지점설치 후 5년 이내에 취득한 일체의 부동산에 해당되어 등록세 중과세 대상인지 여부 및 쟁점 부동산이 지방세가 면제되는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2001.3.10. 청구인에게 부과고지한 등록세 2,354,509,280원, 교육세 431,660,040원, 합계 2,786,169,320원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1998.9.11. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지 토지 10,942.9㎡와 그 지상건축물(47,434.36㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 지점소재지로 하여 지점설치 등기를 한 후 2000.11.27. 이 사건 부동산을 취득 등기하면서, 이 사건 부동산의 건축물중 지점으로 사용하고 있는 지하1층 및 지상1층에 대해서만 등록세를 중과세율로 산정하여 신고납부하였으나, 이 사건 부동산을 지점설치후 5년 이내에 취득한 일체의 부동산에 해당되므로 이 사건 부동산 전체가 등록세 중과세대상에 해당하는데도 지점으로 사용하는 부분에 대해서만 등록세를 중과세율로 계산하여 신고납부한 것은 잘못이라고 보아, 이 사건 부동산의 취득가액(34,577,897,333원)에 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 2,354,509,280원, 교육세 431,660,040원, 합계 2,786,169,320원(가산세 포함)을 2001.3.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 등록세 등 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 첫째, 청구인은 이 사건 부동산을 취득하기 이전부터 일부는 본점조직인 전산본부와 ㅇㅇ영업본부의 사무실로 사용하고 있고, 일부는 지점으로 사용하고 나머지는 임대한 상태로서, 이 사건 부동산중 일부에 지점설치 등기를 하였다 하여 지점으로 사용하지 않는 부동산 부분까지 등록세를 중과세할 수는 없는 것이며, 청구외 (주)ㅇㅇ은행이 본점과 지점으로 사용하던 이 사건 부동산중 지점으로 사용하던 부분을 청구인의 지점으로 유지 존속한 것은 새로운 지점의 설치에 해당되지 않는다는 대법원 판례에 비추어 볼 때 이 사건 부동산은 등록세 중과세 대상에 해당되지 않는다고 보아야 할 것이며, 둘째, 구 ㅇㅇ시세감면조례 제26조의2제2항에서 ㅇㅇ가 금융기관의 부실채권 정리를 위하여 인수한 부동산을 ㅇㅇ로부터 취득하는 자에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있고, ㅇㅇ가 ㅇㅇ로부터 인수하도록 지시받은 부실금융기관인 청구외 (주)ㅇㅇ은행의 본점용 부동산인 이 사건 부동산을 취득하였다가 청구인에게 매각한 것이므로 감면조례에 의한 감면대상에도 해당된다 할 것인데도, 처분청이 이 사건 부동산 전체에 대하여 등록세를 면제하지 않고, 등록세 중과세 대상에 해당된다고 보아 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 먼저 지점설치 등기를 한 후 취득 등기한 부동산중 본점 등이 사용하고 있는 전체 부동산이 지점설치 후 5년 이내에 취득한 일체의 부동산에 해당되어 등록세 중과세 대상인지 여부 및 ㅇㅇ가 금융기관의 부실채권 정리를 위하여 취득하여 매각한 부동산을 취득한 경우에 해당되어 지방세가 면제되는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제138조제1항 본문 및 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또눈 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과세하도록 규정하고 있고, 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것) 제102조제2항에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기”리 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다고 규정하고 있으며, 구 ㅇㅇ시세감면조례 제26조의2제2항에서 금융기관부실자산등의효율적처리및성업공사의설립에관한법률의 규정에 의하여 설립된 성업공사가 금융기관의 부실채권의 정리를 위하여 동법의 규정에 의하여 인수한 부동산을 취득하는 자에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있고, 동 감면조례부칙 제2항 및 제3항에서 제26조의2제2항은 1999.12.31.까지 적용하되, 적용시한 만료일 이전에 매매계약 또는 사업양수도계약이 체결된 부동산에 대하여 적용한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1998.6.29.을 기준일로 하여 부실금융기관으로 지정된 (주)ㅇㅇ은행의 자산·부채 등을 인수하도록 ㅇㅇ로부터 계약이전결정서를 통보받고, 인수업무를 추진하기 위하여 (주)ㅇㅇ은행이 본점으로 사용하던 이 사건 부동산에 인수위원회와 ㅇㅇ영업본부를 설치하여 인수업무를 수행하다가 1998.9.11. 이 사건 부동산을 지점소재지로 하여 ㅇㅇ영업부 지점설치 등기를 한 후, 이 사건 부동산중 지하1층과 지상1층의 영업점을 인수하여 영업을 하다가, 1999.6.22. ㅇㅇ와 이 사건 부동산에 대한 매매계약을 체결하고, 2000.11.27. 소유권 이전등기를 하였으며, 2000.12.15. 현재 이 사건 부동산의 이용현황을 보면 지상1층과 지하1층의 경우 별도로 소유권 구분등기가 되어 있는 상태에서 대부분을 지점인 ㅇㅇ영업부가 사용하고 있고, 지상 3층 내지 7층은 청구인의 전산부서에서 사용하고 있으며, 지상 10층은 ㅇㅇ시 지역에 소재한 영업점을 총괄하는 ㅇㅇ영업본부에서 사용하고 있고, 나머지는 임대하고 있거나 공실 상태로 있음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있으며, 처분청은 이 사건 부동산의 취득 등기가 지점 설치후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산 등기에 해당되므로 등록세 중과세 대상에 해당된다고 보아 등록세를 중과세하였음을 알 수 있다. 이에 대하여 살펴보면, 청구인은 ㅇㅇ의 계약이전 결정에 의하여 청구외 (주)ㅇㅇ은행의 영업과 관련된 자산, 부채 등을 양수하면서, 청구외 (주)ㅇㅇ은행이 본점으로 사용하던 건물인 이 사건 부동산중 청구외 (주)ㅇㅇ은행의 영업부가 사용하던 부분에 청구인이 지점 설치등기를 하여 지점으로 사용하고, 나머지중 일부는 본점의 전산부서 및 영업본부가 이전하여 사용하고 있는 것으로서, 청구인의 경우 계약이전결정에 의하여 청구외 (주)ㅇㅇ은행의 자산, 부채 등을 양수하면서 본점중 영업부가 사용하던 부분에 지점 등기를 한 것으로서, 종전에 없던 새로운 지점을 설치한 것이 아니라 청구인에게 계약이전결정에 의하여 사업을 양도한 청구외 (주)ㅇㅇ은행의 본점 사무실중 영업부가 사용하던 부동산을 청구인의 지점으로 유지시킨 것에 불과하다고 할 것이고, 이는 대도시의 인구집중 억제을 위하여 대도시내 본점 및 지점 설치에 대하여 등록세를 중과세하는 입법취지에 비추어, 이와 같은 경우에는 지방세법 제138조제1항제3호에서 정하는 “대도시내에서의 지점설치 이후의 부동산 등기”로서 등록세 중과세 대상에 해당하지 아니한다고 할 것으로서(같은 취지의 대법원판결 1993.5.25. 92누12742, 1989.6.27. 89누466), 처분청이 이 사건 부동산중 청구외 (주)ㅇㅇ은행이 본점으로 사용하던 부동산중 영업부가 사용하던 부분을 양도받아 청구인이 지점등기를 한 후 영업을 하다가 이 사건 부동산을 5년 내에 취득하였다 하여 등록세를 중과세한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 5. 28. 행 정 자 치 부 장 관