[요지] 취득 당시부터 고유업무에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당하지 않는다면 유예기간 경과여부에 관계없이 과세면제한 취득세 등의 추징대상에 해당된다 할 것이며 취득세 등을 추징할 사유에 해당하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 과세요건이 갖추어졌는지 여부가 문제된 추징사유 발생 당시의 법률인 개정된 지방세법의 규정에 따라 판단되어져야 할 것임
[요지] 취득 당시부터 고유업무에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당하지 않는다면 유예기간 경과여부에 관계없이 과세면제한 취득세 등의 추징대상에 해당된다 할 것이며 취득세 등을 추징할 사유에 해당하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 과세요건이 갖추어졌는지 여부가 문제된 추징사유 발생 당시의 법률인 개정된 지방세법의 규정에 따라 판단되어져야 할 것임
[주 문] 청구인의 심사청구 중 1998.5.29. 징수결정한 취득세 등에 관한 심사청구는 이를 각하하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.4.21.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 토지 243.66㎡(이하 이 사건 토지 라 한다) 및 건축물 3,176.85㎡(이하 이 사건 건축물 이라 한다)를 취득한데 대하여 지방세법 제290조 제1항 제18호 규정에 의하여 취득세 및 등록세 등을 면제하였으나, 청구인이 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다 하여 지방세법 제112조 제2항(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 이전의 것) 및 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 취득세 252,221,420원, 등록세 126,850,680원, 농어촌특별세 25,222,130원, 교육세 25,370,130원, 합계 429,664,360원을 1998.5.29. 신고납부(이하 제1처분 이라 한다) 하였으나, 면제된 취득세 등의 추징사유가 발생된 날부터 30일 이내에 취득세 등을 신고납부하지 아니하였으므로 가산세 부과대상에 해당된다고 보아 취득세 50,444,280원 등록세 25,370,130원, 농어촌특별세 2,522,180원, 교육세 2,537,010원, 합계 80,873,600원을 2000.7.10. 부과 고지(이하 제2처분 이라 한다)하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 이 사건 토지 및 건축물을 취득한 후 1997.5.7. 정보통신부장관으로부터 정보화촉진과 관련한 부동산 임대 승인을 받아 1997.5.17. 법인등기부 등본에 등재한 다음 1997.5.29. 이 사건 건축물 중 2,843㎡(이하 제1임대물건 이라 한다)를 청구 외ㅇㅇ정보센터에 임대하였고, 나머지 333.85㎡(이하 제2임대물건 이라 한다)는 청구인이 회의실로 사용하다가 1998.4.29. 임대하였으므로, 이 사건 토지 및 건축물은 청구인의 목적사업에 직접 사용한 것이므로, 제1처분과 관련된 취득세 등은 환급되어야 하고, 제2처분과 관련하여 취득세 등을 부과 고지한 것은 부당하다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 취득세 등 면제대상 및 이 사건 토지가 법인의 비업무용토지에 해당되는 지 여부와 가산세 부과처분이 적법한 지 여부에 있다. 첫째, 청구인이 제1처분과 관련하여 취득세 등에 대한 이의신청 및 심사청구가 적법하게 제출되었는 지 여부를 살펴본다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제72조 제1항에서 이 법에 의한 처분으로서 위법 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청 및 심사청구를 제기할 수 있다고 규정하고 있고, 같은법 제73조 및 제74조 제1항에서 이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 경우에는 그 통지를 받은 날)로부터 90일 이내에 불복의 서류를 구비하여 도지사에게 이의신청을 하여야 하고, 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날로부터 90일 이내에 행정자치부장관에게 심사청구를 하여야 한다고 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 제1처분에 따른 취득세 등을 1998.5.29. 신고납부 하였으므로 그 날로부터 90일 이내에 이의신청을 하여야 함에도 2년4개월이 경과한 2000.10.10. 이의신청서를 접수한 이상, 제1처분에 대한 심사청구는 기간경과로 인하여 본안 심의대상이 될 수 없는 것이라 하겠다. 둘째,제2처분이 적법한 과세처분인 지 여부를 살펴본다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항 본문 및 제18호에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립되거나 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체 등이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만, 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하였던 것을 1997.8.30. 법률 제5406호로 구 지방세법 제290조 제1항 단서규정에 수익사업에 사용하는 경우에도 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하였고, 구 지방세법 제112조 제2항(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 이전의 것), 같은 법시행령(1998.7.16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제1항 제1호에서 법인이 토지를 취득한 날부터 1년내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지는 법인의 비업무용토지로 규정하고 있으며, 지방세법 제120조 제3항 및 제121조 제1항, 제150조의2 제3항 및 제151조에서 이 법 또는 다른 법령에 의하여 과세면제 받은 후 당해 과세물건이 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 그 사유 발생일부터 30일 이내에 신고납부 하여야 하며, 신고납부를 하지 아니하거나 신고납부한 세액이 정당하게 산출한 세액에 미달한 때에는 정당하게 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 보통징수방법에 의하여 징수하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1997.4.21. 이 사건 토지 및 건축물을 취득한 후 1997.5.7. 정보통신부장관으로부터 정관(정보화촉진과 관련한 부동산 임대) 및 제1임대물건의 임대승인을 받아 1997.5.17. 법인등기부등본의 목적사업에 정보화촉진과 관련한 부동산 임대 를 추가하고 1997.5.29. 청구외 ㅇㅇ정보센터에 제1임대물건을 임대하였고, 제2임대물건은 청구인이 회의실로 사용하다가 청구 외 ㅇㅇ정보센터의 요청으로 1998.4.27.부터 사용하도록 승인한데 대하여, 처분청에서는 이 사건 토지 및 건축물을 청구 외 ㅇㅇ정보보호센터에서 1997.4.8.부터 모두 사용하는 것으로 보아 면제된 취득세 등의 가산세를 추징한 사실을 제출된 관계자료에서 확인할 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지 및 건축물을 1년 이내에 청구인의 고유업무(정보화촉진과 관련한 부동산 임대)에 직접 사용하였으므로 면제된 취득세 등(가산세 포함)의 추징대상 및 비업무용토지에 해당되지 아니하고, 설령 추징대상에 해당한다 할지라도 추징사유가 발생한 날로부터 30일 이내에 신고납부 하였으므로 가산세를 부과할 수 없다고 주장하고 있으므로, 이에 대하여 살펴보면, 청구인이 1997.3.26. 매매계약을 체결하여 1997.4.21. 잔금을 지급하기 전인 1997.4.8.부터 청구 외 ㅇㅇ정보보호센터에서 이 사건 건축물 전체면적에 대하여 인테리어 등 설치공사를 한 사실을 인정하고 있으며, 이 사건 건축물의 관리업체인 (주)ㅇㅇ엔지니어링과 청구 외 ㅇㅇ정보보호센터의 건물관리도급계약서에서도 처음부터 이 사건 건축물 전체에 대하여 관리비 부과대상으로 계약되어 있고, 1998.4.29. 처분청 세무과 진현득 외 1명의 복명서 및 2000.5.4. 한동 제2000-14호 건물사용현황 확인의 건에서도 1997.4.8.부터 이 사건 건축물을 청구 외 ㅇㅇ정보보호센터에서 사용하고 있음이 청구 외 ㅇㅇ정보보호센터 총무과장 ㅇㅇㅇ 외 1인과 이건 건축물이 소재한 서초동아타워 관리사무소장이 확인하고 있으며, 또한 한업 제97-07호(1997.11.14.) 관리비, 전기료·관리 예치금 청구 및 1997.4월부터 10월분까지 관리비 세금계산서 및 입금증에서도 청구 외 ㅇㅇ정보보호센터에서 1997.4.8.부터 10월까지 이 사건 건축물 전체에 대한 관리비를 청구 외 (주)ㅇㅇ엔지니어링에 1997.11.14. 납부한 사실을 종합하여 볼 때, 이 사건 건축물은 청구 외 ㅇㅇ정보보호센터에서 1997.4.8.부터 사용되었음이 확인되고 있고, 구 지방세법 제290조 제1항 규정의 취지가 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 과세면제대상이 되기 위해서는 취득 당시부터 이를 취득 목적대로 유예기간 이내에 사용하는 것을 전제로 하고 있고, 취득 당시부터 고유업무에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당하지 않는다면 유예기간 경과여부에 관계없이 과세면제한 취득세 등의 추징대상에 해당된다 할 것(같은 취지의 행정자치부 심사결정 1999.4.28. 제99-249호)이고, 여기에서 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한다는 것은 청구인과 같은 기술진흥단체 등이 기술진흥 등을 위해 직접 공여하는 부분에 한하여 지방세를 면제하도록 한 것이지 임대사업에 사용하는 경우까지를 말하는 것은 아니라 할 것이며, 취득세 등을 추징할 사유에 해당하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 과세요건이 갖추어졌는지 여부가 문제된 추징사유 발생 당시의 법률인 개정된 지방세법의 규정에 따라 판단되어져야 할 것이므로(같은 취지의 대법원 1992.6.9. 91누10725 판결 참조) 청구인은 취득세 등 추징사유가 발생한 날(1997.4.21.)로부터 30일(1997.5.21.) 이내에 면제받은 취득세 등을 신고납부 하여야 함에도 1998.5.29. 신고납부한 이상, 가산세를 부과하는 것은 부당하다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2001. 6. 25. 행 정 자 치 부 장 관