대도시내 법인의 쟁점부동산 소유권을 이전등기한 후 당해 업종에 직접 사용하지 않고 매각하는 경우 등록세 중과세 대상에 해당되는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.9.4. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 및 같은동 117-8번지 소재 부동산(토지 1,481㎡ 및 건축물 3.160㎡, 이하 이건 부동산 이라 한다)을 첨단기술산업에 사용하기 위하여 증여 취득한 후 2000.9.6. 일반세율로 등록세 등을 신고 납부하였으나, 2000.10.26. 매각하였으므로 대도시내 법인의 부동산등기로 보아 이건 부동산 취득가액(2,702,075,993원)에 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 97,274,720원, 교육세 17,833,690원, 합계 115,108,410원(가산세 포함)을 2001.2.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 ㅇㅇ그룹 계열법인으로서 계열기업 구조개선작업과 관련된 이건 부동산을 매각하여 그 매각대금으로 ㅇㅇ은행에 대한 차입금을 상환한 것이므로 금융기관의 부채상환용 토지가 비업무용토지에서 제외되는 것과 마찬가지로 등록세 중과세에서 제외되는 기업합리화 또는 구조조정의 정당한 사유가 있으며, 대도시내 부동산 등기에 대하여 중과세하는 입법취지가 수도권 내의 법인설립을 억제하고, 과도한 인구집중을 방지하여 수도권과 지방의 균형발전을 도모하는데 있으므로 청구인이 인구집중을 유발하지 않고 이건 부동산을 매각하였으므로 처분청의 중과세 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 대도시내 법인의 부동산 등기시 등록세 중과세 제외업종인 첨단기술산업에 사용하기 위하여 부동산 소유권을 이전등기한 후 당해 업종에 직접 사용하지 않고 매각하는 경우 등록세 중과세 대상에 해당되는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제138조제1항제3호, 제3항, 같은법시행령 제101조제1항제7호, 제2항, 제102조제1항 및 제2항에서 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역 내에서 법인의 설립 등에 따른 부동산 등기는 등록세를 3배 중과세 하도록 규정하면서 산업발전법에 의하여 산업자원부장관이 고시하는 첨단기술산업 등은 중과대상에서 제외하되, 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 등록세 중과세 대상으로 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 통신·전자기기 및 부품제조 판매업 등을 목적으로 1995.10.27. 설립된 법인으로서 1998.7.4. 중소기업청장으로부터 벤처기업으로 인증을 받았으며, 이건 부동산을 2000.9.4. 청구외 ㅇㅇㅇ 및 ㅇㅇㅇ로부터 증여를 원인으로 취득하여 2000.9.6. 이건 부동산에 대한 소유권 이전등기를 하면서 등록세 중과세가 제외되는 첨단기술산업에 사용한다고 일반세율로 자진신고 납부하였으나, 청구인이 이건 부동산을 2000.10.26. 매각하자, 처분청에서는 이건 부동산에 대한 등기를 대도시내 법인의 부동산 등기로 보아 등록세 등을 중과세 한 사실은 제출된 관계자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 계열기업 구조개선작업과 관련하여 이건 부동산을 매각하여 그 매각대금으로 차입금을 상환한 것이므로 금융기관 부채상환용 토지가 비업무용토지에서 제외되는 것과 마찬가지로 경영합리화 또는 구조조정 등의 정당한 사유가 있으며, 청구인이 대도시내 부동산 등기를 중과세하는 입법취지에 저촉되게 인구집중을 유발한 사실이 없는데도 처분청에서 등록세 등을 중과세하는 것은 부당하다고 주장하고 있지만, 대도시내 법인의 부동산 등기에 대한 등록세 중과세 예외를 규정한 지방세법시행령 제101조제1항에서 금융기관 부채상환용 토지를 중과세 대상에서 제외할토지로 규정하지 않고 있을 뿐만 아니라, 동조제2항에서 말하는 정당한 사유는 1년내에 사용하지 못한 경우에 적용하는 것이므로 매각한 경우에까지 적용하기는 어려운 것이라 하겠으며, 또한 청구인의 경우처럼 이건 부동산을 취득하여 첨단기술산업에 직접 사용하지 아니한 상태에서 별다른 정당한 사유없이 경영합리화 또는 기업구조조정을 이유로 매각하였다는 것은 내부사정에 불과한 것으로 정당한 사유로 보기 어려울 것이라 하겠으므로 청구인이 이건 부동산을 취득하여 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 첨단기술산업에 직접 사용하지 아니하다가, 1년이 경과한 후에 매각한 것이 분명한 이상 처분청이 중과세한 처분은 정당하다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 4. 30. 행 정 자 치 부 장 관