사회간접자본시설사업을 영위하여 법인설립을 한 후 자본금 증자등기를 할 당시 사업시행자로 지정을 받지는 않은 상태인 경우 그 자본금 증자등기가 중과세대상에 해당하는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2000.12.12. 청구인에게 부과고지한 등록세 9,600,000원, 교육세 1,760,000원, 합계 11,360,000원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.5.16. ㅇㅇ시내에서 법인을 설립한 후 같은해 9.22. 자본금 증자등기를 하면서 일반세율로 등록세를 신고납부하였으나, 증자 당시 사회간접자본시설 사업시행자로 지정을 받지 않은 상태이므로 등록세 중과세 제외대상인 사회간접자본시설사업에 해당되지 않는데도 일반세율을 적용하여 등록세 등을 신고납부한 것을 잘못이라고 보아, 그 증자금액(1,000,000,000원)에 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 9,600,000원, 교육세 1,760,000원, 합계 11,360,000원(가산세 포함)을 2000.12.12. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인의 법인설립을 하기 이전에 이미 민자유치대상사업으로 선정되고, 민자유치시설기본계획이 고시된 ㅇㅇ고속도로 건설 및 운영사업의 사업시행자로 지정받기 위해, 9개법인이 발기인이 되어 사회간접자본시설에대한민간투자법에 의한 청구법인을 설립하고, 법인설립후 청구인은 건설교통부장관에게 사업계획서를 제출하여 2000.12.14. 사업시행자로 지정받은 상태로서, 등록세 중과세 제외대상인 사회간접자본시설사업을 영위하는 법인인 사실이 명백하며, 지방세법시행령제102조제1항제3호에서 사회간접자본시설 사업시행자로 지정을 받은 경우에만 중과세대상에서 제외한다고 규정하고 있지 않음에도 불구하고, 처분청이 증자등기 당시 사업시행자로 지정을 받지 않았다는 사유로 등록세 중과세 제외대상에 해당되지 않는다고 보아 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 사회간접자본시설사업을 영위하여 법인설립을 한 후 자본금 증자등기를 할 당시 사업시행자로 지정을 받지는 않은 상태인 경우 그 자본금 증자등기가 중과세대상에 해당하는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저관계법령을 보면,지방세법 제138조제1항 본문 및 제1호, 지방세법시행령 제101조제1항제3호 및 제102조제1항에서 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역(산업단지 제외)내에서의 법인의 설립(설립후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우 포함)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기에 대하여는 등록세를 중과세하지만, 사회간접자본시설에대한민간자본유치촉진법 제2조의 규정에 의한 사회간접자본시설사업(동법 제2조제2호 및 제3호의 규정에 의한 시설사업에 한하되, 그 부대사업을 포함한다)에 대하여는 중과세제외업종으로 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구외 (주)ㅇㅇ건설은 1999.3.30. 건설교통부장관으로부터 ㅇㅇ고속도로 조건부우선협상대상자로 선정받았고, 그후 (주)ㅇㅇ건설외 8개법인이 발기인이 되어 2000.5.16. 청구인을 설립하였고, 청구인은 같은해 9.22. 자본금을 당초 12억원에서 22억원으로 증자하고, 2000.12.14. “민간투자시설사업 실시협약 체결 및 사업시행자지정” 통보를 받았으며, 청구인은 목적사업으로 “도로의 건설, 관리 및 운영에 관한 사업 등”을 법인등기부에 등기하고 있음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있으며, 처분청은 자본금 증자등기 당시 사회간접자본시설사업시행자로 지정을 받지 못한 상태이므로 등록세 중과세 대상으로 보아 이건 부과처분을 하였음을 알 수 있다. 이에 대하여 보면, 지방세법시행령 제101조제1항제3호에서 등록세 중과제외 업종으로 “사회간접자본시설에대한민간자본유치촉진법 제2조의 규정에 의한 사회간접자본시설사업(동법 제2조제2호 및 제3호의 규정에 의한 시설사업에 한하되, 그 부대사업을 포함)”을 등록세 중과제외 업종으로 규정하고 있을 뿐, 사업시행자로 지정된 경우이어야만 등록세 중과세 대상에서 제외될 수 있다고 규정하고 있지 않을 뿐만 아니라, 청구인의 경우 청구외 (주)ㅇㅇ건설이 민간투자유치시설사업으로 고시된 ㅇㅇ도로사업과 관련하여 우선협상대상자로 선정되어 협상이 진행중인 상태에서 별도로 청구인을 설립하여 이러한 사업을 추진토록 함으로써 법인설립 및 증자등기이후인 2000.12.14.에서야 사업시행자로 지정을 받게 된 것으로서, 청구인은 사회간접자본시설사업인 ㅇㅇ고속도로사업을 영위하는 법인에 해당되는 사실이 명백히 입증되고 있고, 이렇게 법인을 설립하여 사회간접자본시설사업을 추진하는 과정에서 자본금 증자당시 사업시행자로 지정을 받지 않은 상태라는 사유만으로 등록세를 중과세하는 것은 사회간접자본시설사업에 등록세 중과세 대상에서 제외하는 입법취지에 비추어 볼 때에도 불합리하다 하겠으므로, 처분청이 청구인의 자본금 증자에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 2. 27. 행 정 자 치 부 장 관