창업벤처중소기업이 취득한 부동산으로 보아 취득세 등 감면대상에 해당하는 지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2001.4.11. 청구인에게 부과고지한 취득세 17,789,180원, 농어촌특별세 1,630,670원, 등록세 22,236,480원, 교육세 4,447,290원, 합계 46,103,620원(가산세 포함)을 취득세 14,824,320원, 농어촌특별세 1,630,670원, 등록세 22,236,480원, 교육세 4,447,290원, 합계 43,138,760원으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.9.14.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 토지 1,499.5㎡와 그 지상 건축물 1,609.59㎡(이하 “ 이 사건 부동산”이라 한다)를 ㅇㅇ공사로부터 취득함에 따라 취득세와 등록세를 감면하였으나, 이 사건 부동산은 ㅇㅇ공사가 금융기관의 부실채권 정리를 위하여 인수 매각한 부동산이 아니므로 감면대상에 해당되지 않음을 확인하고, 이 사건 부동산의 취득가액(741,216,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 17,789,180원, 농어촌특별세 1,630,670원, 등록세 22,236,480원, 교육세 4,447,290원, 합계 46,103,620원(가산세 포함)을 2001.4.11. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 취득세 등 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 법인설립후 정보통신부장관으로부터 벤처기업 확인을 받은 창업벤처중소기업으로서, 이 사건 부동산은 조세특례제한법의 규정에 의한 감면대상에 해당될 뿐만 아니라, 청구인이 취득신고를 할 때에 처분청은 당초 감면대상에 해당된다고 보아 취득세 등을 감면하였다가 그 후 감면대상이 아니라고 하여 취득세 등을 추징하면서 신고납부의무 불이행의 책임을 물어 가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 창업벤처중소기업이 취득한 부동산으로 보아 취득세 등 감면대상에 해당하는 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제6조제2항, 제119조제3항 및 제120조제3항, 같은 법시행령 제5조제4항제1호에서 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조제1항제1호·제3호 및 4호의 규정에 의한 중소기업 또는 기술 및 인력개발을 위하여 지출하는 비용이 당해 과세연도 수입금액의 100분의 5 이상인 중소기업으로서 창업 후 2년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 “창업벤처중소기업”이라 한다)이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(벤처기업으로 확인받은 날을 말한다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만, 취득일 또는 등기일로부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1996.2.15. 법인설립등기를 한 후 1998.3.3. 벤처기업으로 확인받기 위하여 가립회계법인으로부터 회계감사를 받았고, 1999.2.2. 정보통신부장관으로부터 청구인의 목적사업(반도체 검사장비 개발, 사업기간: 1998.2.1.～12.31)이 벤처사업에 해당된다는 확인서를 발급받고, 같은 해 3.4. ㅇㅇ지방중소기업청장으로부터 벤처기업으로 확인을 받은 후, 같은 해 9.14. ㅇㅇ공사로부터 이 사건 부동산을 취득하였음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있으며, 처분청은 당초 이 사건 부동산을 ㅇㅇ공사가 금융기관의 부실채권 정리를 위하여 인수하여 매각한 부동산으로 보아 취득세 등을 감면하였다가, 이 사건 부동산은 감면조례상의 감면대상에 해당되지 않음을 확인하고 감면한 취득세와 등록세를 추징하였음을 알 수 있다. 이에 대하여 청구인의 주장을 차례로 살펴보면, 첫째, 청구인이 정보통신부장관으로부터 청구인의 목적사업이 벤처사업임을 확인받으면서 사업개시일을 창업일로부터 2년 이내로 기재하여 확인을 받았으므로 창업벤처중소기업에 해당된다는 주장에 대하여 보면, 사업개시일을 벤처기업 확인을 받은 날로 보아야 한다는 주장은 아무런 법적 근거가 없는 주장이므로 이를 받아들일 수 없다 하겠으며, 또한 벤처기업에 대한 확인은 중소기업청장에게 받아야 하는 것으로서, 청구인의 경우 창업일인 1996.2.15.로부터 2년이 경과한 1999.3.4.에서야 인천 지방중소기업청장으로부터 벤처기업으로 확인을 받은 이상, 구 조세특례제한법 제6조의 규정에 의한 창업벤처중소기업으로 볼 수는 없다 하겠으므로, 이 사건 부동산이 취득세 등 감면대상에 해당된다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으며, 둘째, 처분청이 착오로 취득세 등을 감면한 후 감면한 취득세 등을 추징하면서 가산세를 부과한 처분이 부당하다는 주장에 대하여 보면, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납세의무 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서, 이와 같은 제재는 납세자의 의무위반 등이 정당화 될 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(같은 취지의 대법원 판결 1996.2.9. 95누3596)할 것으로서, 청구인의 경우 이 사건 부동산을 취득한 후 감면조례상의 감면대상에 해당된다고 보아 감면신청을 하자, 처분청이 이러한 감면신청을 적법하게 수리하여 감면조치를 하였다가 추후 감면대상이 아닌데도 착오로 감면하였다고 하여 납세자에게 그 납세지연의 책임을 물어 가산세를 포함한 세액으로 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라 하겠다(같은 취지의 행정자치부 심사결정 2000.7.25. 제2000-578호). 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 6. 25. 행 정 자 치 부 장 관