[요지] 시·도 교육감으로부터 유치원 설립인가를 받아 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기에 대하여 등록세를 비과세한다고 규정하고 있으므로 청구인의 경우와 같이 이건 유치원에 대한 등기당시 유치원설립인가가 소멸된 경우에는 등록세 등의 비과세 대상이 아니라 할 것임
[요지] 시·도 교육감으로부터 유치원 설립인가를 받아 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기에 대하여 등록세를 비과세한다고 규정하고 있으므로 청구인의 경우와 같이 이건 유치원에 대한 등기당시 유치원설립인가가 소멸된 경우에는 등록세 등의 비과세 대상이 아니라 할 것임
[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1998.5.28. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ ㅇㅇ아파트 단지내 유치원(대지 971.3㎡ 및 건물 1,121.9㎡, 이하 “이건 부동산”이라 한다)을 취득하고, 2000.8.9. 등기한 데 대하여 지방세법 제107조제1호 와 제127조제1항제1호규정에 의거 등록세를 비과세하였으나, 유치원 설립인가가 1999.7.29.자로 청구인에서 학교법인 ㅇㅇ학원으로 이미 변경되었으므로 등록세 비과세대상에 해당되지 않는다고 보아 등록세31,536,250원, 교육세 5,781,640원, 합계37,317,890원을 2001.2.9. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 등록세 등의 부과처분에 대한 취소를 구하면서 그 이유로 청구인은 이건 유치원을 청구인 명의로 취득하고 유치원 설립인가를 받아 운영해 오던 중 준공검사 미필로 등기이전이 지연됨에 따라 부득이하게 미등기 상태로 이건 부동산을 학교법인 ㅇㅇ학원에 증여한 후, 유치원 설립자를 청구인에서 학교법인 ㅇㅇ학원으로 변경하였으며, 등기의 경우 청구인이 이미 잔금을 지급한 상태였기 때문에 일단 2000.8.9. 청구인 명의로 소유권 이전등기를 하고, 2000.8.31. ㅇㅇ학원 명의로 이전등기를 한 것인 바, 고등학교 이하 각급학교 설립·운영 규정에 의하면 유치원 소유자와 경영자가 상이할 경우 명의변경이 인가될 수 없음에도 관계관청에서 청구인의 이러한 특별한 사정을 인정하여 유치원 설립자 명의 변경을 인가해 주었고, 현재까지 이건 부동산을 유치원 용도로 계속 사용하고 있으므로 청구인이 소유권이전등기를 한데 대한 등록세는 비과세되어야 한다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 이건 부동산 등기가 등록세 등의 비과세 대상에 해당되는지 여부에 관한 사항이라 하겠다. 먼저, 관계법령을 보면, 지방세법 제124조에서 “등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다”고 규정하고 있고, 같은법 제127조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...생략...)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우는 3년)이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다.”고 규정한 다음 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기”라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 “대통령령이 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다“고 규정한 다음 그 제2호에서 “초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체”라고 규정하고 있다. 다음으로 이건의 경우를 보면, 청구인은 1998.2.20. 유치원 설립인가를 받고 1998.5.28. 이건 부동산을 취득하였으나, 미등기상태에서 1999.7.26. 청구인이 대표로 있는 학교법인 ㅇㅇ학원에 이건 부동산을 증여하였고, 같은해 7.29. 유치원 설립자를 청구인에서 ㅇㅇ학원으로 명의변경한 후, 2000.8.9. 청구인의 명의로 소유권이전등기를 하였다가 2000.8.31. ㅇㅇ학원으로 소유권이전등기를 이행한데 대하여 처분청은 등록세를 모두 비과세하였으나, 청구인이 이건 부동산에 대한 소유권이전등기를 이행할 당시 청구인은 이건 유치원 설립인가자가 아니었으므로 비과세 요건을 충족하지 못하였다고보아 이건 등록세를 부과하였음을 제출된 증빙자료를 통하여 확인할 수 있다. 이에 대하여 청구인은 등기이전이 지연되는 과정에서 청구인의 명의로 이건 유치원에 대한 등기를 필한 이후 바로 ㅇㅇ학원 명의로 이전등기하였고, 현재까지 계속하여 이건 부동산이 유치원으로 사용되고 있으므로 등록세 비과세 대상에 해당된다고 주장하여 이를 살펴보면, 지방세법령에서는 초·중등교육법 제4조제3항 및 같은법시행령 제6조제1항의 규정에 의거 시·도 교육감으로부터 유치원 설립인가를 받아 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기에 대하여 등록세를 비과세한다고 규정하고 있으므로 청구인의 경우와 같이 이건 유치원에 대한 등기당시 유치원설립인가가 소멸된 경우에는 등록세 등의 비과세 대상이 아니라 할 것이므로 처분청이 청구인에 대하여 등록세를 부과한 처분은 적법한 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2001. 3. 27. 행 정 자 치 부 장 관