의료법인이 임대한 부동산이 고유업무에 사용하는 부동산으로서 취득세 등 면제대상에 해당하는 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.1.25. 취득한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 6,237㎡와 그 지상 건축물 8,200.23㎡(이하 “ 이 사건 부동산”이라 한다)에 대하여 취득세 및 등록세를 면제하였으나, 그 중 일부(이하 “ 이 사건 쟁점부동산”이라 한다)를 1년 내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 임대하였으므로, 이 사건 쟁점부동산의 취득가액(224,221,983원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 5,381,270원, 농어촌특별세 593,270원, 등록세 8,071,970원, 교육세1,479,840원, 합계 15,426,390원(가산세 포함)을 2001.8.7. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 이 사건 쟁점 부동산을 전문 장의사 등에게 임대료를 받고 장례식장 등으로 임대하였으나, 동 시설은 의료업을 영위하는 자에게 있어서는 필수적인 시설로서 청구인의 통제하에 운영되고 있으므로 의료업에 직접 사용되는 부동산으로 보아 취득세 등을 면제하여야 함에도 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 의료법인이 임대한 부동산이 고유업무에 사용하는 부동산으로서 취득세 등 면제대상에 해당하는 지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제290조제1항에서 다음 각 호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만, 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 수익사업에 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정한 다음, 그 제17호에서 의료법에 의하여 설립된 의료법인을 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 의료업을 목적으로 하는 법인으로서 2000.1.25. 취득한 이 사건 부동산에 대하여 취득세 및 등록세를 면제하였으나, 그 중 일부를 임대(임대료: 장례식장-전세금 7억원, 식당-보증금 3천만원에 월 80만원)하였으므로, 처분청은 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아 이 사건 취득세 등에 대한 부과처분을 하였음을 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 쟁점 부동산을 전문 장의사 등에게 장례식장 및 식당용으로 임대하였음은 사실이나, 동 시설은 의료업을 영위하는 자에게 있어서는 필수적인 시설로서 청구인의 통제하에 운영되고 있으므로 취득세 등 면제대상이 된다고 주장하나, 구 지방세법 제290조제1항에서 의료법인이 고유업무에 사용하기 위해 취득한 부동산은 취득세와 등록세 면제대상이 되지만, 취득 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 법인세법의 관련 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우는 면제된 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있으므로, 청구인의 경우와 같이 법인세법 제3조제2항제1호에서 수익사업으로 규정한 부동산 임대업에 제공되고 있는 경우는 취득세 등의 추징대상이 된다고 할 것이므로, 처분청이 이 사건 부동산 중 임대한 부분에 대하여 과세 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 9. 24. 행 정 자 치 부 장 관