등기부등본상 농지(답)로 등재되어 있고, 종합토지세 과세대장상 현황 지목이 대지로 등재된 경우 대지로 보아 등록세 등을 추징한 것이 적법한 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.12.19. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 답 1,050㎡(이하 이 사건 토지 라 한다)을 취득하여 같은 날 소유권이전등기를 하면서 등록세 등을 신고납부 하였으나, 이 사건 토지의 소유권 이전 당시 종합토지세 과세대장의 지목이 대지로 등재되어 있으므로 그 취득가액(80,000,000원)을 과세표준으로 지방세법 제131조 제1항 제3호 제2목의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 1,920,000원, 교육세 352,000원, 합계 2,272,000원(가산세 포함)을 2001.1.9. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 등록세 등의 취소를 구하면서 그 이유로, 처분청에서 이 사건 토지가 공부상 농지(답)임을 확인하고 신고납부서를 발부한 다음, 종합토지세 과세대장상의 지목이 대지로 등재되어 있다는 이유로 1,000분의 30의 세율을 적용하여 등록세 등을 추징한 것은 위법 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 등기부등본상 농지(답)로 등재되어 있고, 종합토지세 과세대장상 현황 지목이 대지로 등재된 경우 대지로 보아 등록세 등을 추징한 것이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제131조 제1항 본문 및 제3호에서 부동산에 대한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다고 규정하면서 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득에 대하여 농지는 부동산 가액의 1,000분의 10, 기타의 경우는 1,000분의 30의 세율을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법시행령 제89조 제2항에서 법 제131조 제1항에서 농지 라 함은 등기당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 전·답·과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법시행령 제194조의17 제1항에서는 종합토지세 과세대상 토지가 공부상 등재 현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상의 현황에 의하여 종합토지세를 부과한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인이 2000.12.19. 등기한 이 사건 토지는 등기부등본상 지목이 농지(답)로 등재되어 있으나, 2000년도 종합토지세 과세대장에는 현황 지목이 대지로 등재되어 있으므로 대지에 해당하는 세율(1,000분의 30)을 적용하여 등록세 등을 추징한 사실을 제출된 관계자료에서 확인할 수 있다. 이에 대하여 청구인은 처분청에서 이 사건 토지가 공부상 농지(답)임을 확인하고 신고납부서를 발부한 다음, 종합토지세 과세대장상 지목이 대지로 등재되어 있다는 이유로 등록세 등을 추징한 것은 위법 부당하다고 주장하고 있지만, 2000.2.21. ㅇㅇ지방법원 ㅇㅇ지원의 입찰서류에서 이 사건 토지의 현황이 잡종지로 확인되고 있고, 이 사건 토지에 대하여 청구 외 (유)ㅇㅇ주택건설에서 2000.4.25. 사업계획승인을 받고 2000.6.14. 착공신고서를 제출하였고, 청구인과 청구 외 (유)ㅇㅇ주택건설이 2000.12.19. 작성한 부동산매매계약서에서도 이 사건 토지의 지목을 대지로 기재하고 있고, 종합토지세 과세대장에서도 대지로 확인되고 있으므로, 이 사건 토지에 대한 지목 현황은 농지가 아니라 대지라 할 것이므로 처분청에서 지방세법 제131조 제1항 제3호 제2목의 세율(1,000분의 30)을 적용하여 등록세 등을 추징한 것은 적법한 과세처분이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 6. 25. 행 정 자 치 부 장 관