종교용 부동산을 취득한 후 3년내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.6.16. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지 토지 2,074.2㎡(이하 “이건 토지”라 한다) 및 그 지상건축물 171.36㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)를 종교용교육회관을 신축할 목적으로 취득하여 취득세 등을 비과세 받았으나, 3년내에 사용하지 못하였으므로 이건 부동산의 취득가액(567,854,000원)을 과세표준으로 하여 비과세 받은 취득세와 등록세를 산출하고, 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아, 그 취득가액(512,627,140원)에 지방세법 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 52,367,250원, 농어촌특별세 5,236,710원, 등록세 17,035,620원, 교육세 3,407,120원, 합계 78,046,700원을 2000.7.14. 신고납부하자 같은날 이를 수납하여 징수결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 종교법인으로서 1997.6.16.에 종교용집회용도의ㅇㅇ회관을 건립할 목적으로 이건 부동산을 취득한 후, 1997.10.15. (주)ㅇㅇ건축사사무소와 건축물 설계계약을 체결하고 (주)ㅇㅇ엔지니어링과 토목설계계약을 체결하였으나, 이건 토지와 연접된 ㅇㅇ대학교ㅇㅇ대학의 시설물 60평정도가 침범하고 있는 관계로 토지 취득전(1996.8.30.)부터 ㅇㅇ대측에 경계측량시 입회할 것을 요청하고 계속하여 구두요청을 하였음에도, ㅇㅇ대측이 무응답으로 대처함에 따라 경계측량을 하지 못하므로 인해 건축설계를 할 수 없어 부득이 청구인 자체적으로 1999.12.21. 및 2000.6.13. 2회에 걸쳐 대한지적공사에 경계측량을 신청하였고, 그 측량결과를 근거로 2000.6.16.에 ㅇㅇ대학교측에 시설물 철거요청을 하였으나, ㅇㅇ대측이 시설물 철거요구는 들어주지 않고 측량준비도 등의 확인자료를 요청하여 2000.6.28. 대한지적공사로부터 측량준비도 등은 당공사 ㅇㅇ 북구출장소에 영구보관되어 있고 이해관계인은 언제든지 열람이 가능하다는 답변을 받아 6.30.에 회신을 하였지만, 7.7. ㅇㅇ대측에서 성과도 및 측량준비도를 재요청하여 7.14.에 다시 회신을 하였음에도, 7.22.에 재요청을 하는 등 법인외부적 사유로 인하여 유예기간 경과함에 따라 이건 취득세 등을 신고납부 한 후, 2000.8.1. ㅇㅇ대측에 측량결과대로 공사를 한 후 담장 등 시설물을 복원해 주겠다는 내용의 일방적 통보를 하고 2000.10.15.에 건축설계계약을 다시 체결하고 2000.12.28.에 건축허가를 신청하여 2001.1.10.에 처분청으로부터 건축허가를 받고 같은해 2.10.에 착공을 하였는 바, 이러한 적극적인 노력에도 경계측량과 관련한 외부적 요인으로 인해 부득이 유예기간을 넘긴 것으로서, 이는 정당한 사유에 해당된다 할 것임에도, 3년내에 착공하지 않았다는 이유만으로 이건 취득세 등을 납부하게 한 것은 부당하다고 주장하면서 이건 취득세 등의 환부를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 종교용 부동산을 취득한 후 3년내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조본문 및 제1호, 제127조제1항제1호, 같은법시행령 제79조제1항제1호에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(법 제112조제2항의 규정에 의한 과세대상 제외)에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세 하지만, 취득일(등록일)로부터 3년내에 정당한 사유없이 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 비과세한 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있고, 지방세법 제112조제2항제6호 및 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호에서 법인이 토지를 취득한 날부터 3년내에 정당한 사유없이 목적사업에 직접 사용하지 아니하는 토지는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세 하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 종교집회용 건축물을 신축하기 위하여 1997.6.16.에 이건 부동산을 취득한 후 1997.10.15. (주)ㅇㅇ건축사사무소와 (주)ㅇㅇ엔지니어링에 건축설계 및 토목설계계약을 체결하였다가 이건 토지의 경계에 ㅇㅇ대학교ㅇㅇ대학의 시설물 60평정도가 침범되어 있어 건축설계를 하지 못하고, 이를 해결하기 위하여 ㅇㅇ대측에 경계측량 입회요청을 하였으나 이에 응하지 않자, 청구인 자체적으로ㅇㅇ에 경계측량을 의뢰하여 1999.12.21. 및 2000.6.13.에 2회에 걸쳐 경계측량을 실시하였으며, 그 결과를 근거로 2000.6.16. ㅇㅇ대측에 시설물 철거를 요청한 데 대하여 ㅇㅇ대측의 3회에 걸친 측량준비도 등 확인자료의 요구와 그에 대한 회신을 주고 받는 과정에서 유예기간이 경과되자 청구인은 이건 취득세 등을 신고납부한 후, 2000.8.1. ㅇㅇ대측에 측량결과대로 공사를 하고 담장 등 시설물을 복원해 주겠다는 내용을 통보한 후 2001.1.10.에 처분청으로부터 건축허가를 받아 유예기간(3년)에서 7개월 26일이 경과한 2001.2.10.에 착공한 사실을 관계자료에서 알 수 있다. 살피건대, 위 관계법령에서의 『정당한 사유』라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 나아가 그 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 그 해당법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 이를 고유업무에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 그 장애정도, 당해법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(같은 취지의 대법원 판결 1995.12.8. 95누 5257)인데, 위의 사실관계에 의하면, 비록 청구인이 비영리법인이고 이건 토지의 경계를 침범하고 있는 학교법인 ㅇㅇ대학교가 시설물철거 요구를 들어주지 않았을 뿐만 아니라 경계측량시 입회요청 조차도 들어주지 않는 등의 비협조로 인하여 이건 토지의 사용에 장애사유가 되었던 점은 일부 인정이 된다 할 것이나, 경계측량은 청구인이 보다 적극적으로 노력 하였다면 빠른 기간내에 충분히 할 수 있었던 사안이라 할 것임에도, 단지 ㅇㅇ대측이 경계측량 입회에 응하지 않는다는 이유로 토지취득일부터 2년 6개월 및 3년이 다된 시점에서야 경계측량을 하였음은 적극적인 노력을 다하였다고 볼 수 없고, 또한 이의신청시 청구인이 제출한 1999.10.30.자 청구인의 위원회의사록(제3차)을 보면, 이건 ㅇㅇ회관 신축공사를 연기한 것이 ① IMF사태로 인한 자금사정, ② 종단분규에 따른 “퇴거명령등 가처분신청이ㅇㅇ지방법원ㅇㅇ지원에 제출되어 있으며, ③ (재)이사겸 이사장 집무집행정지 가처분신청서가ㅇㅇ지방법원에 계류중으로 법인인감도 사용할 수 없는 상태로서 건축허가도 받지 못하고 있기 때문에 불가피하게 신축공사를 연기한 데 그 요인이 있음을 알 수 있는 바, 청구인이 자금사정 등 법인내부적인 사유로 인하여 이건 부동산을 3년내에 사용하지 못하고 취득일부터 3년 7개월 26일이 경과한 2001.2.10.에서야 건축공사를 착공하였음은 정당한 사유에 해당된다고 볼 수 없다 하겠으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 3. 27. 행 정 자 치 부 장 관