토지 및 건축물이 취득세 등 면제대상에 해당되는지(취소)

[주 문] 처분청이2000.8.25.에 징수결정한 등록세 83,339,530원, 교육세 16,667,900원, 합계 100,007,430원과 2000.9.20. 및 9.27.에 징수결정한 취득세 55,559,680원, 농어촌특별세 5,555,960원, 합계 61,115,640원을 모두 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 토지 17,488.50㎡중 9,609.21㎡(이하 “이건 토지”라 한다)을 법정관리 중에 있는 청구외 ㅇㅇ기전(주)로부터 취득하기 위한 매매계약을 1999.11.22. 체결하고, 2000.1.7.에 계약금 30,000,000원을 지급한 후, 2000.1.11. 매도인으로부터 토지사용승낙을 받아 그 지상에 2000.6.21. 건축물 2,383.68㎡(이하 “이건 건축물”이라 한다)를 신축하였으나, 건축주 명의를 ㅇㅇ기전(주)로 하여 사용승인을 받았으므로, 청구인이 2000.7.27. 구도세감면조례(2000.1.10. 조례 제2965호로 개정되기 전의 것) 제29조의2제1항(기업의 부채상환용 부동산을 취득한 경우)의 규정에 의한 취득세 등 감면신청을 한데 대하여 법원이 이건 토지의 매각을 허가한 2000.5.10. 이전에 체결된 매매계약은 감면대상에 해당되지 아니한다고 보아 감면신청서를 반려하였고, 청구인은 2000.8.25.에 이건 토지 및 건축물에 대한 등록세 83,339,530원, 교육세 16,667,900원, 합계 100,007,430원을, 2000.9.20.과 2000.9.27.에 취득세 55,559,680원, 농어촌특별세 5,555,960원, 합계 61,115,640원을 각각 신고납부 함에 따라 신고납부한 날에 이를 수납하여 징수결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 ㅇㅇ중공업(주)에서 분사하여 발전기, 공기압축기제조업 등을 목적사업으로 1999.7.15. 설립한 중소기업으로서, 공장설치를 위한 부지물색중에 한국산업단지안의 청구외 ㅇㅇ기전(주) 소유부동산이 매물로 나와 있는 사실을 알게 되었고, 당시 ㅇㅇ기전(주)는 경영악화로 1995.3.27. 회사정리절차개시결정 및 1996.9.9. 회사정리계획인가를 받은 법인으로서, 공인중개사를 통한 제3자가 기존공장을 포함하여 ㅇㅇ기전(주) 소유부동산을 매매대금 35억원에 청구인이 매입하기로 하고 1999.10.20. ㅇㅇ지방법원에 회사정리절차 종결처분동의신청을 하였으나, 채권단과의 협의과정에서 제1담보권자인 ㅇㅇ은행의 무리한 요구로 합의가 결렬됨에 따라 1999.11.12. 청구인은 임시로 ㅇㅇ기전(주)의 공장일부를 임차하여 생산을 시작하면서, 공장용지 중 유휴지인 이건 토지를 분할하여 그 지상에 청구인이 공장을 신축하기로 ㅇㅇ기전(주)와 합의하고, 1999.11.22.에 ㅇㅇ기전(주)관리인과 이건 토지에 대한 매매계약(대금 17억원)을 체결하였으며, ㅇㅇ기전(주)는 유휴부동산 분할매각을 위한 채권단과의 재협의를 시작하고, 청구인은 1999.11.29.에 건축설계 및 감리계약을 하는 등 건축준비를 완료하고 이에 대한 계약금(341,612,000원)을 지급한 후, 2000.1.11. ㅇㅇ기전(주)관리인으로부터 토지사용승낙을 받아 건축허가를 받고자 하였으나, 이건 토지의 분할이 이루어지지 않은 관계로 하나의 대지 안에서 건축물을 증축하는 경우 기존건축물 소유자 명의로만 허가받을 수 있다 하여 부득이 ㅇㅇ기전(주)로부터 건축주 명의변경 동의서를 받아 ㅇㅇ기전(주)명의로 2000.2.3. 건축허가를 받게 되었으며, 청구인이 이건 건축물을 신축하고 2000.6.21. ㅇㅇ기전(주)명의로 사용승인을 받아 청구인이 취득신고를 하는 등 명의만 ㅇㅇ기전(주)로 하였을 뿐, 건축비 부담 등 사실상 원시취득자는 청구인이고, 이는 법인장부 및 2000.8.22.에 법원이 허가한 이건 토지상의 신축건물 소유권 명의이전허가서 등에서 알 수 있으며, 토지매매대금 17억원중 계약금 3천만원을 제외한 나머지 대금은 ㅇㅇ기전(주)가 2000.5.10. 법원으로부터 유휴부동산의 일부매각 허가를 받음에 따라 청구인이 2000.8.29. (주)ㅇㅇ은행으로부터 이건 토지 및 건축물을 담보로 한 차입금으로 같은날 대금 전액을 ㅇㅇ기전(주)의 채권은행에 정리담보채권 상환금으로 모두 사용되었는 바, 비록 청구인이 이건 건축물을 ㅇㅇ기전(주)명의로 건축허가를 받아 소유권보존등기를 한 후 청구인 명의로 이전하였다 하더라도 원시취득자는 청구인이고, 이건 토지는 산업단지안의 공장용지를 취득한 것이므로 이건 토지 및 건축물은 지방세법 제276조제1항의 규정에 의한 취득세 등 면제대상에 해당됨에도, 이건 취득세 등을 납부하게 한 것은 부당하다고 주장하면서 이건 취득세 등의 환부를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 산업단지안에서 취득한 이건 토지 및 건축물이 취득세 등 면제대상에 해당되는지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제276조제1항에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지안에서 공장용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우을 보면, 청구인은 1999.11.22. 법정관리중에 있는 ㅇㅇ기전(주)와 이건 토지에 대한 매매계약을 체결한 후, 그 지상에 ㅇㅇ기전(주)명의로 이건 건축물을 신축하여 2000.6.21. 사용승인을 받아 2000.7.5. ㅇㅇ기전(주)명의로 소유권보존등기를 하였고, 2000.8.28.에 대물변제를 원인으로 한 이전등기를 하였으며, 토지대금은 2000.1.7.에 계약금으로 30,000,000원을 지급한 후, 나머지 잔금은 2000.8.29.에 지급하였으므로, 처분청은 법정관리회사가 법원의 매각허가일(2000.5.10.) 이전에 체결한 매매계약은 기업의 부채상환용 부동산을 취득한 경우로 볼 수 없다고 보아 감면신청서를 반려하였음을 관계자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 법정관리중에 있는 산업단지안에 있는 ㅇㅇ기전(주)의 소유부동산중 유휴지인 이건 토지를 분할 취득하기로 하여 매매계약을 체결한 후, 공장용 건축물을 신축하면서 부득이 ㅇㅇ기전(주)명의로 건축허가를 받아 신축하였으나 사실상 원시취득자는 청구인이므로 지방세법 제276조제1항의 규정에 의한 취득세 등 면제대상에 해당된다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 청구인은 산업단지안의 이건 토지를 취득하기 위해 1999.11.22. 대금 17억원에 매매계약을 체결하여 2000.1.7.에 계약금 30,000,000원을 지급하였고, ㅇㅇ기전(주)는 1996.9.9. 회사정리계획인가를 받아 법정관리중에 있는 법인으로서 이건 토지를 분할 매각하기 위하여 채권단과의 협의를 거쳐 2000.5.10. 법원으로부터 17억원에 분할 매각하는 허가를 받아 2000.7.26.에 분할등기 하였으며, 청구인은 토지매매계약을 체결한 후 1999.11.29.에 설계 및 감리계약을 (주)ㅇㅇ환경 종합건축사사무소와 체결하고, 토목공사, 발전기공장 신축동철골공사 등에 대한 도급계약을 체결하여 계약금을 지급한 사실을 도급계약서 및 법인장부 등에서 알 수 있으며, 당시에는 이건 토지가 분할되지 않은 상태로서 청구인 명의로 건축허가를 받지 못하므로 ㅇㅇ기전(주)로부터 토지사용승인 및 건축주명의변경 동의서를 받아 2000.2.3.에 ㅇㅇ기전(주)명의로 건축허가를 받았고, 청구인이 이건 건축물을 신축하여 2000.6.21. 사용승인을 받아 ㅇㅇ기전(주)명의로 소유권보존등기를 하였다가 2000.8.22. ㅇㅇ지방법원의 매각토지상의 신축건물 소유권 명의이전 허가를 받고, 청구인 명의로 이전등기한 일련의 과정에 대한 사실이 제출된 관계서류(법인장부, 등기부등본, 각종계약서, 법원허가서, 취득신고시 신고자가 청구인 소속의 ㅇㅇㅇ인 점 등)에서 입증되고 있는 점을 종합해 볼 때, 청구인이 이건 건축물의 원시취득자임이 분명하다고 보여지므로, 이건 토지 및 건축물은 지방세법 제276조제1항의 규정에 의한 취득세 등 면제대상에 해당된다 할 것임에도, 이건 취득세 등을 납부케 한 것은 잘못이 있는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 11. 28. 행 정 자 치 부 장 관