등기당시 공부상지목은 답이고, 종합토지세 과세대장상 현황지목이 공장용지인 경우 공장용지로 보아 등록세 등을 추징한 것이 적법한지 여부(취소)

[주 문] 처분청에서 2000.7.7. 부과고지한 등록세 6,317,960원, 교육세 1,158,280원, 합계 7,476,240원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.7.20. ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 1필지 토지 995㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득·등기하면서 지방세법 제131조제1항제3호1목의 규정에 의한 세율(10/1000)을 적용하여 등록세 등을 납부하였으나, 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 공장용지인 사실을 확인하고 그 취득가액(263,248,800원)에 지방세법 제131조제1항제3호2목의 세율(30/1000)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 6,317,960원, 교육세 1,158,280원, 합계 7,476,240원(가산세 포함)을 2000.7.7. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 등기당시 사실상 지목이 농지인 이건 토지에서 농작물을 경작하였으며, 처분청도 주택건설사업승인시 농지로 인정하여 대체농지조성비 및 농지전용부담금을 부과하여 이를 납부하였고, 개별공시지가 산정시 토지의 이용현황을 전으로 조사 기록한 것 등을 종합할 때, 등기당시의 지목은 농지가 분명함에도 종합토지세 과세대장상의 지목이 공장용지라 하여 등록세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 등기당시 공부상지목은 답이고, 종합토지세 과세대장상 현황지목이 공장용지인 경우 공장용지로 보아 등록세 등을 추징한 것이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제131조제1항에서 부동산에 대한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다고 규정한 다음 제3호에서 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득 (1)농지: 부동산가액의 10/1000 (2)기타: 부동산가액의 30/1000 이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제89조제2항에서 법 제131조제1항에서 농지라 함은 등기당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 전·답·과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제194조의17제1항에서 종합토지세의 과세대장토지가 공부상 등재 현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상의 현황에 의하여 종합토지세를 부과한다라고 규정하고 있다. 청구인의 경우를 보면, 청구인이 1999.7.20. 취득·등기한 이건 토지는 공부상 지목이 답으로 등재되어 있고, 1998년도 종합토지세 과세대장에는 현황지목이 공장용지로 등재되어 있는 사실을 관계자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이건 토지는 등기당시의 지목이 농지가 분명함에도 종합토지세 과세대장상의 지목이 공장용지라 하여 등록세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있는 점에 대하여 보면, 지방세법 제131조제1항제3호 및 같은법시행령 제89조제2항에서 부동산등기에 대한 세율을 적용하면서 농지의 경우에는 등기당시의 종합토지세 과세대장상의 지목이 전·답·과수원 또는 목장용지의 토지를 말한다라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제194조의17제1항에서 종합토지세의 과세대장상의 등재현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 사실상의 현황에 의하도록 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 이건 토지는 1998년도 종합토지세 과세대장상에는 현황지목이 공장용지로 되어 있으나, 청구인이 주택건설사업승인신청을 위한 선행조치로써 처분청에 1999.11.26.대체농지조성비 및 농지전용부담금을 납부한 사실과 청구인이 제출한 경작확인서등을 볼 때, 공장용지로 보기에는 무리가 있다 하겠고, 또한 개별공시지가 산정을 위한 1998년과 1999년도 토지특성조사표에서도 토지이용상황이 "전"으로 기록되어 있는 사실 등을 종합해 보면 처분청에서 이건 토지를 지방세법 제131조제1항제3호2목의 규정을 적용하여 등록세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 1. 30. 행 정 자 치 부 장 관