종교단체가 취득한 부동산을 유예기간내에 종교용에 직접 사용하지 아니하고 매각한 정당한 사유가 있는 지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2001.1.15. 청구인에게 부과고지한 취득세 1,690,650원, 농어촌특별세 154,960원, 등록세 676,220원, 교육세 123,970원, 합계 2,645,800원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 비영리사업자인 청구인이 2000.4.20. ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 3필지 토지 910㎡와 그 지상건축물 488.12㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 증여 취득한 데 대하여 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 이 사건 부동산중 2필지 토지 880㎡와 지상 건축물 488.12㎡(이하 “이 사건 쟁점부동산”이라 한다)를 정당한 사유없이 종교용에 직접 사용하지 아니하고 2000.8.17.에 매각하였으므로 이 사건 쟁점부동산은 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당한다고 보아 그 시가표준액(70,444,040원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 1,690,650원, 농어촌특별세 154,960원, 등록세 676,220원, 교육세 123,970원, 합계 2,645,800원(가산세 포함)을 2001.1.15. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 이 사건 쟁점부동산에 대하여 형식상 매각한 것으로 되어 있으나 실제로는 상급기관인 ㅇㅇ유지재단에 귀속하기 위하여 소유권이전의 절차를 거쳤을 뿐이며, 취득후 청구인의 담임목사가 이를 사용하고 있었고, 소유권 이전을 한 후에도 청구인이 계속 종교용에 사용하고 있으므로, 처분청이 이러한 부동산에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 종교단체가 취득한 부동산을 유예기간내에 종교용에 직접 사용하지 아니하고 매각한 정당한 사유가 있는 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 본문 및 제1호, 제127조제1항에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하지만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득 물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 있고, 지방세법시행령 제79조제1항제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 비영리사업자로 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2000.4.20. 청구외 ㅇㅇㅇ와 이 사건 부동산에 대한 증여계약을 체결하여 취득한 후, 같은 해 8.17. 이 사건 부동산중 도로인 1필지 토지를 제외한 이 사건 쟁점부동산에 대하여 청구외 ㅇㅇ유지재단(이하 “유지재단”이라 한다)과 매매대금을 130,000,000원으로 하여 매매계약을 체결하고, 유지재단 명의로 소유권 이전등기를 하였으나, 그 이후에도 청구인이 계속 점유하면서 종교용으로 사용하고 있으며, 청구인의 담임목사인 ㅇㅇㅇ는 유지재단에 소속한 목사로서 이 사건 부동산의 소재지로 주민등록상 주소지를 이전하였던 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 살펴보면, 지방세법 제107조 및 제127조제1항 단서에서 종교를 목적으로 하는 단체가 취득·등기한 부동산을 3년 이내에 종교용에 사용하지 아니한 경우에 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있으나, 청구인의 경우 이 사건 부동산을 증여로 취득한 후 담임목사와 그 가족이 이 사건 부동산 소재지로 주소지를 이전한 사실과 이 사건 쟁점부동산의 매수인인 유지재단은 청구인의 담임목사가 소속한 종교재단이며, 소유권 이전등기를 경료한 이후에도 청구인이 계속 당초 취득목적대로 종교용으로 사용하고 있는 사실을 종합해 보면, 이 사건 쟁점부동산은 청구인이 당초 취득한 목적대로 계속해서 종교용으로 사용되고 있다고 하겠으므로, 이 사건 쟁점부동산을 취득한 후 제3자에게 매각하므로서 종교용으로 사용하지 아니하게 된 경우와는 달리 봄이 타당하다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 쟁점부동산에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 9. 24. 행 정 자 치 부 장 관