토지를 취득하여 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2000.9.16. 청구인에게 부과고지한 취득세62,230,630원, 농어촌특별세 5,704,460원, 등록세 93,345,940원, 교육세 17,113,410원, 합계 178,394,440원(가산세 포함)을 취소한다

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.3.26. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ호 대지 및 건축물(이하 “이건 부동산”이라 한다)을 취득하여 지방세법 제290조 규정에 의거 취득세등을 감면받았으나, 2000.5.1. 이건 부동산의 일부를 임대한 사실을 확인하고 임대부분에 대한 취득세 62,230,630원, 농어촌특별세 5,704,460원, 등록세 93,345,940원, 교육세 17,113,410원, 합계 178,394,440원(가산세 포함)을 2000.9.16. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 취득세 등의 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 이건 부동산을 취득하여 2000.4.30.까지는 건물전체를 청구인의 청사로 사용하였으나 정부의 출연연구기관 경영혁신방안에 의거 정부지원예산이 대폭삭감됨에 따라 조직 및 인원을 감축하였고, 이에 따라 청사사용면적도 부득이하게 10개층에서 7개층으로 축소하고 3개층은 임대한 것인 바, 이와 같이 정부정책방안을 충실히 이행하는 과정에서 부득이하게 고유업무에 사용하지 못한 것은 정당한 사유가 있다고 보아야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 공공법인이 이건 토지를 취득하여 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제290조제1항제18호에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법외의 법률에 의하여 설립되거나 그 적용을 받는 학술연구단체 등이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 다만 취득일부터 1년이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 여기서 정당한 사유란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세등을 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다.(같은 취지의 대법원 판결 1996.1.26, 95누 13104 판결) 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 정부출연연구기관인 청구인이 1999.3.26. 청사로 사용할 목적으로 이건 부동산을 취득하여 취득세등을 면제하였으나, 2000.5.1. 이건 건축물의 1층, 2층, 3층을 (주)ㅇㅇ에 임대한 사실을 확인하고 감면한 취득세 등을 추징하였고, 이에 대하여 청구인은 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하여 이를 살펴보면, 공공단체에 대한취득세와 등록세 면제 및 추징에 대한 규정인 지방세법 제290조제1항을 보면, 공공단체가 부동산의 취득일부터 유예기간(1년)내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 수익사업에 사용하는 경우에 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 청구인의 경우 1999.3.26. 이건 부동산을 취득하여 유예기간내에 전체를 고유업무에 사용하였으므로 그후 일부를 임대하였다 하더라도 추징대상에 해당되지 않을 뿐만 아니라청구인은 조세제도, 조세행정 및 기타 이와 관련된 사항을 조사연구하여 국가의 조세정책수립을 지원하는 국무총리실 산하의 정부출연연구기관으로 한국조세연구원법에 의거 1992.7.13. 설립되었으며, 1999.3.26. 이건 부동산을 취득하여 청사로 사용하던 중, 정부출연연구기관 경영혁신방안에 의거 1999년도 예산이 39.6% 삭감(1998년도 대비)되었고, 조직이 2부, 3팀, 2실, 4과에서 1부 3팀 1실 4과로 축소되고, 인원도 총105명에서 80명으로 감축됨에 따라 2000.5.1. 불가피하게 사무실의 사용면적을 축소하고 임대하게 되었다는 것이며, 청구인의 이러한 주장은 제출된 증빙자료를 통하여 인정할 수 있는 바, 이와 같이 정부출연연구기관이 취득한 부동산을 약1년1개월동안 고유업무(청사)에 사용하다가 정부의 경영혁신방안에 의거 조직 및 인원이 감축됨에 따라 사용면적을 축소하고 임대한 경우라면 고유목적사업에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 12. 26. 행 정 자 치 부 장 관