법인이 건축물을 취득하는 과정에서 발생하는 건설자금이자의 과세대상 범위와 과세비율이 적정한지에 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2001.11.1. 청구인에게 부과고지한 취득세 1,894,141,270원, 농어촌특별세 173,629,610원, 등록세 757,656,500원, 교육세 138,903,680원, 합계 2,964,331,060원(가산세 포함)을 취득세 1,832,190,430원, 농어촌특별세 167,950,780원, 등록세 732,876,170원, 교육세 134,360,630원, 합계 2,867,378,010원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1998.6.25 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 일대에 ㅇㅇ원자력 3호기 발전용 건축물과 1999.11.20. 4호기 발전용 건축물(이하 “이건 건축물”이라 한다)을 취득한 후 취득세 및 등록세 등을 신고납부하였으나, 세무조사과정에서 신고 누락된 건설자금이자 78,922,553,460원을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 1,894,141,270원, 농어촌특별세 173,629,610원, 등록세 757,656,500원, 교육세 138,903,680원, 합계 2,964,331,060원 (가산세 포함)을 2000.11.1. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 전력자원의 개발과 발전·송전·배전 및 이와 관련되는 사업을 목적사업으로 하는 상장법인으로서 건설자금이자에 대한 과세산정에 있어서 첫째, 고정자산의 건설에 소요되었는지의 여부가 불분명한 차입금(이하 “일반차입금”이라 한다)은 법인세법 제28조제1항제3호의 규정에서 건설자금이자의 범위에서 제외하도록 규정하고 있으므로 과세대상은 건축물 건설과 직접 관련하여 개별적으로 차입된 자금(이하 “특정차입금”이라 한다) 이자에 국한되어야 마땅한 것이고, 청구인이 일반차입금이자를 자본적지출로 계상한 것은 기업회계기준에 따른 것으로 취득세 과세대상이 되는 건설자금이자라고 스스로 인정하여 기장한 것은 아닐 뿐 아니라 법인세 세무조정계산시 실수로 일반차입금이자에 대해 손금처리 하지 아니한 것이며, 둘째 간접공사비는 직접공사비에 종속되는 것으로 간접공사비(건설자금이자 포함)의 과세비율은 직접공사비의 과세비율과 동일하여야 하고 서로 다른 과세비율을 적용할 수는 없다 할 것이므로 3,4호기 발전용 건축물의 전체과세대상비율 22.948010%를 적용하여야 한다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 법인이 건축물을 취득하는 과정에서 발생하는 건설자금이자의 과세대상 범위와 과세비율이 적정한지에 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구지방세법시행령 제82조의3제1항(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 이전의 것)에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용 [소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 법인세법제16조제11호(1998.12.28. 법률 제5581호로 전문개정되기 이전의 것)의 규정에 의한 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(···)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다라고 규정하고 있으며, 법인세법 제28조제1항제3호에서 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업년도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정되어 있고, 같은법시행령 제52조제1항에서 건설자금에 충당한 차입금의 이자라 함은 그 명목여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입·제작 또는 건설(···)에 소요되는 차입금(고정자산에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구법인은 1998. 6. 25 이건 건축물중 3호기 발전용 건축물이 준공되었고, 이어 1999. 11. 20 제4호기 발전용 건축물이 준공된 사실이 처분청의 건축물사용승인서에서 확인되고 있고, 이와 관련한 취득세 등에 대하여는 1998. 7. 25(3호기), 1998. 11. 21(3호기 수정신고), 1999. 10. 29(3호기 최종수정신고), 1999. 12. 20(4호기) 각각 신고 납부하였음을 제출된 관련자료에서 확인할 수 있다. 이에 대하여 보면, 청구인은 일반차입금에 대한 건설자금이자는 취득세 과세대상이 아니라고 주장하고 있으나, 지방세법시행령 제82조의3제1항의 규정에 의거 취득세의 과세표준을 정함에 있어서는 과세대상 물건을 취득함에 따른 직접적인 비용은 물론 취득에 소요되는 간접비용도 포함되는 것이라고 하겠으므로, 부동산의 취득을 위한 건설자금이자에 있어서는 고정자산에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외하고는 그 취득을 위하여 간접적으로 투자된 간접비용으로 보아 취득세의 과세표준에 포함하는 것이라 하겠는 바, 청구인의 경우 일반차입금에 대한 건설자금이자를 이건 건축물에 소요된 자본적 지출로 보아 그 원본에 가산한 사실이 제출된 이건 건축물의 정산보고서 및 금융비용 자본화 안분계산내역서에서 확인되고 있고, 또한 청구인이 국세청에 질의한 건설자금이자에 대한 회신(국세청 법인 46012-382, 1998. 2. 16)에서도 ‘법인이 사업용 고정자산의 건설에 사용할 목적으로 차입한 자금을 일반운영자금과 혼합하여 관리하는 경우에도 당해 차입금중 운영자금으로 사용되었음이 명백히 확인되는 금액을 제외하고는 당해 차입금을 고정자산의 건설에 사용된 것이 분명한 것으로 보아 당해 차입금에 대한 지급이자를 건설자금이자 계산대상에 포함하는 것’이라고 한 점과 더구나 청구인이 1998년과 1999년도분의 사업소득에 대한 법인세를 납부할 때에도 일반차입금에 대한 건설자금이자를 손금에 산입하지 아니한 사실이 법인세 과세표준및세액조정계산서와 소득금액조정합계표에서 확인되고 있을 뿐 아니라 청구인의 주장대로 법인세 세무조정계산시 실수로 손금처리하지 아니하였다면, 국세기본법 제45조의 규정에 의거 과세표준신고서를 제출한 자는 법정신고기간 경과 후 1년이내에 최초로 신고한 과세표준 및 세액의 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있음에도 이러한 경정청구를 하지 아니한 점등을 미루어 보면, 건설자금에 충당한 차입금이자는 소득금액계산에 있어서 이를 손금으로 산입하지 아니 하도록 규정한 법인세법시행령 제28조제1항제3호에 따라 손금처리 하지 아니한 것으로 볼 수 있는 바, 이러한 사정등을 종합(같은 취지의 행정자치부 심사결정 제99-698호, 1999.12.22)해 볼 때, 위의 자본화된 금융비용은 당해 재산의 건설에 소요되었는지 여부가 분명하지 아니한 차입금에 대한 이자라고 할 수 없다 하겠다. 그러나, 건설자금이자의 기납과세표준 산정시 과세대상비율을 적용함에 있어 3호기와 4호기의 간접공사비 과세대상비율을 22.948010%로 동일하게 적용하여야 하나, 이를 22.302040%(3호기)와 26.849577%(4호기)로 간접공사비 과세표준을 달리 적용한 점은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 4. 30 행 정 자 치 부 장 관