법인이 교환취득한 토지의 사실상 취득가액을 법인장부가액으로 보아 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2000.8.10. 청구인에게 부과 고지한취득세 592,680원, 농어촌특별세 54,320원, 등록세 889,020원, 교육세 162,980원, 합계 1,699,000원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1996.1.5. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 토지 210㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후, 취득가액을 4,305,000원으로 하여 취득세 등을 신고납부하였으나, 2000.6.20. 실시한 청구인의 세무조사에서 법인장부상 이건 토지의 취득가액이 29,000,000원인 사실을 확인하고, 그 차액(24,695,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 592,680원, 농어촌특별세 54,320원, 등록세 889,020원, 교육세 162,980원, 합계 1,699,000원(가산세 포함)을 2000.8.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1995.7.18.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동 소재에 설립한 중소기업으로서, 1997.3.24.에 이건 토지 소재지로 이전하기 위하여 공장부지를 조성하던중 토지 형태상 굴곡이 심하여 청구인 토지(같은리ㅇㅇ번지 전 143㎡)일부와 연접된 청구외 ㅇㅇㅇ외 2인 소유의 임야 일부(이건 토지)를 상호 교환하기로 하여 자금의 이동없이 청구인은 1997.7.15.에 토지거래계약허가를 받아 1997.9.10.에 소유권 이전등기를 한 후, 토지거래계약허가서상의 예정금액(4,305,000원)을 과세표준으로 하여 취득신고를 하였고, ㅇㅇㅇ외 2인은ㅇㅇ지역 거주자로서 농지취득 자격문제로 이전등기를 하지 못한 실정으로서, 처분청이 2000.6.20. 청구인의 세무조사시 법인장부(토지계정명세서)에 1996.1.5. 공장부지 매입금액으로 지출된 29,000,000원을 이건 토지의 취득금액으로 1996.12.31.에 환입한 29,000,000원을 교환 토지의 대가로 반환 받은 것으로 판단하여 이건 토지의 취득가격을 29,000,000원으로 보아 이건 취득세 등을 추징하였으나, 1996.15.에 지출된 공장부지매입금 29,000,000원은 당초 공장설립을 구상하던 1996.1월 초순에 부동산중개인의 소개로ㅇㅇ시ㅇㅇ지역의 토지를 매입하고자 상담하던 중에 가지급되었던 것이나, 1996.5.20.ㅇㅇ신용금고의 공매토지(이건 토지 소재지역)를 매입하게 되어ㅇㅇ지역의 토지매입 상담을 취소하고 1996.12.31.에 환입조치한 것으로서, 이건 토지의 취득과는 아무런 관련이 없는데도, 세무조사공무원이 일방적으로 잘못 판단하고 작성한 토지계정명세서에 의하여 이건 취득세 등을 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 법인이 교환취득한 토지의 사실상 취득가액을 법인장부가액으로 보아 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제111조제1항 및 제5항제3호, 제130조제1항 및 제3항에서 취득세와 등록세의 과세표준은 취득·등기 당시의 가액으로 하되, 판결문, 법인장부 등에 의하여 사실상의 취득가액이 입증되는 경우에는 그 사실상의 취득가격으로 하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 이건 토지를 청구인 소유토지와 교환하여 공장부지로 사용하고자 1996.8.7.에 전소유자로부터 토지사용동의를 받고 1997.7.15.에 처분청으로부터 토지거래계약허가를 받아 1997.9.10.에 이전등기를 한 후, 토지거래계약허가서에 기재된 예정금액(4,305,000원)을 취득가액으로 하여 1997.12.10. 취득세 등을 납부하였고, 처분청은 2000.6.20. 청구인의 세무조사에서 청구인의 법인장부(토지계정명세서)에 1996.1.5. 공장부지매입(이건 토지)금액으로 29,000,000원을 지출하였다가 1996.12.31.에 다시 공장부지매입(교환 토지) 반환금으로 29,000,000원을 환입한 사실을 확인하고, 이건 토지의 가액을 29,000,000원으로 보아, 토지계정명세서를 작성하여 이를 근거로 이건 취득세 등을 부과 고지하였음을 관계자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 1996.1.5.에 가지급한 29,000,000원은 1996.1월 초순에 공장부지를 매입하기 위하여 부동산중개인의 소개로ㅇㅇ시ㅇㅇ지역의 토지를 상담하는 과정에서 가지급되었던 자금으로서 그 매입을 포기하게 되어 1996.12.31.에 다시 환입조치한 것으로서, 1997.9.10.에 교환취득한 이건 토지와는 아무런 관계이 없는 것이라고 주장하면서 그 입증자료로 부동산매매계약서, 법인장부(1997년도결산서, 토지계정명세서 및 계정별원장, 대체전표), 토지거래허가증 등을 제출하였고, 처분청은 2000.6.20. 세무조사시 세무공무원이 작성한 토지계정명세서 및 추징세액산출내역서를 제출하였으므로, 이를 살펴보면, 청구인이 제출한 자료에서 법인장부상 1996.1.5.에 공장부지매입금으로 지출된 29,000,000원이 이건 토지의 매입금액임을 확인할 수 있는 자료를 찾아 볼 수 없으므로, 그 금액이 이건 토지의 취득금액임을 처분청이 입증하여야 할 것이나, 세무조사시 세무공무원이 작성한 토지계정명세서 외에는 달리 입증자료가 없으므로, 비록 청구인의 법인장부상 1996.1.5.에 공장부지매입금으로 29,000,000원을 지출한 후 1996.8.7.에 이건 토지의 전소유자로부터토지사용동의를 받아 공장부지로 사용하였고, 1996.12.31.에 다시 공장부지매입금 29,000,000원을 환입조치한 정황으로 미루어 볼 때, 청구인과 ㅇㅇㅇ외 2인이 토지를 상호 교환하면서 그 가액을 29,000,000원으로 하여 청구인이 먼저 대금을 지급하였다가 다시 반환 받은 것으로는 보여진다 하겠으나, 그에 대한 명백한 입증자료를 처분청이 제시하지 못하고 있는 이상, 이건 토지의 취득가액을 29,000,000원으로 단정할 수는 없는 것이라 하겠으므로, 처분청이 명백한 입증자료를 확보함이 없이 이건 토지의 취득가액을 29,000,000원으로 보아 이건 취득세 등을 추징고지한 처분은 잘못이 있는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 3. 27. 행 정 자 치 부 장 관