비영리법인이 토지를 취득한 후 3년내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2000.8.10. 및 9.10. 청구인에게 부과 고지한취득세 35,640,000원, 농어촌특별세 3,267,000원, 등록세 10,692,000원, 교육세 1,960,000원, 합계 51,559,000원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1996.12.9. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 893㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 성당신축 목적으로 취득하였으므로 취득세와 등록세를 비과세 하였으나, 3년 이내에 목적사업에 직접 사용하지 아니하였으므로 비과세한 취득세 등을 추징하면서, 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아, 그 취득가액(297,000,000원)에 지방세법 제112조제2항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 35,640,000원, 농어촌특별세 3,267,000원, 등록세 10,692,000원, 교육세 1,960,000원, 합계 51,559,000원(가산세 포함)을 2000.8.10. 및 9.10. 2회에 걸쳐 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 기존의 성당부지가 ㅇㅇ건설의 아파트신축부지에 편입되어 1997.1.14.에 ㅇㅇ건설에서 알선해 준 같은동ㅇㅇ번지외 6필지 673㎡(이하 “제1토지”라 한다)를 대토형식으로 취득하였고, 제1토지만으로는 협소하여 1996.12.9.에 미리 이건 토지를 취득하였으며, 1998.5.10.부터 이건 토지상에 조립식 성당을 설치하여 주임신부가 부임하고, 1998.8.15.에 기공식 미사집전을 하였음은 물론, 1999.2.20. 성당건축을 위하여ㅇㅇ건축설계사무소에 설계를 의뢰하였으나, 이건 토지와 제1토지 사이에 위치한 국유지인 같은동ㅇㅇ번지 토지 102㎡(폐도로 이하 “제2토지”라 한다)를 취득함에 있어 지목변경(용도폐지) 문제로 인하여 취득이 지연됨에 따라 1999.5.26.에서야 취득하였으며, 1999.11월에 시공업체를 선정하고 같은해 12.14.에 착공하여 현재 70%의 공정율을 보이고 있는 등 적극적인 노력을 다하였는 바, 이는 정당한 사유에 해당함에도 이건 토지를 목적사업에 사용하여야 하는 유예기간(3년)에서 5일이 경과되었다 하여 이건 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 비영리법인이 토지를 취득한 후 3년내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호, 지방세법시행령 제79조제1항제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 비과세하되, 법 제112조제2항의 규정에 의한 과세대상에 해당되거나 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 취득세 및 등록세를 부과하도록 규정하고 있고, 지방세법 제112조제2항제6호 및 같은법시행령 제84조의4제1항제1호에서 법인이 토지를 취득한 날부터 3년내에 정당한 사유없이 당해 법인의 목적사업에 직접 사용하지 아니하는 토지는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세 하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 기존의 성당부지가 ㅇㅇ건설의 아파트신축부지에 편입되어 성당이전을 추진하면서, 1996.12.9.에 이건 토지를 취득하였고, ㅇㅇ건설에서 알선해 주는 제1토지를 대토형식으로 1996.8.7.에 취득하고, 이건 토지와 제1토지의 중앙부분을 가로지르고 있는 제2토지(국유지)를 1999.5.26.에ㅇㅇ시장으로부터 취득하여 1999.6.4.자로 소유권 이전등기를 한 후, 1999.9.15.에 연면적 2,184.82㎡(지하1층, 지상3층)규모의 건축허가를 받아 1999.12.15.에 처분청에 착공신고서를 제출하였으며, 처분청은 2000.6.1. 청구인에 대한 세무조사에서 이건 성당건축의 사실상 착공이 1999.12월말경(날자미상)임을 확인하고, 이건 토지를 3년내에 사용하지 아니한 법인의 비업무용 토지로 보아, 비과세한 취득세 등을 추징하면서 취득세를 중과세하였음을 관계자료에서 알 수 있다. 살피건대, 위 관계법령에서의 『정당한 사유』라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 나아가 그 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 그 해당법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 이를 고유업무에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 그 장애정도, 당해법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(같은 취지의 대법원 판결 1995.12.8. 95누 5257)이므로, 청구인의 경우 이건 토지에 성당을 신축하기 위해서 이건 토지와 제1토지 사이에 있는 제2토지(폐도로)를 반드시 취득하여야만 가능하였다고 보여지고, 제2토지를 취득하기 위한 선행절차로서의 용도폐지가 1998.10.20.자로 이루어져 1998.11월에 국유재산매수신청을 하고 1999.5.26.에 취득한 후, 건축허가 절차를 거쳐 1999.12.15.에 착공신고를 하였고 1999.12월말경에 사실상 착공을 하는 등 정상적인 노력을 기울여 현재는 성당건축공사가 마무리 단계에 있는 점 등을 종합해 보면, 유예기간에서 5일 내지 20일정도 경과하였다 하더라도 이건 토지는 유예기간내 착공하지 못한 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 4. 30. 행 정 자 치 부 장 관