부동산 취득, 매각에 따른 취득세와 등록세 추징대상에 해당되는지(취소)

[주 문] 처분청이 2000.6.13. 청구인에게 부과고지한 취득세 3,057,750원, 농어촌 특별세 280,290원, 등록세 2,293,300원, 교육세 420,430원, 합계 6,051,770원 (가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1996.6.22. 증여 취득한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 226㎡ 및 지상건축물 445.2㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)에 대하여 종교사업용 부동산에 해당된다고 보아 취득세와 등록세를 비과세하였으나 당해 목적사업에 3년이상 사용하지 아니하고 1997.9.1. 매각하였으므로 그 취득가액(127,406,540원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,057,750원, 농어촌특별세 280,290원, 등록세 2,293,300원, 교육세 420,430원, 합계 6,051,770원(가산세 포함)을 2000.6.13. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 취득세 등의 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로 이건 부동산은 당초 ㅇㅇ교회 담임목사인 ㅇㅇㅇ의 소유였다가 ㅇㅇ교회를 ㅇㅇ교회에 흡수통합한다는 당회회의를 거쳐 1996.6.22. 청구인이 증여 취득한 후, 집회소로 사용하다가 교회확장차원에서 1997.9.1. 매각하고 그 매각대금으로 교회건물의 신축공사비용에 사용하였으므로 이건 부동산을 종교사업에 직접 사용한 것으로 보거나 매각한 정당한 사유가 있는 것으로 인정하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는이건 부동산이 취득세와 등록세 추징대상에 해당되는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저, 관계법령을 보면, 지방세법 제107조제1호, 제127조제1항제1호 및 같은법시행령 제78조의2제1항, 제79조제1항제1호, 제94조제1항에서 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득·등기하는 경우에는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하지만, 수익사업에 사용하거나 취득일 또는 등기일로부터 3년이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있다. 다음으로 이건의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 ㅇㅇ교회의 예배당으로 사용되던 이건 부동산을 청구외 ㅇㅇㅇ(ㅇㅇ교회 목사)로부터 1996.6.22. 증여취득한 후, ㅇㅇ집회소로 사용하다가 1997.9.1. 청구외 ㅇㅇㅇ에게 매각하자 청구인이 이건 부동산을 취득일부터 3년이상 목적 사업에 사용하지 아니하고 매각하였으므로 취득세와 등록세의 추징대상에 해당된다고 보아 이건 취득세 등을 부과하였음을 제출된 증빙자료를 확인할 수 있다. 그러나 비영리사업자에 대한 취득세와 등록세의 비과세 및 추징에 대한 규정인 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항을 보면, 비영리사업자가 부동산을 취득일부터 유예기간(3년)내에 당해 사업에 사용하지 아니하는 경우에 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있을 뿐, 취득일 또는 등기일부터 3년이상 당해 사업에 사용하지 아니하고 매각한 경우에 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있지 아니하므로 유예기간내에 부동산을 당해 목적사업에 사용한 경우에는 추징대상에서 제외된다 할 것인 바(같은 취지의 행정자치부 심사결정례 제2000-177호, 2000.3.29), 청구인은 이건 부동산을 1996.6.22. 취득, 등기(등기일:1996.6.25.)한 후, 약1년 3개월여동안 계속하여 종교용(집회장소)으로 사용하다가 1997.9.1. 매각하였고, 그 매각대금으로 교회확장을 위한 신축자금으로 활용한 점 등을 볼 때, 토지를 매각한데 대한 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있으므로 처분청에서 이건 부동산에 대한 취득세와 등록세를 추징한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2000. 10. 31. 행 정 자 치 부 장 관