대도시내에서 지점설치 후 5년 이내에 취득한 부동산에 해당하는지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2001.2.16. 청구인에게 부과고지한 등록세 159,055,110원, 교육세 29,160,080원, 합계 188,215,190원(가산세 포함)중 지점설치후 5년이 경과된 (주)ㅇㅇ영업소가 사용하는 면적에 대한 등록세와 교육세를 감액한 세액으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 1998.2.4. 대도시내인 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 지역에서 새로이 지점을 설치한 후 5년 이내인 1998.12.1.에 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 3,189㎡를 취득하고, 1999.12.27.에 그 토지상에 건축물 1,410.6㎡(이하 토지와 합하여 “이 사건 부동산”이라 한다)를 신축하였으므로, 이 사건 부동산을 대도시내 지점 설치후 5년 이내에 취득한 부동산이므로 등록세 중과세 대상에 해당된다고 보아, 그 취득가액(2,862,310,440원)에 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 159,055,110원, 교육세 29,160,080원, 합계 188,215,190원(가산세 포함)을 2001.2.16. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 등록세 등 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 1991.4.1.에 대도시내인 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 지역에 (주)ㅇㅇ영업소(이하 “ㅇㅇ영업소”라 한다)를 설치하여 사업자등록을 하고 영업을 하던 중, 1998.2.4. ㅇㅇ 영업소의 업무증가로 인하여 ㅇㅇ영업소 옆에 (주)ㅇㅇ직판영업소(이하 “ㅇㅇ직판영업소”라 한다)를 설치하여 별도로 사업자 등록을 하고 업무를 분할하여 영업을 하다가, 영업장이 협소함에 따라 영업장 이전을 목적으로 이 사건 부동산을 취득한 후 ㅇㅇ영업소와 ㅇㅇ직판영업소를 이 사건 부동산으로 이전하고 사업자등록을 정정교부받았다가, 동일 건물내에 2개의 사업자등록을 할 수 없다는 통보에 의하여 2개의 영업소를 통합하고 (주)ㅇㅇ ㅇㅇ지점으로 상호를 변경하여 사업자등록을 교부받았으며, 통합후 ㅇㅇ영업소의 사업자등록을 반납한 것으로서, ㅇㅇ영업소 설치일로부터 5년이 경과하여 이 사건 부동산을 취득한 후 영업장을 통합하는 과정에서 상호 변경을 한 것에 불과한데도, 처분청이 이 사건 부동산에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 대도시내에서 지점설치 후 5년 이내에 취득한 부동산에 해당하는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제138조제1항 본문 및 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과세하도록 규정하고 있고, 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것) 제102조제2항에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 개업일을 1991.4.1.로, 사업장 소재지를 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지로, 상호를 (주)ㅇㅇ영업소로 하여 사업자등록(등록번호 130-85-11111)을 하고 사업을 영위하다가, 연접한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에 추가로 (주)ㅇㅇ직판영업소를 개설하여 1998.2.4. 사업자등록(등록번호 130-85-20134)을 한 후, 그 날로부터 5년 이내인 1998.12.1. 사업장을 이전할 목적으로 이 사건 부동산중 토지를 취득 등기하고, 1999.11.12. 당해 토지상에 건축물을 신축한 후, 같은해 11.24. ㅇㅇ영업소와 ㅇㅇ직판영업소를 이 사건 부동산으로 모두 이전하여 사업자등록을 각각 재교부받았다가, 같은 해 12.23. (주)ㅇㅇ직판영업소의 사업자등록을 (주)ㅇㅇ지점으로 상호변경하고, 같은해 12.31. ㅇㅇ영업소의 사업자등록은 폐쇄하였음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있으며, 처분청은 청구인이 1998.2.4. 설치한 ㅇㅇ직판영업소를 기준으로 볼 때, 이 사건 부동산을 지점 설치후 5년 이내에 취득한 부동산이므로 등록세 중과세대상에 해당된다고 보아 등록세를 중과세하였음을 알 수 있다. 이에 대하여 살펴보면, 청구인은 ㅇㅇ영업소를 한 후 5년이 경과하여 이 사건 부동산으로 사업장을 이전하였고, ㅇㅇ직판영업소 설치일로부터는 5년 이내에 이 사건 부동산으로 사업장을 이전하였는 바, ㅇㅇ직판영업소의 경우에는 지점 설치일로부터 5년 이내에 이 사건 부동산을 취득 등기한 사실이 명백하므로 이 사건 부동산중 ㅇㅇ직판영업소가 사용하는 부분에 대해여는 대도시내 지점 설치후 5년 이내에 취득한 부동산의 등기에 해당됨이 명백하다 하겠으나, 지점 설치 후 5년이 경과된 지점과 5년이 경과되지 않은 지점이 지점이전을 목적으로 부동산을 취득하는 경우 지방세법상 구체적으로 어느 지점 설치일을 기준으로 등록세 중과세 대상 여부를 판단하여야 하는 지 규정하고 있지 아니한 이상 취득한 부동산의 사용현황에 따라 안분할 수 밖에 없다 할 것으로서, ㅇㅇ영업소가 사용하는 부분의 경우에는 대도시내에서 지점설치후 5년이 경과하여 지점 이전에 따른 부동산의 취득 등기에 해당되므로 등록세 중과세 대상에 해당된다고 볼 수 없다 할 것인데도(참조판례 대법원 1999.3.26. 98두1673, 1985.11.26. 85누636), 처분청이 2개의 지점이 함께 이 사건 부동산으로 이전하면서 1개 지점이 지점 설치 후 5년이 경과되지 않았다 하여 이 사건 부동산 전체를 대도시내 지점설치후 5년 이내에 취득한 부동산으로 보아 등록세를 중과세한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 5. 28. 행 정 자 치 부 장 관