재건축아파트의 승계조합원이 취득한 토지 및 주택에 대한 취득세 과세표준이 적법한 지 여부와 농어촌특별세 비과세 대상에 해당하는 지 여부(경정)

[주 문] 청구인이 2001.4.4. 신고납부한 취득세 1,830,000원, 농어촌특별세 183,000원, 등록세 2,745,000원, 지방교육세 549,000원, 합계 5,307,000원중 농어촌특별세 183,000원은 농어촌특별세 118,330원으로 경정하고, 나머지 부분에 대한 심사청구는 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 재건축조합원 자격을 승계받기 위하여 2001.4.3. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ ㅇㅇ번지외 4필지 토지중 87.07㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득하고 같은 해 4.4. 그 매매대금(91,500,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 1,830,000원, 농어촌특별세 183,000원, 등록세 2,745,000원, 지방교육세 549,000원, 합계 5,307,000원을 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였고, 같은 해 4.24. 재건축아파트가 임시사용승인되어 그 중 1가구(ㅇㅇ동 ㅇㅇ호, 이하 “이 사건 아파트”라 한다)를 취득하고, 이 사건 아파트의 안분계산한 건축비용(106,321,050원)에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 2,126,420원을 같은 해 6.28. 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 신고납부한 취득세 등의 환부를 구하면서 그 이유로, 첫째, 청구인은 조합원 자격을 승계받을 당시 종전 조합원인 청구외 ㅇㅇㅇ와 이 사건 아파트의 분양권에 대하여 총액을 175,000,000원으로 하고 이주비 50,000,000원과 분양대금 잔금 1,227,000원을 제외한 나머지 매매대금 123,773,000원을 지급하기로 매매계약을 체결하였는 바, 이 사건 토지를 등기하는 과정에서 법무사가 취득세 등의 과세표준을 공부상 면적을 기준으로 산출한 시가표준액을 기준으로 하여 그보다 약간 높게 신고하였으나, 실제 거래내용을 보면, 청구인은 이 사건 아파트와 그 부속토지를 취득하기 위하여 매매계약을 체결하였고, 청구인이 실제 취득한 토지면적은 이 사건 아파트의 부속토지 면적인 30.77㎡에 불과한데, 토지에 대한 지분면적 변동은 재건축사업이 완료된 후에야 등기가 이루어지기 때문에, 공부상의 지분면적을 기준으로 취득신고를 할 수 밖에 없었기 때문에 거래내용과는 아무런 관련이 없는 별도의 매매계약서를 작성하여 시가표준액을 초과하는 가액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 과다하게 신고납부하게 된 것으로서, 이 사건 아파트와 그 부속토지의 전체 취득가액 175,000,000원을 초과하여 신고납부한 취득세 등은 환부되어야 하며, 둘째, 전용면적 85㎡ 이하의 공동주택의 부속토지에 대하여는 농어촌특별세가 비과세 대상에 해당하므로 농어촌특별세는 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 재건축아파트의 승계조합원이 취득한 토지 및 주택에 대한 취득세 과세표준이 적법한 지 여부와 농어촌특별세 비과세 대상에 해당하는 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제111조제1항 및 제2항에서 취득세의과세표준은 취득 당시의 가액으로 하되 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 하면, 다만 신고 또는 신고가액이 표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액으로 한다고 규정하고 있고, 농어촌특별세법 제4조제9호 및 제11호에서 대통령령이 정하는 서민주택에 대한 “취득세와 등록세의 감면” 및 “취득세”에 대해서는 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고 있고, 같은법시행령 제4조제4항에서는 “대통령령이 정하는 서민주택”이라 함은 주택건설촉진법시행령 제30조제1항 단서의 규정에 의한 규모이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지(국가·지방자치단체 또는 ㅇㅇ공사법에 의하여 설립된 ㅇㅇ공사와 ㅇㅇ공사법에 의하여 설립된 ㅇㅇ공사가 동 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발·공급하는 토지 포함)로서 주택바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 조합원 자격을 승계받기 위하여 이 사건 토지를 취득하면서 처분청에 제출한 매매계약서에는 매매대금이 91,500,000원, 잔금지급일이 2001.4.3.로 기재되어 있고, 청구인은 그 계약상 잔금지급일 이후인 2001.4.4. 매매계약서에 검인을 받아 취득신고를 하고 같은 날 취득세와 등록세를 신고납부하였고, 2001.4.13. 이 사건 아파트에 대한 권리의무 승계계약을 체결하고, 2001.5.29. 재개발아파트가 완공되자 다시 이 사건 아파트의 안분계산한 건축비용 106,321,050원을 과세표준으로 하여 취득세를 신고납부하였으나, 청구인이 제출한 매매계약서상에는 매매계약일이 2001.3.17.이고, 총 분양대금 175,000,000원을 기준으로 분양권의 매매대금은 123,773,000원, 이주비 50,000,000원과 잔금 1,227,000원을 청구인이 승계하는 것으로 기재되어 있으며, 그 계약내용에 따라 청구외 ㅇㅇㅇ에게 매매계약금 5,000,000원을 2001.3.19.에 무통장으로 입금하였음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인의 주장을 차례로 살펴보면, 첫째, 이 사건 토지에 대하여 취득 등기를 당시 재건축사업이 완료되지 않아 토지 지분면적이 정리되지 않았기 때문에 형식상 공부상의 면적을 기준으로 시가표준액에 맞추어 취득세 등을 높게 신고납부할 수 밖에 없었으므로 총 분양가액을 초과하는 부분에 대하여는 환부되어야 한다고 주장하고 있으나, 청구인의 경우 조합원 자격을 얻기 위하여 이 사건 토지를 취득 등기할 당시 이 사건 토지중 일부는 재건축아파트가 완공되면 건축비용의 일부로 충당될 부분이 있는 것은 사실이지만, 취득세와 등록세의 과세표준은 취득 등기 당시를 기준으로 판단하여야 할 것으로서, 취득 이후에 재건축아파트가 완공됨에 따라 토지 지분 면적이 축소되었다 하여 소급하여 취득세와 등록세 과세표준을 변경할 수는 없다 하겠으므로, 청구인이 이 사건 토지를 취득할 당시 청구인이 시가표준액을 초과하는 가액으로 취득가액을 신고하여 취득세와 등록세를 적법하게 신고납부한 이상, 처분청이 이를 수납하여 징수결정한 처분은 아무런 잘못이 없다 하겠으며, 둘째, 농어촌특별세를 비과세 하여야 한다는 청구인의 주장에 대하여 보면, 농어촌특별세법 제4조제9호 및 제11호에서 대통령령이 정하는 서민주택 취득시 취득세가 감면되거나 과세되는 경우에 농어촌특별세를 비과세 하도록 규정하고 있고, 같은 법시행령 제4조제4항에서 서민주택이라 함은 전용면적 85㎡이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지를 말하므로, 청구인의 경우 이 사건 토지 87.07㎡중 전용면적 85㎡이하인 이 사건 아파트의 부속토지 30.77㎡는 서민주택용 토지에 해당된다고 보아야 할 것으로서 그 부속토지의 취득세에 해당하는 농어촌특별세는 비과세대상에 해당된다고 보아야 할 것(같은 취지의 행정자치부 심사결정 2000.8.29. 제2000-634호)인데도, 처분청이 이 사건 토지 전체를 비과세대상에서 제외한 것은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 9. 24. 행 정 자 치 부 장 관