공부상 지목이 전인 쟁점토지에 대하여 취득세 등을 경감하지 않음은 물론 대지에 대한 세율을 적용하여 등록세를 신고 납부토록 한 것이 적법한지(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.12.30. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지 토지 1,710㎡(이하 “이건 토지”라 한다) 및 건축물 228.04㎡를 취득한 후 그 과세표준액(취득세: 155,000,000원, 등록세: 169,687,737원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,100,000원, 농어촌특별세 310,000원, 등록세 5,090,610원, 교육세 1,018,120원, 합계 9,518,730원을 2000.1.31과 2000.2.28. 신고 납부함에 따라 같은날 이를 수납하여 징수결정 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 농업을 주업으로 하는 자로서 이건 토지중 지목이 전(田)인 ㅇㅇ번지 토지(이하 “이건 쟁점토지”라 한다)를농지로 사용하기 위하여 처분청으로부터 농지취득자격증명을 발급받아 취득한 후 2000.4월 이전에 농지로 원상 회복하여 현재 경작중에 있는데도 취득당시와 등기당시 이건 쟁점토지의 지목이 종합토지세 과세대장에 대지로 등재되었다는 이유로 지방세법 제261조제1항의 규정에 의거 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하지 아니함은 물론, 대지에 대한 세율을 적용하여 등록세를 신고 납부하도록 한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 공부상 지목이 전인 이건 쟁점토지에 대하여 종합토지세 과세대장에 지목이 대지로 등재되어 있다는 이유로 취득세 등의 100분의 50을 경감하지 아니함은 물론 대지에 대한 세율을 적용하여 등록세를 신고 납부토록 한 것이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제261조제1항에서 농업을 주업으로 하는 자로서 2년 이상 영농에 종사한 자가 대통령령이 정하는 기준에 따라 직접 경작할 목적으로 취득하는 농지(전·답·과수원 및 목장용지)에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 면제하도록 규정하고, 같은법시행령 제219조제2항에서 법 제261조제1항에서 대통령령이 정하는 기준이라 함은 다음 각호의 요건을 갖춘 경우를 말한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 농지의 소재지가 읍단위 이상 도시계획구역(개발제한구역과 녹지지역 제외)외의 지역일 것이라고 규정하고 있고, 같은법 제131조제1항제3호 및 각목에서 상속이나 무상이외의 원인으로 부동산을 취득하는 경우, 농지는 부동산가액의 1,000분의 10을, 그 외에는 부동산가액의 1,000분의 30의 세율을 적용하여 등록세를 신고 납부하도록 규정하고 있으며, 같은법시행령 제89조제2항에서는 법 제131조제1항에서 “농지”라 함은 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 전·답·과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 이건 쟁점토지가 시지역의 도시계획구역내의 토지로서 1994년부터 1997년까지의 개별공시지가 산정시 토지이용현황이 대지로 조사되어 관리되고 있었고, 1994년부터 1999년 종합토지세 과세대장에 지목현황이 대지로 등재되어 종합합산 되었으므로, 지방세법 제261조제1항의 규정에 의한 취득세 등 50% 경감대상이 아니라고 보아 2000.1.31. 일반세율에 의한 취득세 등을 신고 납부하였고, 같은해 2.28. 등록세 신고 납부시는 대지에 대한 세율(1000분의 30)을 적용하여 신고 납부하였음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 농지로 사용하기 위하여 이건 쟁점토지를 취득한 후 농지로 원상 회복하여 현재 경작중에 있는데도 종합토지세 과세대장에 지목이 대지로 되어 있다는 이유로 취득세 등의 100분의 50을 경감하지 아니함은 물론 대지에 대한 세율을 적용하여 등록세를 신고 납부토록 한 것은 부당하다고 주장하나, 지방세법 제261조제1항 및 같은법시행령 제219조제2항제1호에서 면지역과 읍단위지역중 도시계획구역이 아닌 지역 및 읍단위 이상의 녹지지역과 개발제한구역안에 소재하는 농지를 취득하는 경우 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있으므로, 청구인의 경우와 같이 이건 쟁점토지를 취득한 후 도시계획상 주거지역에 포함되어 있는 일부 토지를 농지로 이용하고, 나머지 녹지지역에 포함되어 있는 토지를 주차장 등으로 사용하고 있는 경우는 위의 규정에 의한 취득세 등 경감대상인 농지에 해당된다고 볼 수 없으며, 또한지방세법상 등록세의 세율을 적용함에 있어서는 사실상 농지인지의 여부를 판단하기 위하여 등기당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 농지로 되어 있는 경우에 한하여 농지로서의 세율을 적용하도록 규정하고 있고, 대법원판례(1997.3.25. 96누11549)에서등기당시의 종합토지세 과세대장상의 지목에 의하여 등록세의 세율이 적용된다”는 취지로 판단하고 있는 점을 보면, 이건 쟁점토지에 대한 등록세의 세율을 적용하면서 농지가 아닌 대지에 대한 세율을 적용한 것은 아무런 잘못이 없는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2000. 10. 31. 행 정 자 치 부 장 관