종교단체가 교회신축용 토지를 취득한 후 유예기간내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2000.5.10. 청구인에게 부과 고지한 취득세 82,234,400원, 농어촌특별세 7,538,140원, 등록세 16,446,870원, 교육세 3,015,250원, 합계 109,234,660원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1995.8.7. 교회를 신축하기 위하여 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 산 ㅇㅇ번지외 3필지 임야 12,664㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후 3년내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로, 비과세된 취득세 등의 추징대상 및 법인의 비업무용 토지에 해당된다고 보아 그 취득가액(534,295,800원)에 구지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 82,234,400원, 농어촌특별세 7,538,140원, 등록세 16,446,870원, 교육세 3,015,250원, 합계 109,234,660원(가산세 포함)을 2000.5.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 종교를 목적으로 하는 비영리사업자로서 교회를 신축하기 위하여 1995.8.7. 이건 토지를 취득한 후 1995.10.26. 성전건축설계 공모를 하여 1996.1.12. ㅇㅇ사무소 대표 ㅇㅇㅇ와 설계용역계약을 체결한 후 이건 토지상의 분묘 12기를 이장하기 위하여 연고자와 협의를 진행하면서 분묘개장 공고 허가를 받고 1996.9.4과 1996.10.26 ㅇㅇ일보 등에 신문공고를 한 후 1997.5.25. 분묘 9기를 이장하고 무연분묘 3기는 1999.5.1. 청구인 소유토지에 가이장 하였으며, 한편 1996.1.12. ㅇㅇ사무소와 건축설계용역 계약을 체결하면서 선급금(36,000,000원)까지 지급하고 1996.12.10.에 설계도를 납품받기로 하였으나, 건축사무소의 사정(직원 퇴직, 자금사정 등)으로 청구인이 원하는 날짜에 설계가 이루어지지 않자 우선 가설계도를 작성하여 1997.7.30. 처분청에 건축심의 신청을 하였고, 이에 처분청은 토지형질변경 및 기타 관련법규 절차를 선이행한 후 재심의 신청을 하도록 하였다가 건축법시행령의 개정으로 건축심의 대상 건축물에서 제외되므로 1997.9.18. 막바로 건축허가 신청을 하도록 함에 따라 1997.11.10. 건축허가 신청을 하여 2차례의 설계변경절차를 거쳐 1997.12.27. 건축허가를 받았으나, 시공업자 및 감리자 선정 문제와 자금사정 등으로 부득이 1998.8.13. 착공신고를 한 후 건축공사를 착공하였을 뿐만 아니라, 성실히 건축공사를 시행하여 현재 91%의 공정을 보이는 등 정상적인 노력을 다하고 있는데도 비과세된 취득세와 등록세를 추징하고 비업무용 토지로 취득세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 종교단체가 교회신축용 토지를 취득한 후 유예기간내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구지방세법 제107조본문 및 제1호, 제127조제1항제1호, 같은법시행령 제79조제1항제1호에서 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(법 제112조제2항의 규정에 의한 과세대상 제외)에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세 하지만, 취득일(등기일)로부터 3년내에 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 비과세한 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있고, 구지방세법 제112조제2항, 구지방세법시행령(1998.7.16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것) 제84조의4제1항제1호 본문 및 라목에서 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(제79조의 규정에 의한 비영리사업자가 취득한 토지는 3년)내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세 하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 종교를 목적으로 하는 법인으로서 교회를 신축할 목적으로 1995.8.7. 이건 토지를 취득한 후 1996.1.12. ㅇㅇ사무소 대표 ㅇㅇㅇ와 건축설계계약을 체결하고, 이건 토지상의 분묘 12기를 이장하기 위하여 연고자와 협의를 진행하면서 1996.8.16. 분묘개장공고 허가를 받아 1996.9.4과 1996.10.26 ㅇㅇ일보 등에 신문공고를 한 후 1997.5.25. 분묘 8기를 이장하고 무연분묘 3기는 1999.5.1. 청구인 소유토지에 가이장 하였으며, 한편 건축설계사무와 설계용역 계약을 체결하면서 선급금(36,000,000원)까지 지급하고 1996.12.10. 설계도를 납품받기로 하였으나, 건축사무소의 사정으로 기간내 설계가 이루어지지 않자 우선 가설계서를 작성하여 1997.7.30. 처분청에 건축심의 신청을 하였고, 이에 처분청은 토지형질변경 및 기타 관련법규 절차를 선이행 하고 재심의 신청을 하도록 하였다가 건축법시행령의 개정으로 건축심의 대상 건축물에서 제외되므로 1997.9.18. 청구인에게 막바로 건축허가 신청을 하도록 하자 1997.11.10. 건축허가 신청을 한 후 2차례의 보완절차를 거쳐 1997.12.27. 건축허가를 받았으나, 시공업자 및 감리자 선정 문제와 자금사정 등으로 즉시 착공을 하지 못하고 부득이 1998.8.13. 착공신고를 한 후 건축공사를 착공한 사실과, 처분청이 건축허가 조건으로 제시한 도로개설공사를 완료하여 처분청에 기부채납 함은 물론 2000.11.22.현재 91%의 건축공정율을 보이는 등 고유업무에 사용하기 위하여 노력을 해온 사실을 알 수 있다. 이에 대하여 보면, 위의 규정에서의 『정당한 사유』라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 나아가 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 그 해당법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 이를 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 그 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(같은 취지의 대법원 판결 1995.12.8, 95누5257)인데, 위의 사실관계에 의하면 비록, 청구인과 같은 비영리법인이 건축하기 위한 준비과정에서 교회 신축에 필요한 절차를 꾸준하게 밟아 나오다가 건축허가를 받고서도 시공업자와 감리자 선정 및 자금사정 등으로 즉시 착공을 하지 못하고 유예기간 3년을 경과하여 착공하였다고 하더라도 토지의 취득에서부터 그 착공에 이르기까지의 일련의 과정을 전체적으로 살펴보면 청구인이 교회를 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다한 사실이 인정되므로 정당한 사유가 있다고 보아야 함에도 처분청이 이건 토지에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징하면서법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 1. 30. 행 정 자 치 부 장 관