비영리법인인 사회복지단체가 증여에 의하여 부동산을 취득한 후 그 부동산을 임대하여 수익사업에 사용하는 경우 비과세하였던 취득세 등을 추징한 것이 적법한 지의 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.12.30. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 부동산(건물 1,424.88㎡, 토지 200.93㎡, 이하 ”이 사건 부동산”이라 한다)을 증여, 취득하였으므로 지방세법제107조 및 제127조의 규정에 의하여 취득세 및 등록세를 비과세하였으나, 이 사건 부동산 중 96.79㎡만 청구인이 직접 사용하고 나머지 1,328.09㎡는임대하여 수익사업에 사용하고 있으므로, 임대부분에 대하여 취득세 15,765,480원, 농어촌특별세 1,445,160원, 등록세 31,530,960원, 교육세 5,780,670원, 합계 54,522,270원(가산세포함)을 2000.8.17. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 장애인 복지시설 설치운영, 시각장애인을 위한 복지사업 등을 목적으로 설립된 비영리법인으로서, 시작장애인들의 복지증진과 직업, 사회재활 등을 위하여 1998. 12. 29. ㅇㅇ구청장으로부터 ㅇㅇ장애인복지관 시설허가를 받아 운영하고 있는 바, 이 사건 부동산은 종교, 시각장애인 복지관 설립 및 운영을 위해 증여를 받았으나, 복지관 운영비용 마련에 어려움을 겪게되어 부득이 임대수익사업을 할 수밖에 없었고, 이 사건 부동산의 임대수입은 종교, 자선 등 전액 공익사업(시작장애인 개안수술지원, 시각장애인 장학금지급 교육비 등 후원사업비)에 사용하고 있음에도 이미 비과세한 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 비영리법인인 사회복지단체가 증여에 의하여 부동산을 취득한 후 그 부동산을 임대하여 수익사업에 사용하는 경우 비과세하였던 취득세 등을 추징한 것이 적법한 지의 여부에 그 다툼이 있다 하겠다 먼저 관계 법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제107조에서 “다음 각 호의 1에 해당하는 것(....)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득 일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유 없이 취득 물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다.”라고 규정하고, 같은 법시행령 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자라 함은 다음 각 호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기”라고 규정하고, 같은 법시행령 제93조의 2에서 “법 제127조제1항 단서에서 대통령령이 정하는 수익사업이라 함은 제78조의 2의 규정에 의한 사업을 말한다”라고 규정하고, 같은 법시행령 제94조제1항에서 ‘법 제127조제1항제1호 본문에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다“라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 이 사건 부동산을 1997.12 30 청구 외 (재)ㅇㅇ선교회유지재단으로부터 취득한 후, 1998. 2. 4 청구인이 이 사건 부동산에 대하여 지방세 감면신청을 하자 처분청은 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조 제1항의 규정에 의거 취득세 및 등록세 등을 비과세 하였으나, 청구인의 임대 사실을 확인하고 2000.6. 23 청구인에게 과세예고를 한 다음, 임대부분에 대하여 취득세 등을 부과처분한 사실을 제출된 관계자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 고유목적사업과 복지관 운영의 부족한 금액을 충당하기 위해 임대수익사업을 할 수밖에 없으며, 이 사건 부동산의 임대수입은 종교, 자선, 학술 등 전액 공익사업에 사용하고 있으므로 취득세 부과처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 지방세법 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호의 규정을 종합해보면, 비영리사업자인 사회복지법인이 그 사업에 사용하기 위하여 취득·등기하는 경우에는 취득세와 등록세를 비과세하지만, 법인세법 제3조의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우에는 취득세 및 등록세를 부과하도록 규정하고 있고, 법인세법 제3조제2항제1호에서 부동산 임대업을 수익사업으로 규정하고 있으므로, 청구인의 경우 이 사건 부동산을 취득하여 일부(96.79㎡)만을 직접 사용하고, 나머지 1,328.09㎡는 임대하고 있는 사실이 2000.4월 처분청 세무담당공무원의 현지확인 복명서에서 확인되고 있는 이상, 처분청이 이 사건 부동산에 대하여 비과세하였던 취득세 등을 추징한 것은 적법하다 하겠으며, 설사 이 사건 부동산을 임대하여 얻은 수익금액을 복지관 운영경비로 사용하였다 하더라도 수익사업이 아니라고 부인할 수는 없다(같은 취지의 행정자치부 심사결정 2000.1.26. 제2000-34호)하겠으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 5. 28 행 정 자 치 부 장 관