[요지] 청구인은 신축중인 교육용 건축물의 활용성을 높이기 위한 필요성 때문에 매도인의 매각조건을 수용할 수 밖에 없었고, 이와 같이 매도인과 청구인간의 부동산매매계약 특약사항을 수익사업으로 보기는 어려운 것이라 하겠으므로 처분청의 부과처분은 잘못이 있다 판단됨
[요지] 청구인은 신축중인 교육용 건축물의 활용성을 높이기 위한 필요성 때문에 매도인의 매각조건을 수용할 수 밖에 없었고, 이와 같이 매도인과 청구인간의 부동산매매계약 특약사항을 수익사업으로 보기는 어려운 것이라 하겠으므로 처분청의 부과처분은 잘못이 있다 판단됨
[주 문] 처분청이 2001.3.10. 부과 고지한 취득세 4,080,000원, 농어촌특별세 374,000원, 등록세 6,120,000원, 교육세 1,122,000원, 합계 11,696,000원(가산세 포함)을 취소한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.1.30. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 소재 부동산(토지 301㎡, 건물 564㎡, 이하 이 사건 부동산 이라 한다)을 취득한 후 지방세법 제107조제1항제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 취득세 등을 비과세 받았으나, 이 사건 부동산 중 3층 건물 141㎡(이하 임대용 부동산 이라 한다)를 수익사업에 사용하고 있으므로, 임대용 부동산 부분의 해당 과세표준액(170,000,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항제3호제2목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 4,080,000원, 농어촌특별세 374,000원, 등록세 6,120,000원, 교육세 1,122,000원, 합계 11,696,000원(가산세 포함)을 2001.3.10. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 이 사건 부동산을 교육용 시설로 사용하기 위하여 매입하였으나, 청구외 전 소유주 ㅇㅇㅇ가 1년 이상 거주할 수 있도록 합의되어야 이 사건 부동산의 매도가 가능하다는 매각조건에 따라 별도의 부동산 임대계약은 체결하지 아니하고, 임대용 부동산에서 퇴거시 퇴거불응 등의 문제점을 보완하기 위해 지급할 잔금에서 담보금액(50,000,000원)을 보관하기로 매매계약을 체결하고 취득한 다음, 청구 외 전 소유주 ㅇㅇㅇ가 2001.4.13.까지 거주하다가 퇴거하고 현재는 2002학년도 신입생 모집 사무실로 사용하고 있으므로 비과세된 취득세 및 등록세 등을 추징한 것은 부당하다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 비영리법인인 학교법인이 전 소유자와 부동산 매매계약을 체결할 때 약정에 의하여 잔금 중 일부금액을 보관한 다음, 전 소유자를 임대용 부동산에 거주하도록 하는 것이 비과세된 취득세 등의 추징사유에 해당되는지여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조제1항제1호, 제127조제1항제1호 및 같은법시행령 제78조의2제1항, 제79조제1항제2호, 제93조의2 및 제94조제1항에서 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득 또는 등기하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세 하지만, 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 이 사건 부동산 중 임대용 부동산을 청구 외 ㅇㅇㅇ로부터 50,000,000원을 받고 임대하였으므로 이를 수익사업으로 보아 비과세된 취득세 등을 부과 고지하였음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있으며, 이에 대하여 청구인은 임대용 부동산을 청구 외 ㅇㅇㅇ(전 소유자)에게 1년간 거주하게 한 것은 이 사건 부동산을 취득하기 위한 매매계약서상의 특약사항을 이행한 것으로 수익사업에 해당되는 것으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 현재는 2002학년도 신입생 모집 사무실로 사용하고 있으므로 비과세된 취득세 및 등록세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 대하여 살펴보면, 청구인은 학교를 운영하는 법인으로서 외국인 교수 충원 및 교육시설의 확충을 위하여 신축 중이던 교육용 건축물의 활용도를 높여야 할 필요성 때문에 이 사건 부동산을 매입하기 위하여 매도인에게 매각을 제의하였으나, 매도인은 이 사건 부동산 중 임대용 부동산에 1년간 거주할 것을 매각조건으로 제시함에 따라 청구인은 매각조건을 수용하되, 지급할 잔금 중에서 50,000,000원을 보관하고 있다가 임대용 부동산 명도시에 지급하기로 매매계약을 체결하여 이 사건 부동산을 취득한 다음, 임대용 부동산을 제외한 건축물은 즉시 기숙사로 사용하였고, 임대용 부동산도 청구 외 ㅇㅇㅇ로부터 2001.4.13. 명도 받아 2002학년도 신입생 모집 사무실로 직접 사용하고 있음을 볼 때, 청구인은 신축중인 교육용 건축물의 활용성을 높이기 위한 필요성 때문에 매도인의 매각조건을 수용할 수 밖에 없었고, 이와 같이 매도인과 청구인간의 부동산매매계약 특약사항을 수익사업으로 보기는 어려운 것이라 하겠으므로 처분청의 부과처분은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2001. 5. 28. 행 정 자 치 부 장 관