이건 부동산의 경우 개정된 조세특례제한법을 적용하여 취득세 등을 감면받을 수 있는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2000.8.29. 청구인으로부터 수납하여 징수결정한 등록세 8,400,000원, 교육세 1,680,000원, 합계 10,080,000원을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 1999.3.19. 농어촌지역에서 창업한 중소기업인 청구인이 2000.8.29. 농어촌이외의 지역인 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 공장용지 2,365.2㎡와 그 지상건축물 491.78㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)을 취득한 후 같은날 이건 부동산의 취득가액(280,000,000원)에 지방세법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 등록세 8,400,000원, 교육세 1,680,000원, 합계 10,080,000원을 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 신고납부한 등록세 등의 환부를 구하면서 그 이유로, 청구인들이 농어촌지역에서 창업하여 중소기업을 운영하던 중 특허받은 기술을 기업화하기 위해 사업확장 목적으로 2000.8.29. 이건 부동산을 경락 취득한 것으로서 농어촌지역에서 창업후 2년이내에 이건 부동산을 취득한 이상 구조세특례제한법(1999.8.31. 법률 제5996호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의한 취득세 등의 감면대상에도 해당되는데도 처분청이 농어촌지역이외의 지역에 위치한 부동산을 취득하였으므로 감면대상에 해당되지 않는다고 보아 감면하지 않은 것은 부당하며, 1999.8.31. 개정된 조세특례제한법에서는 농어촌지역이외의 지역에서 창업할 경우 기술집약형 중소기업이어야 한다는 규정을 삭제하여 창업의 범위를 확대하였으므로 개정된 법률을 적용하면 농어촌지역이외의 부동산을 취득하였다 하더라도 감면대상에 해당됨이 명백한데도, 처분청이 이건 부동산에 대하여 등록세를 신고납부토록 한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 이건 부동산의 경우 개정된 조세특례제한법을 적용하여 취득세 등을 감면받을 수 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저,관계법령을 보면, 구조세특례제한법(1999.8.31. 법률 제5995호로 개정되기 이전의 것) 제6조제1항, 제119조제3항 및 제120조제3항에서 농어촌지역에서 창업한 중소기업이 창업일로부터 2년이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세와 등록세를 100분의75 경감한다고 규정하였고, 1999.8.31. 조세특례제한법 개정시 감면대상을 수도권이외의 지역에서 창업한 중소기업으로 확대하고, 감면비율을 전액 면제토록 개정하였으며, 그 개정법률 부칙 제2조제1항(세액감면에 관한 적용례)에서 제6조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 창업하는 분부터 적용한다고 규정하고 있고, 부칙 제10조(지방세에 관한 적용례)에서 제119조 내지 제121조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 1999.3.19. 이화학실험기기 제조업 등을 목적사업으로 하여 농어촌지역인 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지에서 법인을 설립하여 사업을 영위하다가 ㅇㅇ의 공매에 참가하여 2000.8.29. 이건 부동산을 취득하고 같은날 소유권 이전등기를 하면서 등록세를 신고납부하자 이를 징수결정하였으며, 처분청은 농어촌지역에서 창업하여 농어촌이외의 지역에 소재한 부동산을 취득하였고 구조세특례제한법상의 감면대상에도 해당되지 않고, 조세특례제한법이 개정되기 이전에 창업하였으므로 개정된 조세특례제한법의 적용대상에 해당되지 않는다고 보아 청구인이 취득 등기한 이건 부동산에 대하여 등록세를 감면하지 않았음을 제출된 증빙자료를 통하여 확인할 수 있다. 이에 대하여 보면, 청구인은 1998.8.31. 조세특례제한법이 개정되면서 개정된 법률 부칙 제10조에서 “제119조 내지 제121조의 개정 규정은 법 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용”하도록 규정하고 있으므로 지방세의 감면에 관한 규정은 창업일이 아니라 부동산의 취득일을 기준으로 적용하여야 할 것인 바, 청구인의 경우 2000.8.29. 이건 부동산을 취득하였고, 취득당시의 조세특례제한법을 적용할 경우 감면대상에 해당됨이 분명한 이상 이건 부동산에 대하여 등록세 등을 면제함이 타당하다 하겠다.(같은 취지의 행정자치부 심사결정 제2000-894호, 2000.12.26.) 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 2. 27. 행 정 자 치 부 장 관