취득세와 등록세 과세표준 적용이 적법한지(취소)

[주 문] 처분청이 2000.7.15. 청구인에게 부과 고지한 취득세 59,420,640원, 농어촌특별세 5,446,890원, 등록세 23,768,250원, 교육세 4,357,500원, 합계 92,993,280원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1998.3.2.과 같은해 6.5. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 3필지 토지 171,039.8㎡(이하 “이건 매립지”라 한다)중 154,376.1㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 공유수면을 매립하여 취득한 후 취득세 등(644,768,230원)을 신고 납부하였으나, 확인 결과 공사비 등의 일부를 누락하여 과소 신고 납부하였으므로 그 과소 신고한 가액(2,475,860,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제4호의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 59,420,640원, 농어촌특별세 5,446,890원, 등록세 23,768,250원, 교육세 4,357,500원, 합계 92,993,280원(가산세 포함)을 2000.7.15. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 첫째, 이건 과세대상이 된 도로(623도로) 공사의 경우 이건 매립지 공사와는 별도로 ㅇㅇ만 종합개발사업의 일환으로 이루어진 공사로서 해운항만청에서 시공해야할 공사를 청구인이 대신 시공하여 이를 국가에 기부채납 하였으므로 이에 대한 공사비(559,581,819원)는 이건 취득세 등의 과세표준에서 제외되어야 하고, 둘째, 항로준설공사의 경우 이건 매립지 인접 해안에서 공사가 이루어졌으나, 이건 매립지 공사와는 별도로 허가를 받아 이루어졌고, 항로준설로 인한 준설토를 이건 매립지의 매립토로 사용하지 아니한 사실이 확인되고 있는데도 항로준설공사비(2,870,000,000원)를 이건 매립지의 공사비에 포함하여 취득세 등을 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 취득세와 등록세 과세표준 적용이 적법한지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제111조제5항 본문 및 제3호, 제130조제3항, 같은법시행령 제82조의2제1항제2호 및 제99조의2에서 법인이 작성한 원장·보조장·출납부 등 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 경우에는 그 사실상의 취득가격을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하도록 규정하고 있고, 같은법시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가액은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용〔소개수수료, 설계비, 연체료 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세 제외)을 포함〕을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 이건의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 1998.3.2.과 같은해 6.5. 공유수면을 매립하여 취득한 이건 토지에 대하여 취득세와 등록세를 신고 납부하였으나, 확인 결과 공사비 등의 일부를 누락하여 과소 신고 납부하였으므로 그 과소 신고한 부분에 대하여 취득세와 등록세를 추징한데 대하여, 청구인은 첫째, 623도로 공사의 경우 이건 매립지 공사와는 별도로 이루어진 공사로서 해운항만청에서 시공해야할 공사를 청구인이 대신 시공하여 이를 국가에 기부채납 하였으므로 이에 대한 공사비는 이건 취득세 등의 과세표준에서 제외되어야 하고, 둘째, 항로준설공사의 경우도 이건 매립지 공사와는 별도로 허가를 받아 이루어졌고, 항로준설로 인한 준설토를 이건 매립지의 매립토로 사용하지 아니한 사실이 확인되고 있는데도 항로준설공사비를 이건 매립지의 공사비에 포함하여 취득세와 등록세를 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 청구인의 주장을 차례대로 살펴본다. 첫째, 623도로공사비가 이건 취득세 등의 과세표준에 포함되는지 여부를 살펴보면, 이건 623도로공사의 경우 ㅇㅇ지방해운항만청장이 ㅇㅇ항 종합개발사업의 일환으로 개설토록 되어 있는 이건 매립지의 배후도로공사로서, ㅇㅇ지방해운항만청장이 예산을 확보하지 못하여 개설시기가 불투명해지자 1987.5.22. 청구외 ㅇㅇ건설(주)가 ㅇㅇ시장으로부터 도시계획사업실시계획 인가를 받아 공사를 시행해 오다가 부도로 인하여 공사가 중단됨에 따라 청구인외 2개사가 이를 승계하여 공사를 완공하고 국가나 ㅇㅇ시에 기부채납 하기로 한 사실을 보면, 이건 623도로 공사는 이건 매립지 공사와는 별도로 이루어진 공사로서 동공사비(559,581,819원)를 이건 취득세 등의 과세표준에 포함시킬 수 없는데도 동공사비를 과세표준에 포함하여 취득세 등을 부과고지한 처분은 잘못이라 하겠다. 둘째, 항로준설공사비가 이건 취득세 등 과세표준에 포함되는지 여부에 대하여 살펴보면, 이건 항로준설공사는 이건 매립지 앞 수심이 얕은 관계로 50,000톤급 선박을 접안시킬 수 있도록 수심 14m를 확보하기 위한 준설공사로서 청구인의 경우 1996.8.31. 이건 매립지 공사와 별도로 허가를 받아 공사를 시행하여 1997.5.30. 준공하였을 뿐만 아니라, 당초 이건 매립지의 매립토를 항로준설공사로 인하여 발생한 준설토로 하기로 하였다가 이를 일반토사로 변경하고 항로준설로 인하여 발생한 준설토를 지정해역에 투기한 사실이 확인되고 있으므로 항로준설공사비(2,870,000,000원)를 이건 매립지 공사비용에 포함시킬 수 없는데도 간접비용으로 보아 취득세 등을 부과 고지한 처분도 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 11. 28. 행 정 자 치 부 장 관