토지이외의 건축물 등에 대한 보상금을 토지의 과세표준에 포함하여 취득세 등을 추징한 처분(취소)

[주 문] 처분청이 2000.7.15. 청구인에게 부과고지한 취득세 221,945,800원, 농어촌특별세 20,345,020원, 등록세 288,432,560원, 교육세 52,879,290원, 합계 583,602,670원(가산세 포함)을 취득세 130,904,880원, 농어촌특별세 11,999,600원, 등록세 2,243,700원, 교육세 411,340원, 합계 145,595,520원(가산세 포함)으로 경정하되, 공작물 및 감정수수료에 대하여는 재조사 결정하여야 한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1998.12.1.부터 1999.12.31. 사이에 발전소 건설부지로 사용하기 위하여 ㅇㅇ시 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 611필지 전·답 등 1,065,064㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후, 이건 토지에 대하여 취득세 등을 신고납부하였으나, 이건 토지의 법인장부상 가액보다 과소신고납부한 사실을 확인하고, 그 과소신고납부한 금액(9,197,401,087원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호 및 제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 221,945,800원, 농어촌특별세 20,345,020원, 등록세 288,432,560원, 교육세 52,879,290원, 합계 583,602,670원(가산세 포함)을 2000.7.15. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 첫째, 청구인이 발전소 건설부지로 사용하기 위하여 공공용지의취득및손실보상에관한특례법에 따라 이건 토지를 취득하면서 이건 토지상에 있던 건물,농작물 등에 대하여도 그 소유자별로 각각 별도로 보상금을 지급하고, 이를 건설중인 자산으로 회계처리하였으나, 대법원판례(91누4155)에서 이러한 토지이외의 물건에 대하여 지급한 보상금은 이건 토지의 취득비용에 해당되지 않는다고 판시하고 있음에도, 처분청이 이러한 토지이외의 물건에 대하여 지급한 보상금을 모두 토지의 취득비용으로 보아 추징한 것은 부당할 뿐만 아니라, 이건 토지는 발전소 용지로 형질변경을 목적으로 취득한 토지이므로 발전소 용지로 형질변경이 이루어진 때에 비로소 취득세 납세의무가 성립된다 하겠으므로, 이건 토지에 대하여 아직 취득시기도 도래하지 않았다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 발전소 건설부지를 취득하면서 지급한 보상금중 토지이외의 건축물 등에 대한 보상금을 토지의 과세표준에 포함하여 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제105조제5항 본문 및 제3호, 같은법시행령 제82조의2제1항제2호에서 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서 등 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 취득의 경우에는 사실상의 취득가격을 취득세 과세표준으로 하도록 규정하고 있고, 같은법시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건으 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용(소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금이자 포함)을 포함하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 구통산산업부장관은 1997.12.26. 이건 토지 일원에 대하여 구통상산업부장관이 신규원자력발전소 예정부지로 고시(제1997-209호)하였고, 이에 따라 청구인은 공공용지취득및손실보상에관한특별법에 따라 발전소 건설부지로 사용하기 위하여 1998.12.1.부터 1999.12.31. 사이에 이건 토지를 취득하면서, 이건 토지의 보상비와는 별도로 그 지상의 지상정착물에 대하여 보상비(건물 5,341,704,170원, 공작물 392,308,570원, 농작물 564,848,250원, 영업권 386,522,500원, 분묘이전비 62,325,000원, 농기구 100,322,000원)를 지급하였고, 이주민의 안정적인 정착을 위해 이주정착비 1,279,290,290원, 지상정착물 철거비 89,770,000원, 보상비 책정을 위한 위탁수수료 및 감정수수료 890,310,307원을 지급한 사실이 법인장부에 의하여 확인되고 있고, 처분청은 이건 토지이외의 물건에 대한 보상금도 토지의 취득비용으로 보아 취득세 등을 추징하였음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이건 토지외의 물건에 대하여 지급한 보상금을 이건 토지 취득비용에 포함한 것은 부당할 뿐만 아니라, 지목변경이 이루어진 시점을 취득일로 보아야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 첫째, 취득세 과세표준이 되는 취득가격에는 과세대상 물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접 비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 자격으로 지급하였다고 볼 수 있거나 그에 준하는 절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상 물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격으로 보아 취득세 과세표준에 포함할 수 없다(같은 취지의 대법원판결 1996.1.26. 95누4155)할 것으로서, 청구인이 이건 토지를 취득하면서 토지이외의 물건에 대하여 지급한 보상금의 내역을 보면 건물, 공작물, 농작물, 영업권, 분묘이전비, 농기구, 이주정착비, 지상정착물 철거비, 보상비책정을 위한 감정수수료로서, 이러한 보상금중 1) 분묘이전비 이외에 농작물, 영업권, 농기구, 이주정착비를 이건 토지 자체를 취득하기 위하여 직·간접적으로 지급된 비용이라기 보기는 어렵다 하겠으며, 2) 지상정착물 철거비는 토지 자체의 취득비용이 아니라 토지의 지목변경 비용으로 보는 것이 타당하다 할 것으로서 이를 토지의 취득가격으로 보아 취득세 등을 추징한 것은 잘못이라 하겠으며, 3) 보상비 책정을 위한 감정수수료의 경우 토지의 보상과 관련하여 지급한 수수료는 취득가격에 포함된다 할 것이나, 그 이외의 물건에 대한 감정수수료를 토지의 취득비용으로 포함할 수는 없다 하겠으므로 이를 감정수수료 산정방법에 따라 안분하여야 할 것이지만, 처분청이 이에 대한 안분내역을 제출하지 못하고 있는 이상 전체를 취득세 과세표준에서 제외한 후 토지에 대한 감정수수료를 재산정하여 부과하는 것이 타당하다 하겠으며, 4) 공작물에 대한 보상금의 경우 당해 공작물이 지방세법상 취득세 과세대상이 되는 구축물 등에 해당되는지 여부를 판단하여 과세하여야 할 것이나 이에 대한 증빙자료가 없으므로 일단 전체를 취득세 과세표준에서 제외할 수 밖에 없다 하겠으나, 5) 건물의 경우 이는 토지와는 별도의 취득세 과세대상이 된다 하겠으므로, 처분청이 이를 토지의 취득가액에 포함한 것은 잘못이라 하겠으나, 결과적으로 이러한 건물에 대하여 지급한 보상금은 이를 취득세 과세표준에 포함(소유권 이전등기를 하지 않은 상태이므로 등록세 과세표준에서는 제외)하여 취득세 등을 추징한 것은 적법하다 하겠으며, 둘째, 발전소 용지로 지목변경을 하기 위해 취득한 토지이므로 지목변경이 완료된 때를 취득시기로 보아야 한다는 주장에 대하여 보면, 청구인이 이건 토지와 그 지상의 정착물 등을 취득한 것과 지상정착물 등을 철거하는 등 발전소 용지로 지목변경을 하는 것은 각각 별개의 취득행위에 해당된다 하겠으므로, 이건 토지와 그 지상건축물을 취득한 때에 그 취득일까지 취득세 등을 신고납부하여야 하는 것이며, 그후 다시 공장용지로 지목변경을 한 때에 별도로 취득세 등을 신고납부하여야 하는 것으로, 공장용지로 지목변경을 목적으로 취득한 토지라고 하여 그 지목변경이 이루어진 때를 취득시기로 보아야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 10. 31. 행 정 자 치 부 장 관