취득세와 등록세 납세의무가 있는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2000.9.1.과 2000.9.29. 징수 결정한 취득세 331,420원, 농어촌특별세 33,140원, 등록세 497,140원, 교육세 99,420원, 합계 961,120원을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이1990.6.10. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지 토지 50.06㎡(이하 “이건 전체토지”라 한다)및 그 지상건축물 78.74㎡(이하 “이건 연립주택”이라 한다)를 청구외 ㅇㅇㅇ로부터 취득한 후 소유권이전등기를 하였으나, 확인 결과 이건 전체토지중 ㅇㅇ번지 토지 25.7㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 누락하여 등기하였으므로 새로이 계약서를 작성(매매대금 10,000원)하여 처분청에서 검인을 받고 그 시가표준액(16,571,360원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 331,420원, 농어촌특별세 33,140원, 등록세 497,140원, 교육세 99,420원, 합계 961,120원을 2000.9.1.과 같은해 9.29. 신고 납부(이하 “부과 고지”라 한다)함에 따라 같은날 이를 수납(징수 결정)하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1990.6.10.이건 전체토지를 청구외 ㅇㅇㅇ로부터 취득한 후 취득세와 등록세를 신고 납부하고 소유권이전등기를 하였으나, 최근 재건축을 준비하는 과정에서 법무사의 실수로 이건 전체토지중 이건 토지를 제외한 나머지 토지만 등기가 된 사실을 확인하고 이건 토지에 대한 등기를 하기 위하여 새로이 계약서를 작성(매매대금 10,000원)하여 처분청에서 검인을 받은 후 취득세 등을 신고납부한 바, 당초 이건 전체토지를 취득할 당시 이미 청구인의 취득지분 전체(50.06㎡)에 대하여 취득세 등을 신고 납부하였는데도, 종전에 과오납부된 등록세는 시효가 지났다는 이유로 환부해주지 않으면서 또다시 이건 취득세 등을 부과 고지한 것은 이중과세로서 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 당초 연립주택을 취득할 당시 그 부속토지 전체에 대하여 등록세 등을 신고 납부하였으나, 일부토지에 대한 등기가 누락되어 새로운 계약에 의거 등기를 한 경우 취득세와 등록세 납세의무가 있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제104조 제8호에서 취득이라 함은 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다고 규정하고, 같은법 제124조에서 등록세는 재산권 기타, 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1990.6.10. 이건 전체토지 및 그 지상건축물을 취득한 후 취득신고를 하고 1990.6.10. 소유권이전등기를 하는 과정에서 등록세는 전체토지 50.06㎡에 해당하는 세액을 납부하였으나, 법무사의 실수로 등기부에는 이건 토지를 제외한 나머지 토지만 등기가 된 사실을 발견하고, 2000.8.10. 매매대금을 10,000원으로 하는 부동산 매매계약서를 다시 작성하고 2000.9.1. 처분청으로부터 계약서에 검인을 받은 후 취득신고를 하였으나, 처분청은 청구인이 신고한 가격이 시가표준액에 미달된다는 이유로 시가표준액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 납부서를 발부하였음을 알 수 있다. 이에 대하여 보면, 청구인은 1990.6.10. 이건 전체토지중 이건 토지를 제외한 나머지 토지에 대해서만 이전등기를 하였으나, 그 당시 등기서류에 첨부한 등록세 계산을 위한 부동산시가표준액 명세서에 의하면 청구인이 취득한 전체토지 50.06㎡에 대한 등록세를 신고 납부한 사실이 입증되고, 그 이후 매년 전체토지에 대한 종합토지세를 납부해온 사실을 보면, 청구인은 이건 토지도 1990.6.10. 취득하였다고 보아야 하므로, 처분청이 취득세를 부과하기 위하여는 그 신고 납부기간(30일)을 경과한 다음날(1990.7.11)부터 부과제척기간(5년) 내에 취득세를 부과 고지하여야 함에도 그 날로부터 5년이 경과하여 이건 취득세를 부과 고지한잘못이 있고, 등록세의 경우 1990.6.10. 소유권이전 등기시 전체토지 50.06㎡에 해당하는 등록세를 이미 납부한 사실이 확인되고 있으므로 그 후에법무사의 실수로 이건 전체토지중 25.7㎡에 대한 등기가 누락된 사실을 발견하고 이를 바로잡기 위하여 누락된 이건 토지에 대한 등기를 이행한다고 하여 또다시 등록세를 부과할 수 없는 것이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 12. 26. 행 정 자 치 부 장 관