의 주장을 차례로 살펴보면, 첫째, 청구인은 이 사건 토지가 창업중소기업이 창업일로부터 2년 이내에 취득한 부동산이므로 취득세 등의 100분의 50 감면대상에 해당되며, 취득세 과세표준에 납부한 취득세 등을 포함한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구인의 경우 1991.11.11.에 법인설립 등기를 한 후 그 날로부터 5년 6개월이 경과한 1997.5.29.에서야 공유수면 매립공사를 완료하여 공사준공 인가를 받아 이 사건 토지를 취득하였으므로 창업중소기업에 대한 감면대상에 해당되지 않는다 하겠으며, 지방세법시행령 제73조 제10항 단서에서의 공사준공인가일 전에 사용허가를 받은 날을 취득일로 본다는 의미는 공유수면 매립공사를 진행하던 도중에 일부 매립토지의 사용허가를 받은 경우를 말하는 것으로서 청구인의 경우와 같이 공사 시행허가를 받은 날을 의미하는 것은 아니라 하겠으므로 창업일로부터 2년 이내에 공사 시행허가를 받았다 하여 이 날을 공유수면 매립토지의 취득일로 볼 수는 없는 것이라 하겠으므로 이에 대한 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 그러나 이 사건 토지의 법인장부상 가액은 건설가계정과 선급금에서 대체한 가액으로서 선급금에는 청구인이 이 사건 토지를 취득하면서 지급한 취득세와 농어촌특별세 56,235,610원이 포함되어 있으므로, 이러한 취득세액을 다시 취득세 과세표준에 포함할 수는 없다 하겠으므로 이 부분에 대한 청구인의 주장은 이유가 있다 하겠다. 둘째, 이 사건 건축물의 취득세 과세표준이 개업비로 처리하여야 할 비용이 포함되어 있으므로 이러한 금액을 건축물 과세표준에 포함한 것이 부당하다고 주장하고 있으나, 청구인이 개업비로 처리하여야 할 금액이라고 주장하는 99,991,000원은 건설가계정에서 건물로 대체처리된 것으로서, 건설가계정에 일반 경비가 포함되어 있는 것은 사실이지만, 건설가계정을 본 계정으로 대체하면서 청구인 스스로 부두시설이용권, 토지, 건물, 개업비로 각각 구분하여 대체하였고, 만약 회계처리가 잘못된 것이라면 법인장부를 수정하는 등의 조치를 취하여야 할 것인데도 현재까지 법인장부를 수정한 사실도 없으며, 건설가계정에 포함된 일반 경비가 기업회계기준상 전부 개업비로 처리되어야 할 항목인지 여부에 대한 구체적인 입증자료를 제시하고 있지도 아니하므로, 처분청이 이 사건 건축물의 법인장부상 가액을 취득세 과세표준으로 하여 취득세 등을 추징한 처분은 아무런 잘못이 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 10. 29. 행 정 자 치 부 장 관