주택개량재개발사업으로 취득하는 부동산에 대한 등록세 감면대상(취소)

[주 문] 처분청에서 2000.5.15. 청구인에게 부과고지한 등록세 256,780,040원, 교육세 47,076,330원, 합계 303,856,370원을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 ㅇㅇ 주상복합건물 55,669.2㎡를 신축하고, 1998.7.22. 소유권 보존등기를 이행한데 대하여 주거용을 제외한 상가 건축물 30,535.9㎡(이하 “쟁점 건축물”이라 한다)는 감면조례에 의한 등록세 감면대상에 해당되지 아니하므로 지방세법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 256,780,040원, 교육세 47,076,330원, 합계 303,856,370원(가산세 포함)을 2000.5.15. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 등록세 등에 대한 취소를 구하면서 그 이유로, 이건 건축물의 경우 사용승인을 받을 당시의 감면조례에서는 등록세 면제 대상에 해당되었으나, 소유권보존등기를 이행할 당시에는 감면조례가 개정되어 면제대상에서 제외되었는 바, 이러한 경우 등기이행시가 아닌 취득시점의 규정에 따라 등록세를 감면하는 것이 타당하며, 개정된 조례 부칙 제3조에서 “이 조례 시행전 주택조합이 취득한 주택 조합용 부동산에 대한 취득세와 등록세에 관하여는 종전의 규정에 의한다”고 규정하고 있으므로 청구인과 같은 도시재개발법에 의한 주택재개발 조합도 위 경과규정에 의한 주택조합에 해당하는 것으로 보아 개정전 조례를 적용하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 이건 부동산이 주택개량재개발사업에 대한 등록세 감면대상에 해당되는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계규정을 보면, 청구인이 주택개량재개발사업시행인가를 받고, 이건 건축물에 대한 사용승인을 받을 당시에 시행된 구ㅇㅇ시세감면조례 제19조제1호에서는 도시재개발사업법에 의하여 사업시행자가 주택개량재개발사업의 시행과 관련하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있었으나, 1997.12.23. 감면조례 개정시(조례 제3445호로 전문개정, 1998.1.1.부터 시행, 이하 “개정된 조례”라 한다) 제16조에서 도시재개발법에 의하여 사업시행자로 지정받은 자가 주택재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산과 당해 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주거용 부동산에 한하여 취득세와 등록세를 감면하는 것으로 그 면제범위를 축소하였으며, 개정된 조례 부칙 제3조(조합주택용부동산에 대한 감면적용예)에서는 “이 조례 시행전에 주택조합이 취득한 조합주택용부동산에 대한 취득세와 등록세에 관하여는 종전의 규정에 의한다”고 규정하고 있다. 다음으로 이건의 경우를 보면, 청구인은 1992.8.13. ㅇㅇ제5구역주택개량재개발사업 시행인가를 받아 1994.3.25. 이건 건축물을 포함한 주상복합건물공사에 착공하여 1997.12.31. 처분청으로부터 사용승인을 받은 이후, 1998.7.22. 소유권 보존등기를 이행하자, 처분청은 등록세 납세의무 성립당시의 감면조례 규정을 적용하여 이건 건축물중 주거용이 아닌 상가부분은 등록세 감면대상에서 제외된다고 보아 이건 등록세를 부과하였음을 제출된 증빙자료를 통하여 확인할 수 있다. 이에 대하여 청구인은 비록 개정된 조례가 시행된 이후에 이건 건축물에 대한 등기가 이루어졌다 하더라도 종전 조례하에서 이건 주택개량재개발사업이 시행되고, 이건 건축물이 준공되었으므로 종전조례의 규정에 의하여 등록세를 면제하는 것이 타당하다고 주장하여 이를 살펴보면, 지방세의 납세의무는 납세의무 성립당시의 법령을 적용하여 판단하는 것이 원칙이나, 납세의무의 성립시기가 면제규정을 삭제하는 법령 개정이 있은 이후라 하더라도 사업시행인가등의 원인행위가 개정된 법령 시행 이전에 이루어졌다면 납세자에게는 보호받아야 할 신뢰가 형성된 것으로 보아야 할 것이며(1998.11.13. 선고 97누201 판결 참조), 시세의 과세 또는 면제에 관한 조례가 납세자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위한 경과규정을 따로 두지 아니하였다고 하더라도 이미 기득권 보호의 요건이 갖추어져 있는 이상 종전의 조례를 적용하여야 할 것인 바(같은 취지의 대법원 판결 1996.8.23. 선고 95다44917 판결), 청구인의 경우 주택개량재개발사업으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하는 조례가 시행되던 1992.8.13. 주택개량재개발사업시행인가를 받아 1994.3.25. 이건 건축물 공사에 착공하여 1997.12.31. 사용승인을 받기까지의 일련의 원인행위가 모두 종전 조례하에 이루어졌다면, 청구인에게는 이미 종전조례에 의하여 등록세를 면제받을 것이라는 신뢰가 발생하였다고 보아야 할 것이므로 비록 개정된 조례가 시행된 1998.1.1. 이후인 1998.7.22. 소유권보존등기를 이행하였다 하더라도 종전의 감면조례 규정을 적용하여 등록세를 면제하는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 8. 29. 행 정 자 치 부 장 관