연부취득 중 사용승낙을 받은 이 사건 토지 중 공장입지기준면적을 초과하는 공장용지가 법인의 비업무용토지에 해당되는지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2001.2.11. 청구인에게 부과 고지한 취득세 28,296,270원, 농어촌특별세 1,438,530원, 등록세 6,644,280원, 합계 36,379,080원을 취득세 6,490,770원, 농어촌특별세 184,760원, 등록세 6,083,490원, 합계 12,759,020원으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 청구인이 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 농공단지 소재 공장용지 12,507㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 연부취득(1991.11.11.부터 2000.6.30.까지) 중에 1993.11.17. 이 사건 토지에 대한 사용승낙을 받아 공장용 건축물 1,443.69㎡[1995.1.9. 허가분 360㎡(1995.3.15.준공), 1995.6.22.허가분 430.25㎡(1997.6.25.준공), 1999.6.26. 허가분 653.44㎡(1999.12.18. 준공)]을 취득하였고, 1999.8.19. 이 사건 토지에 대한 소유권을 이전하였으나, 처분청에서는 이 사건 토지 중 공장입지기준면적을 초과하는 공장용지를 4,805㎡로 산정하고, 1998년말까지 취득분에 대한 과세표준액을 157,201,530원으로, 1999년도 취득분에 대한 과세표준액을 27,362,070원으로 산정하여 구 지방세법 제112조 제2항(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정된 것 및 그 이전의 것), 지방세법 제131조 제1항 제3호 (2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 28,296,270원, 농어촌특별세 1,438,530원, 등록세 6.644,280원, 합계 36,379,080원을 2001.2.11. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 공장용지의 연부취득에 대한 법인의 비업무용토지 과세규정이 당초에는 사용승낙을 받은 날로부터 2년으로 운영되다가 1995.1.1.부터는 3년으로 개정되었고, 1998.7.1.부터는 토지의 취득시기를 마지막 잔금지급일 또는 등기일 중 빠른 날로 개정된 다음 2000.12.29. 법인의 비업무용토지에 대한 관련 규정이 폐지되었으므로 이 사건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 연부취득 중 사용승낙을 받은 이 사건 토지 중 공장입지기준면적을 초과하는 공장용지가 법인의 비업무용토지에 해당되는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법 제112조제2항(1994.12.22, 법률 제4794호로 개정된 것)에서 대통령령으로 정하는 법인의 비업무용토지를 취득할 경우의 취득세율은 제1항 세율(1,000분의 20)의 100분의 750으로 한다고 규정하고 있고, 구 지방세법시행령 제84조의4 제1항 제1호(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정된 것 및 1996.12.31. 대통령령 제15211호로 개정된 것) 및 구 지방세법시행령 제84조의4 제4항 제8호에서 공장용지를 연부취득중인 토지로서 매도자가 매수자에게 사용수익을 허용한 경우에는 그 허용일로부터 3년(1994.12.31.까지는 2년) 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지는 법인의 비업무용토지로 규정하고 있으며, 구 같은 법시행령 제84조의4 제3항 제8호(1998.7.16. 대통령령 제15835호로 개정된 것)에서 연부로 취득하는 토지에 대한 취득일은 제73조 제5항의 규정에 불구하고 마지막 연부금지급일 또는 등기일 중 먼저 도래하는 날을 취득일로 본다고 규정하였고, 위 관련 규정들은 그 후에도 몇 차례 개정 시행되다가 2000.12.29. 폐지되었으며, 지방세법 제30조의4 제1항에서 지방세는 부과할 수 있는 날부터 5년간 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 규정하고 있다. 그리고, 구 ㅇㅇ도농외소득원개발사업지원을위한도세과세면제조례 제2조 제1항에서 농공단지의 개발토지 시설 등을 최초로 분양 받은 자에 대하여는 취득세를 면제하며, 그 취득한 부동산을 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제하며, 그 제2항에서는 공장 또는 사업에 필요한 시설을 준공한 후 정당한 사유없이 6월 이내에 지정된 제품생산 또는 사업을 하지 아니한 때에는 면제된 취득세 및 등록세를 추징하도록 규정하고 있다가 그 후 ㅇㅇ도도세감면조례에서 통합되어 수차례 개정 시행되어 오다가 1997년말에 폐지되었다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청에서는 청구인이 이 사건 토지를 연부취득(1991.11.11.부터 2000.6.30.까지) 중인 1993.11.17. 사용승낙을 받아 공장용 건축물 1,443.69㎡[1995.1.9. 허가분 360㎡(1995.3.15.준공), 1995.6.22.허가분 430.25㎡(1997.6.25.준공), 1999.6.26. 허가분 653.44㎡(1999.12.18. 준공)]을 취득하였으나, 이 사건 토지 중 공장입지기준면적을 초과하는 4,805㎡를 법인의 비업무용토지로 보아 1998년말까지 취득분에 대한 과세표준액을 157,201,530원으로, 1999년도 취득분에 대한 과세표준액을 27,362,070원으로 산정하여 취득세는 중과세율을 등록세는 일반세율을 적용하여 부과 고지한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 공장용지의 연부취득에 대한 법인의 비업무용토지 과세규정이 당초에는 사용승낙을 받은 날로부터 2년으로 운영되다가 1995.1.1.부터는 3년으로 개정되었고, 1998.7.1.부터는 토지의 취득시기를 마지막 잔금지급일 또는 등기일 중 빠른 날로 개정된 다음 2000.12.29. 법인의 비업무용토지에 대한 관련 규정이 폐지되었으므로 이 사건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세하는 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 첫째, 법인의 비업무용토지에 대한 취득세의 경우 덧붙임 연부금 납부현황표 연번 1번부터 3번까지(1991.11.11.부터 1993.10.15.까지 납부한 것)의 금액(92,407,250원)은 지방세법 제30조의4 제1항의 규정에 의하여 납세의무가 성립한 날부터 5년이 경과하였으므로 과세할 수 없으며, 덧붙임 연부금 납부현황표 연번 10번부터 29번까지(1995.7.25.부터 2000.3.30일까지 납부한 것)의 금액(282,917,642원)은 연부로 취득하는 토지에 대한 취득일은 제73조 제5항의 규정에 불구하고 마지막 연부금지급일 또는 등기일 중 먼저 도래하는 날을 취득일로 본다는 구 같은 법시행령 제3항 제8호(1998.7.16. 대통령령 제15835호로 개정된 것)의 규정과 구 같은 법시행령 제84조의4의 개정규정은 1998년 7월 1일 현재 종전의 규정에 의한 비업무용토지의 유예기간이 경과하지 아니한 것에 대하여도 이를 적용하도록 규정한 그 부칙 제2항, 그리고 2000.12.29. 법률 제6312호로 법인의 비업무용토지를 규정한 구 지방세법 제112조 제2항 제6호 규정이 폐지되었으므로, 이를 종합하여 보면, 청구인의 경우 이 사건 토지에 대한 마지막 잔금을 지급하지도 아니 하였고, 토지에 대한 소유권 이전등기(1999.8.19.)를 받은 날부터 3년이 경과되지 아니하였으므로 법인의 비업무용토지로 과세할 수 없다 할 것이다. 다만, 덧붙임 연부금 납부현황표 연번 4번부터 9번까지(1994년도 납부분)의 금액(64,743,340원)은 전체공장용지(12,507㎡)에서공장입지기준면적을 초과하는 면적(1,122.25㎡÷20%×1.2+970-12,507 = 4,805㎡)의비율(38.4%)에 해당하는 금액(24,861,440원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조 제2항의 세율을 적용한 취득세 4,475,050원(가산세 포함)으로 경정하여야 하고, 둘째, 취득세 등의 일반과세의 경우는 지방세법 제73조 제5항에서 사실상 연부금지급일을 취득일로 보아 그 연부금액을 과세표준으로 과세하도록 규정하고 있으므로, 부과제척기간이 경과되지 아니한 덧붙임 연부금 납부현황표 연번 15번부터 29번까지(1996.3.9.부터 2000.3.30.까지 납부분)의 금액(218,720,842원)은 전체공장용지(12,507㎡)에서공장입지기준면적을 초과하는 면적(1,122.25㎡÷20%×1.2+970-12,507 = 4,805㎡)의비율(38.4%)에 해당하는 금액(83,988,803원)을 과세표준으로 지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 2,015,720원(가산세 포함), 농어촌특별세 184,760원(가산세 포함)으로 경정하여야 하며, 셋째, 등록세 등의 경우는 이 사건 토지의 취득금액(440,068,232원)을 전체공장용지(12,507㎡)에서공장입지기준면적을 초과하는 면적(1,122.25㎡÷20%×1.2+970-12,507 = 4,805㎡)의비율(38.4%)에 해당하는 금액(168,986,201원)을 과세표준으로 지방세법 제131조 제1항 제3호 (2)목의 세율을 적용하여 산출한 등록세 6,083,490원(가산세 포함)으로 경정되어야 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 7. 30. 행 정 자 치 부 장 관 연부금 납부 현황표 연번 납부일자 납부금액(원) 비 고 연도 월일 1 1991 11.11 47,407,250 2 1992 02.29 40,000,000 3 1993 10.15 5,000,000 4 1994 02.28. 11,040,100 5 06.30. 295,260 6 08.29. 10,000,000 7 10.11. 19,955,070 8 11.12 13,452,910 9 12.29. 10,000,000 10 1995 07.25. 27,603,120 11 08.26. 13,731,430 12 09.30. 9,557,850 13 11.30. 5,628,090 14 12.19. 7,676,310 15 1996 03.09. 10,000,000 16 12.31. 12,225,520 17 1997 02.28. 6,005,720 18 03.31. 20,000,000 19 08.11. 2,305,310 20 09.11. 32,816,170 21 11.15. 13,245,550 22 1998 02.25. 10,000,000 23 03.02. 45,893,010 24 1999 03.30. 25,826,890 25 11.10 15,897,690 26 12.10. 8.358.250 27 08.14. 2,569,171 28 2000 01.04. 4,738,305 29 03.30. 8,839,256 합계 440,068,232