취득한 토지의 취득시기 및 유예기간내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지에 대한 처분(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 학교이전부지로 사용하기 위하여 1996.4.9. 및 같은해 10.23. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 28필지 임야 161,169㎡와 같은리 ㅇㅇ번지 대지 1,527㎡(이하 모두 합하여 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후 정당한 사유없이 유예기간 1년(임야) 및 3년(대지)내에 취득목적대로 사용하지 아니하였으므로, 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당될 뿐만 아니라, 법인의 비업무용 토지에도 해당된다고 보아, 그 취득가액(3,863,000,000원)에 구지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 693,150,840원, 농어촌특별세 63,538,820원, 등록세 95,816,160원, 교육세 17,566,290원, 합계 870,072,110원(가산세 포함)을 2000.5.15. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 학교이전부지로 사용하기 위하여 이건 토지를 취득하는 과정에서 타인명의로 매매계약을 체결하고 매매대금을 지급하였으나, 전소유자인 ㅇㅇㅇ와 ㅇㅇㅇ이 이건 토지상에 있는 묘지 이장비와 잔디 보상비가 매매대금에서 누락되었다고 주장하면서 소유권 이전등기를 하여주지 않았고, 타인명의로 매매계약을 체결한 명의신탁 약정이 부동산실권리자명의등기에관한법률에 위배되는 사실을 알고 당초의 매매계약을 해지한 후 다시 매수인을 청구인으로 하여 재계약을 체결하여, 그 계약일인 2000.1.20. 및 1.29.에 추가로 전소유자인 ㅇㅇㅇ와 ㅇㅇㅇ에게 잔금 12,394,010원을 지급한 후 검인을 받아 소유권 이전등기를 하였는 바, 첫째 이건 토지의 취득일은 재계약을 체결하고 잔금을 지급한 날이 되므로, 그 때로부터 기산하면 아직 유예기간이 경과하지도 않았고, 둘째 전소유자의 소유권 이전등기 거부와 이건 토지에 대한 청구인의 공공시설 입지승인요청을 반려함에 따라 사업추진이 지연된 것으로서 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이며, 셋째 등록세의 경우는 등기 또는 등록일을 기준으로 유예기간을 기산하도록 하고 있으므로 취득세와 달리 유예기간이 경과하지 않은 사실이 명백하므로 이건 부과처분은 취소 또는 경정되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 학교이전부지로 사용할 목적으로 취득한 토지의 취득시기 및 유예기간내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제105조제2항에서 부동산 등 취득에 있어서 등기·등록을 이행하지 아니한 경우라도 사실상 취득한 때에는 취득한 것으로 보고 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다고 규정하고 있고, 같은법 제107조 본문 및 제1호, 제127조제1항제1호, 같은법시행령 제79조제1항제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득 등기한 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 비과세하지만 법인의 비업무용 토지에 해당되는 경우에는 비과세 대상에서 제외하도록 규정하고 있고, 구지방세법 제112조제2항, 같은법시행령 제84조의4제1항제1호라목 및 같은조 제3항제4호에서 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지를 정당한 사유없이 3년내에 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 법인의 비업무용 토지로 보는 것이나, 농업 등을 주업으로 하지 아니하는 법인이 농지 등을 취득한 경우에는 1년내에 그 지목을 변경하여 고유업무에 직접 사용하지 아니하면 비업무용 토지로 보도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 이건 토지중 28필지는 청구외 ㅇㅇㅇ외 1인 명의로 1996.1.26. 매매계약(매매대금 3,758,000,000원)을 체결하였고, 2필지는 청구외 ㅇㅇㅇ 명의로 1996.2.8. 매매계약(매매대금 105,000,000원)을 체결한 후 이러한 매매계약에 따라 청구외 ㅇㅇㅇ 명의로 체결한 2필지 토지에 대한 잔금을 1996.4.9.에, 청구외 ㅇㅇㅇ외 1인 명의로 체결한 28필지에 대한 잔금을 1996.10.23.에 지급한 사실이 법인장부 등에 의하여 입증되고 있으며, 이건 토지에 대해 청구인 명의로 소유권 이전등기는 하지 않은 상태에서 1997.10.16. 교육부장관으로부터 청구인이 운영하는 ㅇㅇ여자전문대학 이전계획 승인을 받고, 1999.12월경 공공시설 입지승인 신청을 하자, 1999.12.15. 처분청은 토지소유자가 청구인이 아니므로 토지소유자의 사용동의서를 첨부하도록 보완요청을 하였으나, 청구인이 이에 응하지 아니하자 승인신청을 반려하였으며, 그후 청구인은 이건 토지에 대해 잔금지급일을 2000.1.20. 및 1.29.로, 매수인 명의를 청구인으로 하는 매매계약서를 다시 작성하여 검인을 받고, 2000.1.31. 소유권 이전등기를 하였으나, 현재까지 취득당시의 현황대로 방치하고 있는 사실을 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있고, 처분청은 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하고 비과세한 등록세는 추징하였음을 알 수 있다. 이에 대하여 청구인의 주장을 차례로 보면, 첫째, 청구인은 이건 토지의 취득일이 2000.1.20. 및 1.29.이라고 주장하고 있으나, 청구인이 1996.4.9. 및 10.23. 이건 토지의 매매대금을 지급하였음이 법인장부 등에 의하여 입증되고 있으며, 잔금 지급후 청구인이 채권자가 되어 매매금지 가처분 등기를 하였다가, 2000.1.31. 및 2.10.에 당초 매매계약서상 매수인 명의로 소유권 이전등기를 함이 없이 곧바로 청구인 명의로 소유권 이전등기를 하였고, 소유권 이전등기의 원인을 1996.1.26. 및 2.10.에 체결한 매매계약에 근거한 것으로 기재하고 있으며, 당초 매매계약서상 매수자로 기재된 ㅇㅇㅇ과 ㅇㅇㅇ은 청구인의 이사장 및 이사로 재직하고 있는 자인 사실을 종합하면, 이건 토지의 사실상 취득자는 청구인이라 할 것이고, 매수인으로 기재된 ㅇㅇㅇ과 ㅇㅇㅇ은 청구인의 대표자의 지위에서 매매계약을 체결한 것에 불과하다고 보는 것이 타당하다 할 것이며, 그후 소유권 이전등기를 위해 사실상 취득자인 청구인을 매수인으로 하는 매매계약서를 다시 작성하였다 하여 새로이 매매계약을 체결한 것으로 보아 그 계약상의 잔금지급일을 취득일로 볼 수는 없다 하겠으므로, 이에 대한 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으며, 둘째, 유예기간내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하고 있으나, 청구인은 이건 토지 취득 후 교육부장관으로부터 대학 이전계획 승인만 받았을 뿐, 그 이외에 이건 토지를 유예기간이 경과할 때까지 고유업무에 사용하기 위한 별다른 노력을 한 사실이 전혀 입증되고 있지 않으므로 정당한 사유가 있다는 주장도 받아들일 수 없다 하겠고, 셋째, 등록세의 경우 등기일을 유예기간의 기산일로 보아야 하므로 추징대상에 해당되지 않는다고 주장하지만, 지방세법 제127조제1항에서 법 제112조제2항의 규정에 의한 과세대상의 경우 비과세대상에서 제외하도록 규정하고 있으므로, 이건 토지의 경우 등기시점에서 이미 법인의 비업무용 토지에 해당하는 부동산을 등기한 것으로서 유예기간 경과 여부에 관계없이 이미 등기 당시부터 비과세 대상에서 제외된다 할 것으로, 처분청이 착오로 비과세한 등록세를 추징한 것은 아무런 잘못이 없는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 9. 26. 행 정 자 치 부 장 관