공부상의 지목과 사실상의 지목이 다른 경우 사실상의 지목을 기준으로 등록세를 부과한 처분이 적법한 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1998.8.27. 회관 신축을 목적으로 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 토지 573㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후 정당한 사유없이 유예기간 1년 이내에 고유업무에 사용하지 아니하였으므로 과세면제한 취득세와 등록세를 추징하면서 등록세의 경우 농지에 해당하는 세율을 적용하여 추징하였으나, 그 후 이 사건 토지의 사실상 지목이 잡종지이므로 등록세율을 잘못 적용하였다고 보아, 그 취득가액(900,000,000원)에 지방세법 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 등록세를 차감한 등록세 21,600,000원, 교육세 3,960,000원, 합계 25,560,000원(가산세 포함)을 2001.2.12. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 등록세 등 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 이 사건 토지는 토지대장과 등기부등본상 그 지목이 답으로 되어 있는 데, 처분청이 잡종지에 해당한다고 보아 등록세를 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 공부상의 지목과 사실상의 지목이 다른 경우 사실상의 지목을 기준으로 등록세를 부과한 처분이 적법한 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제131조제1항제3호에서 상속 및 무상이외의 원인으로 인한 소유권의 취득에 대하여 농지는 부동산가액의 1,000분의 10, 그 이외의 부동산은 부동산가액의 1,000분의 30을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법시행령 제89조제2항에서 법 제131조제1항에서 “농지”라 함은 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 전·답·과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 1998.8.27. 취득한 이 사건 토지는 공부상 지목이 답으로 등재되어 있으므로 농지에 해당되지 않는다고 보아 추가로 등록세를 추징한 처분이 부당하다고 주장하고 있으나, 등록세의 세율을 적용할 때 농지에 해당되는 지 여부는 공부상이 지목이 아니라 종합토지세 과세대장상의 지목에 따라 판단하여야 하는 것으로서, 이 사건 토지의 1998년도 종합토지세 과세대장상의 지목은 대지로 되어 있고, 도시계획상 상업지역내에 위치한 토지로서, 그 사실상의 현황도 대지 또는 잡종지에 해당하는 사실이 제출된 관계 증빙자료에서 입증되고 있으므로, 처분청이 이 사건 토지에 대하여 농지가 아닌 일반 토지에 해당하는 세율을 적용하여 추가로 등록세를 추징한 처분은 아무런 잘못이 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 7. 30. 행 정 자 치 부 장 관