[요지] 이건 토지를 청구인이 교회에 증여하였다고 하더라도 증여한 이후에도 당초 목적대로 교회용으로 계속 사용하고 있다면 당초 취득한 목적이 그대로 유지되고 있다고 보아야 하고 비영리사업자가 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 비과세 하는 입법취지 등에 비추어 볼 때 청구인이 당해 부동산을 증여하여 종교용에 사용하도록 한 데에는 정당한 사유가 있는 것으로 판단됨
[요지] 이건 토지를 청구인이 교회에 증여하였다고 하더라도 증여한 이후에도 당초 목적대로 교회용으로 계속 사용하고 있다면 당초 취득한 목적이 그대로 유지되고 있다고 보아야 하고 비영리사업자가 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 비과세 하는 입법취지 등에 비추어 볼 때 청구인이 당해 부동산을 증여하여 종교용에 사용하도록 한 데에는 정당한 사유가 있는 것으로 판단됨
[주 문] 처분청이 2000.11.13. 청구인에게 부과 고지한 취득세 71,929,000원, 농어촌특별세 6,593,470원, 등록세 23,526,720원, 교육세 4,313,230원, 합계 106,362,420원(가산세 포함)을 취소한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1996.2.26.과 1996.8.16.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지외 4필지 토지 2,312㎡(이하 “이건 토지”라 한다) 및 그 지상건축물 340.02㎡(이하 이건 토지를 포함하여 “이건 부동산”이라 한다)를 종교용에 사용하기 위하여 취득한 후 5년 이내인 1999.9.27. 청구외ㅇㅇ교회에 증여하였으므로, 비과세된 취득세 등의 추징대상 및 법인의 비업무용 토지에 해당된다고 보아, 그 취득가액(653,520,000원)에 구지방세법(1998.12.31. 법률 제5616호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세71,929,000원, 농어촌특별세 6,593,470원, 등록세 23,526,720원, 교육세 4,313,230원, 합계 106,362,420원(가산세 포함)을2000.11.13. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 전도사업 및 사회사업 등을 목적으로 하는 법인으로서 이건 부동산을 청구인 명의로 취득하여 5년이내에 ㅇㅇ교회에 증여한 것은 사실이나, 당초 이건 부동산의 취득비용은 물론 교회건물의 신축비용까지도 ㅇㅇ교회의 자금으로 충당한 것으로서, 단지 교단 총회의 헌법과 노회규칙에 의거 소속 지역교회의 모든 부동산을 본재단 명의로 편입하고, 재단은 재산의 행정적인 관리만 하고 실제로는 사실상 소유자인 ㅇㅇ교회에서 관리·사용해오다가 건물신축자금의 대출을 위한 근저당권의 설정을 위해 부득이 실소유자(ㅇㅇ교회)에게 토지를 증여하였으며, 지상에 교회를 건축하여 약1년간 교회용으로 고유목적에 사용하다가 증여하였으므로 취득세 등의 비과세대상에 해당되고, 이건 토지를 증여한 1999년도에는 이러한 경우 비과세된 세액을 추징하는 규정이 없었으므로 추징대상에 해당되지 아니하며, 비업무용으로 중과세 할 수도 없는데도(같은 취지의 행정자치부 심사결정 1998.5.27. 제98-262호), 단지 당해 부동산을 증여하였다는 사실만을 가지고 이건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 비영리법인이 부동산을 취득한 후 5년 이내에 증여한 데에 정당한 사유가 있는지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 구지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제107조제1호, 제127조제1항 및 지방세법시행령 제79조제1항제1호, 제94조제1항에서 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하지만, 제112조제2항의 규정에 의한 과세대상에 해당하거나, 3년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 사용하지 아니하는 경우는 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 있고, 구지방세법 제112조제2항, 구지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것)제84조4제1항제2호에서 법인이 토지를 취득한 후 목적사업에 직접 사용한 날을 합한 기간이 2년을 초과하지 아니한 토지로서 취득일부터 5년 이내에 정당한 사유 없이 매각한 경우는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은전도사업 및 사회사업 등을 목적으로 하는 비영리법인으로서1996.2.26.과 같은해 8.16.교회를 신축하기 위하여 이건 부동산을 취득한 후 그 지상건축물을 철거하고 1997.2.18. 건축허가를 받은 후 같은해 9.5. 건축공사를 착공하여 공사를 진행하던중 1998.10.8. 건축주명의를 ㅇㅇ교회로 변경하고 같은해 10.16. 교회를 신축한 후 교회용으로 사용해 오다가 재단이사회의 동의를 받고 1999.9.27. 이건 토지를 ㅇㅇ교회에 증여하였으므로, 처분청은 당초 이건 부동산에 대하여비과세하였던 취득세 등을 추징하면서 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하였음을 관련자료에서 알 수 있고, 이에 대하여 청구인은교회 건축 목적으로 지상건축물이 있는 토지를 취득한 후 유예기간내에 그 지상건축물을 철거하고 그 자리에 교회건물을 신축하여 교회로 사용해 오다가 건물신축자금의 대출을 위한 근저당권의 설정을 위해 부득이 실소유자(ㅇㅇ교회)에게 증여한 경우는 취득세 등의 비과세대상에 해당됨은 물론, 비업무용으로 중과세 할 수 없다고 주장하고 있다. 이에 대하여 보면, 구지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항 단서에서 종교를 목적으로 하는 단체가 취득·등기한 부동산을 3년 이내에 종교용에 사용하지 아니한 경우에 한하여 추징하도록 규정하고 있을 뿐, 이를 일정기간 사용하다가 매각하는 경우에 이를 추징하도록 규정하고 있지 아니하고, 또한 동규정의 취지는 종교용에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 종교용에 사용하는 경우에 한하여 취득세와 등록세를 비과세하고 정당한 사유없이 다른 용도로 사용하는 경우에 추징하겠다는 것으로 보아야 할 것이므로, 비록 청구인이 교회를 신축하기 위하여 이건 부동산을 취득한 후 그 지상건축물을 철거하고 건축허가를 받은 후 건축공사에 착공하여 공사를 진행하다가 1998.10.8. 건축주명의를 ㅇㅇ교회로 변경하고 1998.10.16. 교회를 신축한 후 교회용으로 사용해 오다가1999.9.27. 이건 토지를 청구인 소속의 ㅇㅇ교회에 증여하였다고 하더라도 증여한 이후에도 당초 목적대로 교회용으로 계속 사용하고 있다면, 청구인이 당초 취득한 목적이 그대로 유지되고 있다고 보아야 하고, 비영리사업자가 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 비과세 하는 입법취지 등에 비추어 볼 때, 청구인이 당해 부동산을 청구인 소속의 ㅇㅇ교회에 증여하여 종교용에 사용하도록 한 데에는정당한 사유가 있는 것으로 보아야 하므로 취득세 등의 추징대상에 해당되지 아니함은 물론,취득세 중과대상이 되는 법인의 비업무용 토지에 해당되지 아니함에도(같은 취지의 행정자치부 심사결정 1998.5.27. 제98-262호 및2000.10.31. 제2000-774호) 이건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2001. 4. 30. 행 정 자 치 부 장 관