[요지] 청구인과 같이 조례가 새로이 시행된 이후에 변경인가를 받은 경우에는 구 감면조례에 의한 등록세 등 면제대상에서 제외함이 타당하다 하겠고 중과분 취득세의 경우는 취득세 본세가 면제 결정됨에 따라 중과대상에서 제외된 것일 뿐 취득 당시 관계법령의 규정에 의하여 중과할 세액을 감면받은 것이 아닌 것임
[요지] 청구인과 같이 조례가 새로이 시행된 이후에 변경인가를 받은 경우에는 구 감면조례에 의한 등록세 등 면제대상에서 제외함이 타당하다 하겠고 중과분 취득세의 경우는 취득세 본세가 면제 결정됨에 따라 중과대상에서 제외된 것일 뿐 취득 당시 관계법령의 규정에 의하여 중과할 세액을 감면받은 것이 아닌 것임
[주 문] 이 사건 심사청구 중처분청이2000.10.10. 청구인에게 부과 고지한 농어촌특별세 1,309,493,540원은 이를 취득세 중과분을 제외한 감면분 취득세(본세)를 과세표준으로 하여 산출한 세액으로 경정하고, 등록세 등에 대한 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 ㅇㅇ(주)와 함께 ㅇㅇ구역 제6지구 재개발사업을 시행한 자로서 1999.10.19. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 42필지 토지상에 지하 7층, 지상 36층 건축물 연면적 83,801.65㎡(이하 “이 사건 건물”이라 한다)를 건축한 후 청구인 소유의 지분에 대하여 취득세 등을 신고 납부한 후 2000.8.29. 우리부의 심사결정에 의거 취득세 등의 감면대상으로 결정되자, 그 감면세액(5,867,900,230원)에 농어촌특별세법 제5조제1항제1호의 규정을 적용하여 산출한 농어촌특별세 1,309,493,540원을 2000.10.10. 부과 고지하였으며, 그 후 청구인이 이 사건 건물 중 청구인의 지분의 취득가액(450,043,552원)에 지방세법 제131조제1항제4호의 규정을 적용하여 산출한 등록세 3,600,340원, 교육세 720,060원, 합계 4,320,400원을 2000.12.20.신고 납부함에 따라 같은 날 이를 수납(징수 결정)하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 첫째, 1988.11.22. ㅇㅇ산업(주)외 1인이 재개발사업시행인가(ㅇㅇ시 고시 제907호)를 받아 추진하던 재개발사업을 1998.7.20. 처분청으로부터 사업시행자 변경인가를 받아 1999.1.25. 사업시행지구내의 토지(이하 “종전 토지”라 한다) 등을 일괄 취득하고 재개발사업을 추진하여 1999.10.19. 이건 건물을 신축하여 취득세 등을 신고 납부하였으나, 행정자치부의 심사결정(2000.8.29. 제2000-635)에 의해 이건 사업시행인가 당시에 시행되던 ㅇㅇ시재개발구역토지및건축물에대한시세과세면제에관한조례(1988.5.7. 조례 제2323호, 이하 “구 감면조례”라 한다) 제2조의 규정에 의한 면제대상에 해당된다는 이유로 동 취득세 등이 취소 결정되었으므로, 이 사건 건물의 보존등기에 따른 등록세도 면제되어야 함에도 청구인이 신고 납부한 등록세 등을 수납하여 징수 결정한 것은 부당하며, 둘째, 선행부과처분인 취득세 등 부과처분이 행정자치부의 심사결정(2000.8.29. 제2000-635)에 의해 취소 결정되었으면, 농어촌특별세도 농어촌특별세법 제4조제12호 및 같은 법시행령 제제4조제6항제6호의 규정에 의거 당연히 비과세되어야 함에도(행정자치부 세정13407-1381, 2000.12.2.) 이를 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 도심재개발사업시행으로 청구인이 취득한 건축물이 감면조례에 의한 등록세 등 면제대상이 되는 지 여부와 농어촌특별세가 비과세대상이 되는 지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 1988.5.7.부터 1991.12.31.까지 시행된 구감면조례(조례 제2323호) 제2조에서 다음 각 호에 해당하는 자가 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역 내에서 재개발사업의 시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물(개량건축물 포함)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 도시재개발법의 규정에 의한 시행자(시행자로지정받은 자를 포함한다)라고 규정하고 있다가, 위 조례 제2조를 1991.12.31. 개정하여 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역의 경우 주택개량사업에 한하여 취득세 및 등록세의 면제대상으로 규정하고, 그 부칙 제2항에서 이 조례 시행당시 종전의 규정에 의하여 과세 면제하였거나 과세 면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 의한다는 경과규정을 두었다가 1993.7.3. 조례를 개정하면서 부칙 제2항에 있던 경과규정을 삭제하였고,한편 1994.7.1.부터 시행되는 농어촌특별세법 제4조제12호에서 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세 할 필요가 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고, 농어촌특별세법시행령 제4조6항제6호에서 법 제4조제12호에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 지방세법 제7조의 규정에 의한 과세면제및불균일과세에관한조례에 의한 감면 중 제1호 내지 제5호와 유사한 감면으로서 내무부장관(현 행정자치부장관)이 재무부장관(현 재정경제부장관)과 협의하여 고시하는 것으로 규정한 다음, 1994.1.1.부터 시행되는 행정자치부(구 내무부) 고시 제194-11호에서 농어촌특별세법시행령 제4조제1항제4호 및 동 조 제6항제6호의 규정에 의하여 농어촌특별세가 비과세 되는 지방세법 제7조의규정에 의한 과세면제및불균일과세에관한조례에 의한 감면은 다음에 고시하는 조례와 이와 동일한 목적을 갖는 조례에 의한 취득세·등록세를 말합니다라고 규정한 다음, 그 제6호에서 각 시·도 도시재개발사업에대한감면조례라고 규정하고 있다가, 1995.1.1.부터 시행되는 행정자치부(구 내무부) 고시 제1994-1002호에서 농어촌특별세법시행령 제4조제1항제4호 및 동 조 제6항제6호의 규정에 의하여 농어촌특별세가 비과세 되는 지방세법 제7조의 규정에 의한 과세면제및불균일과세에관한조례에 의한 감면을 다음과 같이 고시한다고 규정하고, 그 제13호에서 주택개량재개발사업에대한감면이라고 규정하고 있다. 다음으로 이 사건의 경우를 보면, 이 사건 토지 소재지역이 1973.9.6. 재개발지역으로 지정(건설부고시 제367호)되었고, 1988.11.22. ㅇㅇ산업(주)외 1인이 재개발사업시행인가(ㅇㅇ시고시 제907호)를 받은 후 1989.4.3. 건축허가를 받고, 1990.6.2. 재개발사업 관리처분계획인가(서울시 재개발30321-58)를 받았으나, 자금사정으로 사업추진이 지연되던 중 1998.7.20. 청구인이 “ㅇㅇ(주)외1사”로 사업시행자 변경인가(종로 도정58422-1576호)를 받은 다음,1999.1.25. 동 사업지구 내의 토지를 취득한 후 취득세 등을 1999.2.24.과 1999.3.24. 신고납부(기부채납 조건으로 취득한 토지 제외)하고, 1999.10.19. 이건 건물을 신축하여 사용승인을 받은 후 이건 건물과 부속토지 중 청구인 지분에 해당하는 취득세 등을 1999.11.18. 신고 납부하였고, 1999.12.14. 청구인의 본점을 이건 건물로 이전하고 본점으로 사용하는 부동산에 대한 취득세(중과세분) 등을 2000.1.13. 신고 납부한 후 이의신청을 거쳐 우리부에 심사청구를 하자 2000.8.29. 우리부의 심사결정에 의거 취득세 등의 감면대상으로 결정되었으며, 그 후 이 사건 재개발사업에 대한 공사완료 공고(ㅇㅇ시 종로구 공고 제2000-366호, 2000.11.25.)가 된 후 2000.12.5. 사업시행자간 지분율 조정 등으로 인하여 관리처분계획 변경인가를 받고 2000.12.20. 도심지개발분양처분고시를 하였음을 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 첫째, 행정자치부의 심사결정(2000.8.29. 제2000-635)에 의해 이건 사업시행인가 당시에 시행되던 구 감면조례 제2조의 규정에 의한 이 사건 건물에 대한 취득세 등이 면제대상에 해당된다고 취소 결정되었으므로, 이 사건 건물의 보존등기에 따른 등록세도 면제되어야 한다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 청구인이 도심재개발사업으로 인하여 취득하는 부동산에 대하여 등록세를 면제하도록 규정한 구 감면조례는 종전의 사업시행자가 사업시행인가를 받을 당시의 규정일 뿐, 청구인이 사업시행자로 변경인가를 받을 당시에는 구 감면조례가 개정되어 감면규정이 삭제되었고, 1994.4.14. 개정된 조례(제3091호)에서는 경과규정을 둔 바 없으나, 부칙 제2항에서 1994.12.31.까지 효력을 가진다는 경과규정을 두었다가, 그 이후 ㅇㅇ시세감면조례가 제정(1994.12.31. 조례3145호)되면서 1995.1.1.부터 구 감면조례가 폐지된 이상, 청구인과 같이 조례가 새로이 시행된 이후에 변경인가를 받은 경우에는 구 감면조례에 의한 등록세 등 면제대상에서 제외함이 타당하다 하겠고, 또한 청구인의 경우 종전 사업시행자로부터 도시재개발법 제6조제2항의 규정에 의거 사업시행자의 법적 지위를 모두 승계받았다고 하더라도, 이로써 승계되는 도시재개발법상의 처분이나 절차를 넘어 종전 사업자가 종전의 구 감면조례를 적용받을 수 있는 지위까지 청구인에게 승계되었다고 볼 수는 없으므로(서울행정법원 2000.11.14. 2000구5431) 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 둘째, 선행부과처분인 취득세 등 부과처분이 심사결정에 의해 취소 결정되었으면, 농어촌특별세도 당연히 비과세 되어야 한다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 종전 사업시행자가 재개발사업을 시행 중이던 1994.7.1.부터 도시재개발사업에대한감면조례에 의해 취득세가 면제되는 경우에는 농어촌특별세가 비과세 되었으나, 1995.1.1.부터 시행되는 행정자치부(구 내무부)의 관련 고시에 의거 주택개량재개발사업에 대해서만 농어촌특별세를 비과세 하도록 개정되었고, 그 이후에도 달리 변경된 바도 없을 뿐만 아니라, 납세의무자에게 유리한 종전의 규정을 적용하도록 한 경과규정을 별도로 두지도 아니한 이상, 취득세 본세에 대한 농어촌특별세는 비과세 되지 않는다 할 것이나, 중과(본점의 사업용 부동산)분 취득세의 경우는 취득세 본세가 면제 결정됨에 따라 중과대상에서 제외된 것일 뿐, 취득 당시 관계법령의 규정에 의하여 중과할 세액을 감면받은 것이 아니므로 그 부분에 대하여 농어촌특별세를 부과 고지한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.
2001. 6. 25. 행 정 자 치 부 장 관