수정된 법인장부가액을 사실상의 취득가격으로 볼 수 있는지(취소)

[주 문] 처분청이 2000.7.10. 청구인에게 부과고지한 취득세 267,537,600원, 농어촌특별세 24,524,280원, 합계 292,061,880원(가산세 포함)을 취득세 32,663,280원, 농어촌특별세 2,994,130원, 합계 35,657,410원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 공장신축을 목적으로 1997.1.14. ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 10필지 토지 198,637㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후 정당한 사유없이 유예기간 3년이내에 고유업무에 사용하지 아니하였으므로 법인의 비업무용 토지로 보아, 이건 토지중 이미 법인의 비업무용 토지로서 취득세를 중과세한 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 3필지 토지를 제외한 나머지 7필지 토지 11,372㎡(이하 “이건 쟁점토지”라 한다)의 취득가액(2,786,850,000원)에 지방세법 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 267,537,600원, 농어촌특별세 24,524,280원, 합계 292,061,880원(가산세 포함)을 2000.7.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 부과처분의 경정을 구하면서 그 이유로, 청구인은 특수전선제조 및 판매 등을 목적사업으로 하는 상장법인으로서, 청구인이 취득한 이건 토지의 경우 당시 청구인의 대표이사인 ㅇㅇㅇ이 자신이 대표이사를 겸임하고 있던 (주)ㅇㅇ의 소유토지를 감정평가액보다 훨씬 높은 가격으로 부당하게 매수토록 한 것으로서, 1998년도 회계감사시 이건 토지를 실제 취득가액에 부합되는 가격으로 장부가액을 수정하고 이를 공시토록 함에 따라 법인장부가액을 수정하였고, ㅇㅇ세무서장도 세무조사시 이건 토지의 실제 취득가액을 초과하여 지급한 부분에 대해 부당행위에 해당된다고 보아 이를 익금에 산입하고 법인세 등을 추징하였으며, 청구인은 현재 (주)ㅇㅇ을 상대로 부당이득금 반환청구 소를 제기하여 재판에 계류중인 상태인 바, 이와 같이 상장법인이 법인장부가액을 사실상의 취득가격으로 수정하고, 관련 국가기관에서도 이를 인정하였는데 지방세 부과시에는 사실상의 취득가격에 부합되지 않는 이건 토지의 당초 취득가격을 과세표준으로 하여 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 당초 실제 매매가격을 법인장부에 계상하였다가 그후 법인장부를 수정한 경우 수정된 법인장부가액을 사실상의 취득가격으로 볼 수 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제111조제5항 본문 및 제3호, 같은법시행령 제82조의2제1항제2호에서 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서 등 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 취득의 경우에는 사실상의 취득가격을 취득세 과세표준으로 하도록 규정하고 있으며, 같은법시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용(소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금이자 포함)을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 이건 토지를 1996.12.26. 청구인의 대표이사 ㅇㅇㅇ이 대표이사를 겸임하고 있던 (주)ㅇㅇ과 매매대금을 45억원으로 하는 매매계약을 체결한 후, 매매계약상의 금액을 취득가격으로 하여 법인장부상 계상하였으나, 1997.3.14 한국감정원이 이건 토지에 대해 감정평가한 가액은 541,559,000원에 불과하였고, 1997.3.28. 당시 대표이사이었던 ㅇㅇㅇ이 사임을 하였고, 청구인에 대한 1998사업년도 회계감사보고서에서 감사인은 기업회계기준에 따라 이건 토지의 가액을 746,975,600원으로 수정(그 차액은 전기오류수정손실로 처리)토록 하였으며, 수정된 결산서를 1999.3.31. ㅇㅇ신문에 공고하였고, ㅇㅇ세무서장도 청구인의 1996사업연도에 대한 세무조사시 이건 토지의 가액중 3,793,143천원을 시가초과취득 부동산으로 부당행위에 해당한다고 보아 이를 부인하고 익금산입하여 법인세 등을 추징함에 따라 청구인의 현재 경영자는 1999.6.15. 청구외 (주)ㅇㅇ을 상대로 부당이득반환청구의 소를 제기하여 현재 ㅇㅇ고등법원에 계류중인 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 보면, 지방세법령에서 법인이 부동산을 취득한 경우 법인의 장부가액을 사실상의 취득가격으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이므로, 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니라(같은 취지의 대법원판결 1993.4.27. 92누15895)할 것이고, “법인장부중 대통령령에 정하는 것에 의하여 취득가격이 인정되는 취득”의 경우도 그러한 법인장부에 기재된 취득가격이 어떤 경로이든 그 가격기재가 특히 조작된 경우는 물론이고 오기 그 밖에 사실상의 취득가격이 아닌 것이 잘못 기재된 것임이 납세의무자에 의하여 입증되는 한 그 법인장부에 의하여 인정되는 취득가격을 취득세 과세표준으로 할 수는 없다(같은 취지의 헌법재판소 결정 1995.7.21. 선고, 92헌바40)할 것으로서, 청구인이 이건 토지에 대해 (주)ㅇㅇ과 매매대금을 45억원으로 하여 매매계약을 체결하고 이를 법인장부에 기장하였음은 사실이나, 이건 토지의 법인장부상 가액은 그 당시 공시지가 729,835,050원의 6.2배이고, 공신력있는 기관인 한국감정원의 감정평가액 541,559,000원의 8.3배에 달하는 가격으로서 사회통념상 지나치게 높은 가격이며, 청구인이 이건 토지를 이와같이 높은 가격으로 취득할 수 밖에 없었던 특수한 사정이 있다고 보여지지도 않는 점과 청구인의 당시 대표이사 ㅇㅇㅇ은 이건 토지의 매도자인 (주)ㅇㅇ의 대표이사를 겸임하고 있었던 사실, 대표이사 ㅇㅇㅇ은 이건 토지를 취득한 직후인 1997.3.28.에 사임한 사실과 상장법인인 청구인이 외부회계감사를 받으면서 이건 토지의 장부가액을 공시지가로 수정하도록 한 사실 등을 종합해 보면, 상장법인인 청구인이 1998년도 회계감사를 받고 그 결과에 따라 수정된 금액(729,835,050원)을 이건 토지의 취득가액으로 보는 것이 합리적이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 11. 28. 행 정 자 치 부 장 관