재개발사업시행으로 청구인이 취득한 이 사건 건축물이 종전조례 및 지방세법에 의하여 취득세 등이 면제 또는 비과세 되는 지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2000.9.14. 청구인으로부터 수납하여 징수결정한 취득세 4,531,542,860원, 농어촌특별세 453,154,280원, 합계 4,984,697,140원을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 청구인은 ㅇㅇ건설 주식회사와 주식회사 ㅇㅇ와 함께 ㅇㅇ구역 제3지구 재개발사업을 시행한 자로서 2000.8.12. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 외 29필지에 지하 8층, 지상 30층 건축물연면적 119,693.71㎡(이하 이 사건 건축물 이라 한다)를 2000.8.12. 취득한 후 구 ㅇㅇ시재개발구역토지및건축물에대한시세과세면제조례(1984.2.23. 제1858호로 제정된 것, 이하 종전조례 라 한다)에 근거하여 2000.8.31. 지방세 감면청구서를 제출하였으나, 2000.9.4. 처분청에서 이를 반려함에 따라 건축공사금액(226,577,143,370원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 4,531,542,860원, 농어촌특별세 453,154,280원, 합계 4,984,697,140원을 신고납부 하였고 처분청에서는 2000.9.14. 이를 수납하여 징수 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 취득세 등의 부과 취소를 구하면서 첫째, 청구인은 종전조례가 시행되고 있던 1984.7.23. 사업시행인가를 받았으므로, 종전 조례가 폐지되었다 할지라도 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 종전 조례를 적용하여 이 사건 건축물에 대한 취득세 등은 면제되어야 하며, 둘째, 이 사건 건축물은 재개발사업시행에 의한 관리처분계획에 의거 취득한 건축물이므로 지방세법 제109조제3항 규정에 의하여 비과세 되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 재개발사업시행으로 청구인이 취득한 이 사건 건축물이 종전조례 및 지방세법에 의하여 취득세 등이 면제 또는 비과세 되는 지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 종전조례 제2조에서 다음 각호에 해당하는 자가 도시재개발법 규정에 의하여 지정된 재개발구역 내에서 재개발사업시행과 개량건축물의 최초분양을 위하여 취득하는 토지 및 건축물에 대하여 취득세, 등록세 및 면허세를 면제하며, 재개발사업시행인가일로부터 재개발사업이 완료되는 연도까지의 재산세 및 도시계획세를 면제한다 고 규정하고, 그 제1호에서 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자 라고 규정한 다음, 그 부칙 제2항에서 이 조례는 따로 정하는 경우를 제외하고는 1984년 12월 31일까지 시행한다 라고 규정하고 있으며, 위 면제규정은 1984.12.31. 조례 제1963호로 그 면제범위를 재개발사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물로 축소하여 그 시행기간을 연장하여 존속되다가, 1989.12.30. 조례 제2552호 부칙 제2항(경과조치)에 이 조례 시행 이전에 재개발사업시행 인가를 받은 자가 재개발사업의 시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물과 그 재개발사업시행으로 제2조 제1항 제2호에 해당하는 자가 취득하는 토지 건축물에 대하여는 종전의 조례를 적용한다 는 경과조치를 규정하였고, 1991.12.31. 조례 제2843호로 주택개량재개발사업에 한하여 취득세 등의 면제혜택을 부여하고 도심지재개발사업은 면제대상에서 제외하도록 개정하면서, 그 부칙 제2항(적용례)에 이 조례 시행당시 종전의 규정에 의하여 과세면제 하였거나 과세면제 하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다 는 경과규정을 두었으나, 1993.7.3. 조례 제3007호에서는 위 조례 제2843호로 경과규정은 삭제되었으며, 1994.4.14. 조례 제3091호에서는 면제대상을 주택개량재개발사업과 도심지재개발사업으로 확대하여 면제하도록 개정 시행되었다. 한편 1994.12.22. 지방세법이 법 제4794호로 개정되어 그 부칙 제6조에서 일반적 경과조치로 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다 라고 규정함에 따라ㅇㅇ시에서는 같은 달 31일 지방세법 제9조에 근거한ㅇㅇ시세감면조례 제3145호를 제정하여 1995.1.1.부터 시행하면서 그 제19조에서 주택개량재개발사업에 대하여 취득세 등을 면제하도록 규정하면서 도심지재개발사업에 의한 토지 및 건축물의 취득은 면제대상에 포함하지 아니하였고, 그 부칙에서도 위 조례 제2552호 및 위 조례 제2843호 부칙 제2항과 같은 경과규정을 두지 아니하고 시행되었으며, 그 후 위 조례는 그 적용기한을 3년 단위로 수 차례 개정되어 시행되고 있다. 그리고 지방세법 제109조제3항에서는 도시계획법의 규정에 의한 재개발사업 및 개발예정구획조성사업의 시행으로 소유자가 환지 받는 경우와 사업시행자가 체비지 또는 보류지를 취득하는 경우에는 취득세를 비과세 하도록 규정하고 있다가 1994.1.1.부터는사업인가 당시 소유자에 한하여 비과세 하도록 개정하였다. 다음으로 이 사건의 경우를 보면, 이 사건 토지 소재지역이 1973.9.6. 재개발구역으로 지정(건설부고시 제367호)되었고, 청구인은 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 외 21필지 토지 3,853.2㎡에 대하여 ㅇㅇ구역제3지구 재개발사업시행자로 지정 받았으나, 1988.1.16. ㅇㅇ구역제1·2·3지구가 ㅇㅇ구역제3지구로 통합되면서 이 사건 토지의 사업시행자가 청구인과 ㅇㅇ건설 주식회사 및 주식회사 ㅇㅇ로 변경인가 되어 1988.11.28. 건축허가를 받고 이 사건 건축물을 2000.8.12. 신축 취득한 다음, 2000.8.31. 종전조례를 적용하여 감면청구서를 제출하자, 2000.9.4. 납세의무 성립 당시에는 시행되는 조례를 적용하여야 한다는 이유로 반려함에 따라 청구인은 취득세 등을 신고납부 하였고, 처분청은 2000.9.14. 이를 수납하여 징수 결정한 사실을 제출된 관계자료에서 확인할 수 있다. 이에 대하여 청구인은 종전조례가 시행되고 있던 1984.7.23. 사업시행인가를 받았으므로, 종전 조례가 폐지되었다 할지라도 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 종전 조례를 적용하여 이 사건 건축물에 대한 취득세 등은 면제되어야 하며, 이 사건 건축물은 재개발사업시행으로 인한 관리처분계획에 의하여 취득한 것이므로 지방세법 제109조 제3항 규정에 의하여 비과세 되어야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 청구인이 재개발사업의 시행으로 이 사건 건축물을 취득한 2000.8.12. 현재는 재개발사업에 대한 면제근거가 없으므로 취득세 등을 과세하여야 할 것으로 보이지만, 청구인이 사업인가를 받은 당시 시행되고 있던 종전조례에서 취득세 등을 면제하는 규정이 있었고, 앞에서 살펴본 바와 같이 시세의 과세 또는 면제에 관한 조례가 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두고 납세의무자에게 유리한 종전조례를 적용하도록 하고 있는 경우에 그 납세의무는 각 세법에서 정한 과세요건이 완성된 당시의 법령을 적용한다는 일반원칙에도 불구하고 기득권 내지 신뢰보호라는 특별한 이유에 근거하여 그에 대한 예외적 조치로서 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 그대로 적용한다는 것으로서, 위 법리의 적용은 조례가 개정된 후에 비로소 과세요건이 완성되는 경우를 당연한 전제로 하고 있는 것이므로 위와 같은 유형의 조례 개정이 있은 이후 다시 당해 조례가 개정되고 그 개정에 대하여 종전의 예와는 달리 기득권 내지 신뢰보호를 위한 경과규정을 따로 두고 있지 아니하더라도, 이미 기득권 등 보호의 요건이 갖추어져 있는 이상 그러한 사정이 위 법리에 어떠한 영향을 미치는 것이라 볼 수 없는 것(같은 취지의 대법원 판례 1996.8.23. 95다44917호 및 1997.4.11. 97다1716호, 같은 취지의 행정자치부심사결정 2000.7.25. 제2000-507호, 2000.8.29. 제2000-635호 및 제2000-637호)이므로 지방세법 제109조제3항 규정에 의하여 비과세 되어야 한다는 주장은 살펴볼 필요도 없이 청구인이 취득한 이 사건 건축물은 사업시행인가 당시 시행되고 있던 종전조례 제2조 규정에 의한 취득세 등 면제대상이 된다고 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 5. 28. 행 정 자 치 부 장 관