등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 1999.12.28. 청구인으로부터 수납하여 징수결정한 등록세 479,880,000원, 교육세 95,976,000원, 합계 575,856,000원을 등록세 중과제외업종인 고속엘리베이터업종에 공여되는 유형자산가액과 그외의 업종에 공여되는 유형자산가액에 따라 안분한 세액으로 재조사 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.11.22. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ가 ㅇㅇ번지를 본점소재지로 하여 법인설립등기를 한 후, 같은해 12.24. 증자등기를 하면서 증자금액(39,990,000,000원)에 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 479,880,000원, 교육세 95,976,000원, 합계 575,856,000원을 1999.12.28. 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 부과처분의 경정을 구하면서 그 이유로, 청구인은 외국법인이 80.1%를, (주)ㅇㅇ전자가 19.9%를 투자하여 설립된 법인으로서, (주)ㅇㅇ산전으로부터 엘리베이터, 에스컬레이트, 전동기, 주차설비 등을 포괄 양수받아 이를 목적사업으로 하고 있으며, 법인등기부상 목적사업으로 등록세 중과제외업종과 중과대상업종을 겸업하고 있는 경우 지방세법상 사업용 재산에 대하여는 중과부분과 중과제외부분을 안분하여 과세하도록 규정하고 있으나, 자본등기에 관하여는 아무런 규정이 없어 안분할 수 없다 하겠으므로 중과제외업종을 법인등기부상 목적사업으로 하고 있다면 모두 중과대상에서 제외하는 것이 합리적이라 하겠으며, 설령 중과세를 한다 하더라도 중과제외업종과 중과대상업종과 관련한 매출액이나 업종별 부동산 사용면적비율에 따라 중과세를 안분하는 것이 합리적이라 하겠고, 청구인의 경우 신설법인이므로 직전사업년도의 매출액이 없기 때문에 업종별 부동산 사용면적비율을 기준으로 안분하는 것이 타당하다 할 것인데도, 처분청이 자본금 증자등기에 대하여 전체 증자금액을 과세표준으로 하여 중과세율로 계산한 등록세를 신고납부토록 한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 등록세 중과제외업종과 중과대상업종을 겸업하고 있는 경우 자본금 증자등기 전체에 대하여 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제138조제1항제1호에서 대도시내에서 법인의 설립(설립후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따라 등기를 하는 때에는 등록세를 중과세하지만 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정한 다음, 같은법시행령 101조제1항제7호에서 산업발전법에 의하여 통상산업부장관이 고시하는 첨단 기술산업과 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 첨단 업종은 등록세 중과세 대상에서 제외하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1999.11.22. 설립등기를 할 당시 법인등기부상 목적사업으로 “승객용 보딩 브릿지(passenger boarding bridges), 엘리베이터, 에스컬레이터, 이동식 보도, 주차시설 및 전동기의 설계·제조·마케팅·판매·설치·유통 및 그에 대한 유지 보수 및 현대화서비스의 제공”과 “부동산임대업”을 등기하였고, 1999.12.29. 자본금 증자등기를 하였으며, 청구인의 목적사업중 초고속 엘리베이터는 산업자원부장관이 고시(제1996-389호)한 첨단기술 및 제품의 범위중 항공기 및 수송분야의 엘리베이터부분에 해당됨을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있으며, 처분청은 중과대상업종과 제외업종을 겸업하고 있으므로 증자등기가 중과세 대상에 해당된다고 보아 등록세를 중과세하였음을 알 수 있다. 이에 대하여 보면, 지방세법 제138조제1항에서 자본금 등기에 대하여도 등록세 중과세 대상으로 규정하고 있으나 등록세 중과제외업종과 그외의 업종을 겸업하는 경우 이에 대한 과세기준에 대하여 규정하고 있지는 않지만, 자본금에 관한 등기도 중과대상에 해당됨이 명백하고, 같은법시행령 제101조제2항에서 부동산에 관한 등기에 대하여 이를 사용면적에 따라 안분하도록 규정하고 있음을 고려할 때, 비록 지방세법상 자본금 등기에 대하여 이러한 안분기준이 규정되어 있지 않다고 하여 전체를 중과세 대상에서 제외할 수는 없다 하겠으며, 그 반대로 전체를 중과세하는 것도 납세자의 측면에서 보면 불합리할 뿐만 아니라 중과제외업종을 규정하고 있는 입법취지에도 어긋난다 하겠으므로, 매출액 등 합리적인 기준에 따라 안분하여 과세하는 것이 타당하다 할 것으로서, 청구인의 경우 1999.11.22. 설립등기를 한 후 같은해 12.29. 자본금 증자등기를 하였으므로 매출실적이 없기 때문에 매출액을 기준으로 안분하기는 어렵다 하겠으며, 자본금에 관한 등기의 경우 그 금전이 법인의 자본으로 공급되어 자산의 형태로 발현되는 특성을 고려할 때, 부동산에 관한 등기시 적용하는 안분기준보다는 각 업종별로 직접 사용하는 유형자산가액의 비율에 따라 안분하는 것이 보다 합리적이라 할 것으로서, 청구인이 ㅇㅇ과 ㅇㅇ도 ㅇㅇ에 공장을 두고 제조업을 영위하면서 엘리베이터 생산 등과 관련하여 매출액이 있음을 볼 때, 유형자산중 일정부분은 중과제외업종에 공여되고 있음이 입증되고 있으므로, 이러한 중과제외업종과 중과대상업종에 공여되는 유형자산가액을 기준으로 청구인의 자본금 증자등기에 대하여 안분하여 등록세율을 적용하여야 할 것이지만, 업종별 유형자산가액에 대한 아무런 근거자료가 없으므로 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 결정토록 하는 것이 합리적이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 11. 28. 행 정 자 치 부 장 관